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万見
- PDB-6ttm: Hyoscyamine 6-hydroxylase in complex with N-oxalylglycine and hyo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ttm
タイトルHyoscyamine 6-hydroxylase in complex with N-oxalylglycine and hyoscyamine
要素Hyoscyamine 6 beta-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / jelly-roll / non-heme / 2-oxoglutarate
機能・相同性
機能・相同性情報


coumarin biosynthetic process / response to molecule of fungal origin / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HYO / NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / STRONTIUM ION / Hyoscyamine 6 beta-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Datura metel (キチガイナスビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Kluza, A. / Kurpiewska, K. / Mrugala, B. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Minor, W. / Borowski, T.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2014/14/E/NZ1/00053 ポーランド
引用ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2020
タイトル: Regioselectivity of hyoscyamine 6 beta-hydroxylase-catalysed hydroxylation as revealed by high-resolution structural information and QM/MM calculations.
著者: Kluza, A. / Wojdyla, Z. / Mrugala, B. / Kurpiewska, K. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Minor, W. / Weiss, M.S. / Borowski, T.
履歴
登録2019年12月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyoscyamine 6 beta-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,67610
ポリマ－39,8631
非ポリマー8139
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.536, 70.780, 78.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hyoscyamine 6 beta-hydroxylase


分子量: 39863.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SNA - purification tag fragment remained after TEV protease cleavage. N-terminal, C-terminal 3-residues and two loops are disordered.
由来: (組換発現) Datura metel (キチガイナスビ) / 遺伝子: H6H / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6EZB3

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非ポリマー , 8種, 214分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-HYO / [(1S,5R)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl] (2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoate


分子量: 289.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid, 毒素*YM
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#8: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein sample: 20 mg/ml H6H in water, 100 mM N-oxalylglycine, 10 mM hyoscyamine. Mother liquor: 100 mM strontium chloride, 180 mM sodium formate, 21% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 29418 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.971 / Num. unique obs: 1324 / CC1/2: 0.897 / Rrim(I) all: 0.392 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GP6

1gp6


解像度: 1.91→49.24 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 1538 5.24 %
Rwork0.1591 --
obs0.1612 29374 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.55 Å2 / Biso mean: 46.3396 Å2 / Biso min: 20.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 0 57 205 2622
Biso mean--37.3 50.33 -
残基数----299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.91-1.970.25391510.23292334248591
1.97-2.040.27491540.20272407256195
2.04-2.120.20241400.1912525266598
2.12-2.220.20681490.17862561271099
2.22-2.340.21771310.15462569270099
2.34-2.480.20051180.15552528264697
2.48-2.680.17681400.1492560270098
2.68-2.940.19561480.16142557270598
2.94-3.370.22771390.16632550268997
3.37-4.250.19231240.14392600272498
4.25-49.240.17761440.15182645278995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2922-0.29910.44821.2702-0.31582.0414-0.1238-0.07580.00230.10890.10310.13240.1349-0.02510.00030.28120.0211-0.00760.30970.01550.27619.7034.13656.9666
23.4151-0.607-0.41941.75730.21712.6431-0.12930.111-0.02340.03080.08320.08630.2769-0.1212-0.02240.2619-0.01530.00320.23660.03690.22126.11562.39925.2658
30.75790.4275-1.14851.6743-0.52941.9272-0.06630.3712-0.4312-0.2631-0.07550.86810.5533-1.5717-0.46940.4154-0.33350.00250.8549-0.06760.6156-11.8023-5.86071.5306
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 109 )A33 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 293 )A110 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 294 through 344 )A294 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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