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- PDB-6u2m: Crystal structure of a HaloTag-based calcium indicator, HaloCaMP ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u2m | ||||||
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Title | Crystal structure of a HaloTag-based calcium indicator, HaloCaMP V2, bound to JF635 | ||||||
![]() | HaloCaMP V2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / HaloTag / calcium / sensor / fluorescent | ||||||
Function / homology | Chem-PUJ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Deo, C. / Schreiter, E.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: The HaloTag as a general scaffold for far-red tunable chemigenetic indicators. Authors: Deo, C. / Abdelfattah, A.S. / Bhargava, H.K. / Berro, A.J. / Falco, N. / Farrants, H. / Moeyaert, B. / Chupanova, M. / Lavis, L.D. / Schreiter, E.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 320.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 935.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6u32C ![]() 5uy1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 55849.035 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 30% (v/v) PEG 200, 100 mM MES/ Sodium hydroxide pH 6.0, and 5% (w/v) PEG 3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 22, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→122.58 Å / Num. all: 90798 / Num. obs: 90798 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 3.6 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 421740 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5UY1 Resolution: 2→122.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.2433 / WRfactor Rwork: 0.2005 / FOM work R set: 0.7524 / SU B: 10.639 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.1419 / SU Rfree: 0.1381 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.138 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 165.37 Å2 / Biso mean: 52.533 Å2 / Biso min: 28.94 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→122.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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