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万見
- PDB-6tjm: Crystal structure of an Estrogen Receptor alpha 8-mer phosphopept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tjm
タイトルCrystal structure of an Estrogen Receptor alpha 8-mer phosphopeptide in complex with 14-3-3sigma stabilized by Pyrrolidone1
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • C-terminal phosphopeptide of human estrogen receptor alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / Estrogen receptor / 14-3-3 / PPI / stabiliser / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / keratinocyte development / epithelial cell development / keratinization / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / mammary gland alveolus development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / establishment of skin barrier / estrogen response element binding / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / : / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of miRNA transcription / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / cellular response to estradiol stimulus / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / transcription coregulator binding / nitric-oxide synthase regulator activity / negative regulation of innate immune response / steroid binding / protein export from nucleus / TBP-class protein binding / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / stem cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / beta-catenin binding / positive regulation of fibroblast proliferation / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / Ovarian tumor domain proteases / regulation of inflammatory response / response to estradiol / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / Extra-nuclear estrogen signaling
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NE5 / Estrogen receptor / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Andrei, S.A. / Bosica, F. / Ottmann, C. / O'Mahony, G.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Commission オランダ
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: Design of Drug-Like Protein-Protein Interaction Stabilizers Guided By Chelation-Controlled Bioactive Conformation Stabilization.
著者: Bosica, F. / Andrei, S.A. / Neves, J.F. / Brandt, P. / Gunnarsson, A. / Landrieu, I. / Ottmann, C. / O'Mahony, G.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: C-terminal phosphopeptide of human estrogen receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9244
ポリマ－27,4402
非ポリマー4852
水2,288127
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: C-terminal phosphopeptide of human estrogen receptor alpha
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: C-terminal phosphopeptide of human estrogen receptor alpha
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: C-terminal phosphopeptide of human estrogen receptor alpha
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: C-terminal phosphopeptide of human estrogen receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,69816
ポリマ－109,7598
非ポリマー1,9398
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area10230 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area41920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.841, 152.310, 76.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-514-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal phosphopeptide of human estrogen receptor alpha


分子量: 896.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03372*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NE5 / 5-[(2~{R})-2-(4-nitrophenyl)-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-3-(phenylcarbonyl)-2~{H}-pyrrol-1-yl]-2-oxidanyl-benzoic acid


分子量: 460.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H16N2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris, pH 7.0, 10 % v/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→76.78 Å / Num. obs: 31900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 24 / Num. measured all: 398455 / Scaling rejects: 607
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.911.51.2592675323290.8030.3861.3171100
8.27-76.7811.90.02348604090.9980.0070.02489.598.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX3500精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC3

4jc3


解像度: 1.85→76.155 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 1583 4.96 %
Rwork0.197 --
obs0.198 31888 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 199.68 Å2 / Biso mean: 62.1073 Å2 / Biso min: 29.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→76.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1844 0 50 127 2021
Biso mean--51.18 54.19 -
残基数----234
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.90960.38861370.3491272799
1.9096-1.97790.28541460.27562707100
1.9779-2.05710.22211350.22852714100
2.0571-2.15070.23871250.20812730100
2.1507-2.26410.22231380.20652746100
2.2641-2.40590.22451330.21032758100
2.4059-2.59170.25231480.22132714100
2.5917-2.85250.22361520.23342762100
2.8525-3.26530.26961470.22052756100
3.2653-4.11390.20561720.18292775100
4.1139-76.1550.18331500.16422916100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.22081.50610.18164.6062-2.15345.7325-0.1970.0447-0.0547-0.21030.0401-0.153-0.11670.12220.14380.3952-0.06360.00960.2387-0.0420.378739.626229.354424.1989
22.9930.2201-3.54161.2992-0.20566.5463-0.26530.3357-0.0756-0.07070.05930.1173-0.091-0.53040.30960.3327-0.0332-0.04950.3132-0.05690.388520.910825.794531.8586
37.90711.423-3.32554.4354-0.08037.7471-0.251.0316-0.0702-0.5118-0.00530.14-0.3418-0.89630.22890.4174-0.0409-0.08310.5401-0.03390.355421.372325.539616.5633
48.3243-3.494-3.77526.66172.97772.2303-0.02770.81880.1889-0.6552-0.58140.7849-0.5869-1.80850.49280.45440.0129-0.20340.8759-0.05080.465414.987222.43311.9456
51.8595-1.808-0.783.38250.93272.96560.10630.0104-0.31520.0012-0.35890.46280.462-0.75740.19050.4558-0.261-0.01210.5757-0.10760.389819.75968.063514.6833
67.81861.7017.2052.17922.71057.52440.0592-0.97940.75870.30220.1438-0.0723-0.0844-0.4743-0.00510.5485-0.1575-0.00810.6394-0.10210.479819.521513.080625.5251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 37 )A-4 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 106 )A38 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 139 )A107 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 161 )A140 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 162 through 231 )A162 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 591 through 595 )B591 - 595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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