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万見
- PDB-6u8l: Discovery and optimization of salicyclic acid-derived sulfonamide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u8l
タイトルDiscovery and optimization of salicyclic acid-derived sulfonamide inhibitors of the WDR5:MYC protein-protein interaction
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSCRIPTION / WDR5 / MYC / RBBP5 / structure-based design / high-throughput screening
機能・相同性
機能・相同性情報


MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q1P / Chem-Q1S / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Zhao, B. / Wang, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Optimization of Salicylic Acid-Derived Sulfonamide Inhibitors of the WD Repeat-Containing Protein 5-MYC Protein-Protein Interaction.
著者: Macdonald, J.D. / Chacon Simon, S. / Han, C. / Wang, F. / Shaw, J.G. / Howes, J.E. / Sai, J. / Yuh, J.P. / Camper, D. / Alicie, B.M. / Alvarado, J. / Nikhar, S. / Payne, W. / Aho, E.R. / ...著者: Macdonald, J.D. / Chacon Simon, S. / Han, C. / Wang, F. / Shaw, J.G. / Howes, J.E. / Sai, J. / Yuh, J.P. / Camper, D. / Alicie, B.M. / Alvarado, J. / Nikhar, S. / Payne, W. / Aho, E.R. / Bauer, J.A. / Zhao, B. / Phan, J. / Thomas, L.R. / Rossanese, O.W. / Tansey, W.P. / Waterson, A.G. / Stauffer, S.R. / Fesik, S.W.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6036
ポリマ－66,9842
非ポリマー1,6194
水12,214678
1
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3023
ポリマ－33,4921
非ポリマー8102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3023
ポリマ－33,4921
非ポリマー8102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.650, 47.082, 113.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...
21(chain B and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...A31 - 57
121(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...A59 - 77
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141(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...A85 - 86
151(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...A92
161(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...A98 - 96
171(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...A0
181(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...A31 - 334
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1121(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...A0
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1211(chain A and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...A31 - 334
211(chain B and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...B31 - 57
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2101(chain B and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...B141 - 153
2111(chain B and (resseq 31:57 or resseq 59:77 or resseq...B159
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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 33492.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物 ChemComp-Q1P / 3-{[(5-bromo-2-hydroxyphenyl)sulfonyl]amino}-5-cyclopropyl-6-fluoro-2-hydroxybenzoic acid


分子量: 446.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13BrFNO6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-Q1S / N-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-5-nitrophenyl]isoquinolin-1-amine


分子量: 363.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H21N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris, Ammonium acetate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→40 Å / Num. obs: 87085 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.92 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4335 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.301 / Rrim(I) all: 0.616 / Rsym value: 0.535

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DY7

6dy7


解像度: 1.57→26.506 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1756 4160 4.78 %
Rwork0.1514 --
obs0.1526 87005 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.17 Å2 / Biso mean: 25.324 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→26.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4664 0 106 678 5448
Biso mean--28.36 36.09 -
残基数----608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8356952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5553014
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2466X-RAY DIFFRACTION4.161TORSIONAL
12B2466X-RAY DIFFRACTION4.161TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.57-1.58360.27411160.2237244888
1.5836-1.60220.2711570.22462737100
1.6022-1.62180.25991510.20722830100
1.6218-1.64230.23691440.19942722100
1.6423-1.66390.23641510.19022826100
1.6639-1.68670.23991160.18262794100
1.6867-1.71080.22011230.17162795100
1.7108-1.73630.20311590.16932811100
1.7363-1.76340.21161400.16382717100
1.7634-1.79230.21131340.15392810100
1.7923-1.82320.21590.15692796100
1.8232-1.85640.18791400.1472772100
1.8564-1.89210.19341270.15072820100
1.8921-1.93070.18091440.14852764100
1.9307-1.97260.17521430.15072806100
1.9726-2.01850.18341300.14592793100
2.0185-2.0690.19331620.14692763100
2.069-2.12490.17561180.1536282499
2.1249-2.18740.21121180.1552806100
2.1874-2.2580.17481590.14912791100
2.258-2.33860.19371190.1597278499
2.3386-2.43220.17161210.15132810100
2.4322-2.54280.18321580.15642813100
2.5428-2.67670.18191480.15812797100
2.6767-2.84430.18341590.15432794100
2.8443-3.06360.14691380.15772846100
3.0636-3.37130.17611490.1441281699
3.3713-3.85790.17331220.1411227281
3.8579-4.85560.11471190.1193255189
4.8556-26.50.14081360.1466293799

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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