PDB-6u5a: Crystal structure of Equine Serum Albumin complex with 6-MNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u5a

タイトル

Crystal structure of Equine Serum Albumin complex with 6-MNA

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Albumin / 6-MNA / NSAID / SA / ESA / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / nabumetone

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / small molecule binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / blood microparticle / protein-containing complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Czub, M.P. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Cymborowski, M.T. / Shabalin, I.G. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Albumin-Based Transport of Nonsteroidal Anti-Inflammatory Drugs in Mammalian Blood Plasma.
著者: Czub, M.P. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Minor, W.

履歴

登録	2019年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u5a.cif.gz	246.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u5a.ent.gz	199.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u5a_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u5a_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6u5a_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	6u5a_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v0vSC 6ci6C 6u4rC 6u4xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5id9-d 5iih-d 6u4x-d 5dqf-d 7mbl-d 6oci-d 5v0v-d 6mdq-d 6u4r-d 3lu8-2 4luf-d 4zbr-d 6m5d-d 2bxf-2 2xvq-2 6xk0-d 6ci6-d 2bxb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (10) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (10)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

66.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.288, 94.288, 142.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 65768.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-PWY / (6-methoxynaphthalen-2-yl)acetic acid / 6-メトキシ-2-ナフチル酢酸分子量: 216.233 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	According to the NCBI database, this mutation is characteristic for Equus ferus przewalskii, a rare ...According to the NCBI database, this mutation is characteristic for Equus ferus przewalskii, a rare subspecies of wild horse from central Asia (accession code: XP_008524663.1)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1 ul of 35 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated ...詳細: 1 ul of 35 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated against well solution in 15 Well Crystallization Plate (Qiagen). Crystals were soaked with 3 mM 6-MNA.

結晶

マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 ul of 35 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 20955 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 0.93 / Net I/av σ(I): 18.93 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.65-2.7	6.5	1.7	1.14	1057	0.493	0.694	1.842	0.889	100
2.7-2.74	7.2	1.478		1042	0.63	0.577	1.59	0.899	100
2.74-2.8	7.6	1.259		1044	0.666	0.485	1.351	0.912	100
2.8-2.85	7.6	1.181		1042	0.68	0.454	1.267	0.924	100
2.85-2.92	7.7	0.869		1030	0.803	0.334	0.932	0.947	100
2.92-2.98	7.7	0.69		1038	0.868	0.264	0.74	0.927	100
2.98-3.06	7.7	0.514		1053	0.917	0.197	0.551	0.939	100
3.06-3.14	7.7	0.422		1038	0.94	0.162	0.453	0.975	100
3.14-3.23	7.7	0.337		1067	0.956	0.129	0.361	0.999	100
3.23-3.34	7.7	0.252		1034	0.973	0.097	0.27	0.947	100
3.34-3.46	7.8	0.175		1024	0.985	0.067	0.188	0.917	100
3.46-3.6	7.7	0.148		1042	0.986	0.057	0.159	0.924	100
3.6-3.76	7.7	0.11		1060	0.991	0.042	0.118	0.905	100
3.76-3.96	7.7	0.085		1051	0.994	0.032	0.091	0.879	100
3.96-4.21	7.7	0.066		1038	0.996	0.025	0.071	0.842	100
4.21-4.53	7.7	0.063		1055	0.996	0.024	0.068	1.104	100
4.53-4.99	7.7	0.061		1050	0.996	0.022	0.065	1.295	100
4.99-5.71	7.7	0.063		1043	0.996	0.023	0.068	1.194	100
5.71-7.19	7.6	0.041		1065	0.997	0.016	0.044	0.721	100
7.19-50	7.4	0.019		1082	0.999	0.007	0.021	0.443	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5V0V

5v0v

解像度: 2.65→44.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 30.979 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.367
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2561	881	4.7 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.1884	17883	90.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 164.9 Å² / B_iso mean: 55.248 Å² / B_iso min: 18.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	-0.12 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.65→44.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4548	0	75	96	4719
B_iso mean	-	-	63.88	34.96	-
残基数	-	-	-	-	580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	4728
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.257	1.645	6402
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.143	1.591	10116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.221	5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.877	23.652	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.987	15	831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.25	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	927

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	21	-
R_work	0.305	541	-
all	-	562	-
obs	-	-	36.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2169	1.3421	-0.2632	7.7275	3.2109	3.7679	-0.0456	-0.2383	0.5025	-0.3218	0.1082	0.3005	-0.5411	-0.1356	-0.0627	0.234	-0.0653	-0.0518	0.2642	0.0877	0.1477	47.667	43.198	73.743
2	6.4168	3.1596	6.1254	1.7192	2.9322	8.8878	0.2194	0.2333	-0.4135	-0.0646	0.2952	-0.029	-0.0896	-0.2906	-0.5147	0.4724	0.0146	-0.0537	0.3904	0.1875	0.4775	33.971	43.334	68.701
3	4.6374	-3.1207	-6.3722	8.4944	6.4982	12.6459	-0.2755	0.2707	0.1531	-0.198	0.675	0.167	0.6729	-0.2185	-0.3994	0.3198	-0.1155	-0.2805	0.4445	0.2435	0.3351	34.249	32.303	67.206
4	5.2857	1.4765	-2.8177	3.7193	-1.0304	2.6718	-0.1406	0.3981	-0.3404	-0.8052	0.0436	-0.7461	0.0739	0.443	0.097	0.3592	-0.1075	0.0557	0.4883	-0.0315	0.2357	51.978	24.721	64.572
5	2.3539	1.8093	0.2241	3.8511	-0.239	1.7204	-0.017	-0.0662	0.0238	0.0462	0.1229	-0.156	0.0245	0.3348	-0.1058	0.1535	-0.0327	-0.072	0.1546	-0.0176	0.053	48.111	17.267	88.384
6	12.5295	1.6308	-6.5783	0.2706	-1.0812	10.6124	0.1282	-0.8221	0.2829	0.1935	-0.1168	0.0619	-0.0484	-0.0914	-0.0114	0.6517	-0.0646	0.0455	0.2305	0.0027	0.2466	33.762	7.798	98.701
7	0.9043	-0.1016	0.4111	1.6952	0.016	4.2627	0.0489	-0.0733	0.0339	0.0597	-0.0962	-0.069	0.2993	-0.0795	0.0474	0.0913	-0.0359	-0.052	0.0668	0.0062	0.0513	32.894	3.872	73.391
8	2.3715	-0.1713	-2.9348	3.3361	-1.0135	5.5154	0.142	0.2118	-0.0048	-0.6278	-0.2682	0.0564	-0.0782	-0.1616	0.1262	0.2522	0.016	-0.0235	0.082	-0.007	0.0152	34.611	3.022	42.917

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	117 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	208 - 311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	312 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 498
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	499 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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