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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uh4 | |||||||||
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タイトル | B. theta Bile Salt Hydrolase with covalent inhibitor | |||||||||
要素 | Choloylglycine hydrolase | |||||||||
キーワード | Hydrolase/Hydrolase inhibitor / Bile Salt Hydrolase B. theta / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å | |||||||||
データ登録者 | Seegar, T.C.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Development of a covalent inhibitor of gut bacterial bile salt hydrolases. 著者: Adhikari, A.A. / Seegar, T.C.M. / Ficarro, S.B. / McCurry, M.D. / Ramachandran, D. / Yao, L. / Chaudhari, S.N. / Ndousse-Fetter, S. / Banks, A.S. / Marto, J.A. / Blacklow, S.C. / Devlin, A.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uh4.cif.gz | 599.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uh4.ent.gz | 448.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uh4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/6uh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/6uh4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37962.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: cbh_1, Btheta7330_00957, SAMN02910322_01222 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0ENF5, choloylglycine hydrolase #2: 化合物 | ChemComp-QC7 / ( | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 21% PEG 3350 100 mM Sodium Citrate Tribasic Dihydrate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→49.29 Å / Num. obs: 20034 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.84 |
反射 シェル | 解像度: 3.506→3.632 Å / Num. unique obs: 1916 / CC1/2: 0.591 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6UFY 解像度: 3.51→49.29 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3.12 / 位相誤差: 44.1373
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 187.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.51→49.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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