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- PDB-6tgd: Crystal structure of NDM-1 in complex with triazole-based inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tgd
タイトルCrystal structure of NDM-1 in complex with triazole-based inhibitor OP31
要素Metallo-beta-lactamase NDM-1
キーワードHYDROLASE / New Delhi metallo-beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N8Q / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Maso, L. / Spirakis, F. / Santucci, M. / Simon, C. / Docquier, J.D. / Cruciani, G. / Costi, M.P. / Tondi, D. / Cendron, L.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
European Communitys Seventh Framework Programme286998 イタリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Virtual screening identifies broad-spectrum beta-lactamase inhibitors with activity on clinically relevant serine- and metallo-carbapenemases.
著者: Spyrakis, F. / Santucci, M. / Maso, L. / Cross, S. / Gianquinto, E. / Sannio, F. / Verdirosa, F. / De Luca, F. / Docquier, J.D. / Cendron, L. / Tondi, D. / Venturelli, A. / Cruciani, G. / Costi, M.P.
履歴
登録2019年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase NDM-1
B: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,89612
ポリマ－50,9492
非ポリマー94710
水6,233346
1
A: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9486
ポリマ－25,4751
非ポリマー4735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9486
ポリマ－25,4751
非ポリマー4735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.678, 73.665, 77.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 25474.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: not visible in the electron density / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4JT39
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-N8Q / 4-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methyl]-3-pyridin-3-yl-1~{H}-1,2,4-triazole-5-thione


分子量: 262.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3 M MgCl2 exahydrate; 0.3 M CaCl2 dihydrate; 25% w/v PEG 3350; 25% w/v MPD; 20% v/v PEG 1000; 0.1 M MES/IMIDAZOLE pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→42.42 Å / Num. obs: 89075 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.33→1.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8196 / CC1/2: 0.714 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IBV

6ibv


解像度: 1.33→42.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2073 4611 5.2 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1865 84461 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.19 Å2 / Biso mean: 19.037 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3418 0 44 346 3808
Biso mean--31.1 26.6 -
残基数----460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0123653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.6384992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6415486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.74923.023172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47815551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6521517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022866
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.61433653
LS精密化 シェル解像度: 1.332→1.367 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.598 358 -
Rwork0.59 5939 -
all-6297 -
obs--93.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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