PDB-6tmz: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tmz

タイトル

Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures

要素

[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / OFF-RATE SCREENING / PDHK / HSP90 / SPR / KINASE INHIBITORS / FRAGMENT SCREENING / CANCER / PDK1 / PDK2 / PDK3 / PDK4

機能・相同性

機能・相同性情報

[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures
著者: Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / Collins, P.M. / Krojer, T. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.

履歴

登録	2019年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tmz.cif.gz	143.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tmz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tmpC 6tmqC 6tn0C 6tn2C 6tn4C 6tn5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m4k-d 4v26-d 6tmp-d 6tn2-d 6tmq-d 6tn0-d 5j6a-d 2hf4-d 2bu8-d 1rdw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial

ヘテロ分子

45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.379, 110.379, 83.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDKII 分子量: 44647.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物	ChemComp-TF3 / N-(2-AMINOETHYL)-2-{3-CHLORO-4-[(4-ISOPROPYLBENZYL)OXY]PHENYL} ACETAMIDE 分子量: 360.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₅ClN₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NN8 / [2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-[(1~{R})-6,7-dimethoxy-1-pyridin-3-yl-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl]methanone 分子量: 406.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₂N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.68 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 5.8 0.125 M Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.66→95.591 Å / Num. obs: 10734 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.66→2.92 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 1.333 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 539 / CC_1/2: 0.633 / % possible all: 83.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.71→55.189 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.433 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2619	556	5.203 %
R_work	0.1936	-	-
all	0.197	-	-
obs	-	10687	63.708 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.226 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.222 Å²	-0.111 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.222 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→55.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2703	0	56	31	2790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.642	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.38	1.571	6073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.054	5	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.976	22.708	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.628	15	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.688	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	715
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.23	0.2	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.266	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.157	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.586	6.745	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.588	6.748	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.621	10.098	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.618	10.095	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.554	7.279	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.553	7.276	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.871	10.703	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.869	10.701	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.83	79.871	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.829	79.865	3249

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
2.66-2.729		0	0.278	8	0.278	1220	0.788	0.6557	0.272
2.729-2.804	0.407	13	0.284	125	0.295	1208	0.746	11.4238	0.324	0.674
2.804-2.885	0.406	4	0.243	263	0.246	1190	0.821	22.437	0.27	0.804
2.885-2.974	0.224	15	0.233	313	0.232	1110	0.842	29.5496	0.226	0.804
2.974-3.071	0.342	19	0.242	416	0.246	1122	0.833	38.7701	0.233	0.726
3.071-3.179	0.245	14	0.243	515	0.243	1046	0.83	50.5736	0.237	0.799
3.179-3.299	0.336	42	0.246	579	0.252	1041	0.842	59.6542	0.218	0.817
3.299-3.433	0.314	57	0.26	746	0.263	974	0.852	82.4435	0.229	0.796
3.433-3.586	0.358	46	0.26	897	0.264	960	0.861	98.2292	0.227	0.8
3.586-3.76	0.256	32	0.25	678	0.251	904	0.877	78.5398	0.216	0.876
3.76-3.963	0.476	30	0.254	749	0.262	871	0.892	89.4374	0.22	0.816
3.963-4.203	0.301	36	0.183	782	0.188	818	0.924	100	0.162	0.868
4.203-4.493	0.214	37	0.155	733	0.158	770	0.946	100	0.134	0.937
4.493-4.852	0.259	43	0.141	678	0.148	721	0.954	100	0.128	0.914
4.852-5.314	0.249	44	0.145	623	0.151	667	0.954	100	0.131	0.919
5.314-5.939	0.218	38	0.167	560	0.17	598	0.942	100	0.152	0.933
5.939-6.853	0.279	26	0.167	512	0.172	538	0.947	100	0.157	0.875
6.853-8.382	0.18	27	0.138	427	0.141	454	0.964	100	0.138	0.96
8.382-11.809	0.25	19	0.124	336	0.13	355	0.979	100	0.134	0.946
11.809-95.591	0.187	14	0.34	191	0.326	208	0.881	98.5577	0.354	0.98

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