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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tnk | ||||||
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タイトル | CARBOXYPEPTIDASE T WITH N-SULFAMOYL-L-VALINE | ||||||
要素 | Carboxypeptidase T | ||||||
キーワード | HYDROLASE / carboxypeptidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CARBOXYPEPTIDASE T WITH N-SULFAMOYL-L-VALINE 著者: Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tnk.cif.gz | 86.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tnk.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tnk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tnk_validation.pdf.gz | 449.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tnk_full_validation.pdf.gz | 451 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6tnk_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tnk_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/6tnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/6tnk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3qnvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36641.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 遺伝子: cpt / 発現宿主: Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) / 参照: UniProt: P29068, carboxypeptidase T | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-NO5 / ( | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / 詳細: 1.4 SA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→29.98 Å / Num. obs: 60407 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 17.49 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/av σ(I): 3.8533 / Net I/σ(I): 15.1556 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 18.25 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 8678 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QNV 解像度: 1.9→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.295 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.46 Å2 / Biso mean: 13.757 Å2 / Biso min: 7.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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