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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ufn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 10 in Complex with 7-[(3-aminopropyl)amino]heptan-2-one | ||||||
要素 | Polyamine deacetylase HDAC10 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Histone Deacetylase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polyamine deacetylation / spermidine deacetylation / HDACs deacetylate histones / acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / deacetylase activity / homologous recombination / swimming behavior ...polyamine deacetylation / spermidine deacetylation / HDACs deacetylate histones / acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / deacetylase activity / homologous recombination / swimming behavior / regulation of tubulin deacetylation / epigenetic regulation of gene expression / macroautophagy / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Herbst-Gervasoni, C.J. / Christianson, D.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019 タイトル: Binding ofN8-Acetylspermidine Analogues to Histone Deacetylase 10 Reveals Molecular Strategies for Blocking Polyamine Deacetylation. 著者: Herbst-Gervasoni, C.J. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ufn.cif.gz | 169.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ufn.ent.gz | 105.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ufn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 75041.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: F1QCV2, acetylspermidine deacetylase, acetylputrescine deacetylase |
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-非ポリマー , 5種, 59分子
#2: 化合物 | ChemComp-Q6M / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10 mg/mL zHDAC10, 5 mM inhibitor 2, 1:1000 trypsin:zHDAC10, 0.1 M potassium phosphate monobasic, 0.1 M potassium phosphate dibasic, 20% PEG3350, seeded with zHDAC10 microcrystals, one hour at room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→28.74 Å / Num. obs: 26215 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 54.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2554 / CC1/2: 0.847 / Rpim(I) all: 0.363 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5TD7 解像度: 2.7→28.74 Å / SU ML: 0.3498 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.2194
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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