PDB-6tfn: Linalool Dehydratase Isomerase in complex with Myrcene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tfn

タイトル

Linalool Dehydratase Isomerase in complex with Myrcene

要素

Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

キーワード

LYASE / Alkene / Alkenol / Hydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

linalool dehydratase / geraniol isomerase / monoterpene catabolic process / intramolecular hydroxytransferase activity / monoterpenoid metabolic process / hydro-lyase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Castellaniella defragrans 65Phen (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Cuetos, A. / Zukic, E. / Danesh-Azari, H.R. / Grogan, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Mutational Analysis of Linalool Dehydratase Isomerase Suggests That Alcohol and Alkene Transformations Are Catalyzed Using Noncovalent Mechanisms
著者: Cuetos, A. / Iglesias-Fernandez, J. / Danesh-Azari, H.R. / Zukic, E. / Dowle, A. / Osuna, S. / Grogan, G.

履歴

登録	2019年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6tfn.ent.gz	589 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6tfn_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tfn_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
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CIF形式データ	6tfn_validation.cif.gz	176.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/6tfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/6tfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t9hC 6tfrC 6tftC 6thmC 5g1uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t9h-1 6t9h-2 5hlr-d 5g1u-d 6tft-d 5i3t-d 5g1v-d 5g1w-d 6thm-d 5hss-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

B: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

C: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

D: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

E: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

F: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

G: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

H: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

I: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

J: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

ヘテロ分子

421 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

B: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

C: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

D: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

E: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
210 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

G: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

H: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

I: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

J: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
211 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.775, 110.440, 236.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.200, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	4 - 365	4 - 365
2	1	LEU	LEU	B	B	4 - 365	4 - 365
1	2	LEU	LEU	A	A	4 - 365	4 - 365
2	2	LEU	LEU	C	C	4 - 365	4 - 365
1	3	PRO	PRO	A	A	5 - 364	5 - 364
2	3	PRO	PRO	D	D	5 - 364	5 - 364
1	4	LEU	LEU	A	A	4 - 364	4 - 364
2	4	LEU	LEU	E	E	4 - 364	4 - 364
1	5	PRO	PRO	A	A	5 - 364	5 - 364
2	5	PRO	PRO	F	F	5 - 364	5 - 364
1	6	LEU	LEU	A	A	4 - 364	4 - 364
2	6	LEU	LEU	G	G	4 - 364	4 - 364
1	7	LEU	LEU	A	A	4 - 364	4 - 364
2	7	LEU	LEU	H	H	4 - 364	4 - 364
1	8	LEU	LEU	A	A	4 - 364	4 - 364
2	8	LEU	LEU	I	I	4 - 364	4 - 364
1	9	LEU	LEU	A	A	4 - 364	4 - 364
2	9	LEU	LEU	J	J	4 - 364	4 - 364
1	10	LEU	LEU	B	B	4 - 365	4 - 365
2	10	LEU	LEU	C	C	4 - 365	4 - 365
1	11	PRO	PRO	B	B	5 - 364	5 - 364
2	11	PRO	PRO	D	D	5 - 364	5 - 364
1	12	LEU	LEU	B	B	4 - 364	4 - 364
2	12	LEU	LEU	E	E	4 - 364	4 - 364
1	13	PRO	PRO	B	B	5 - 364	5 - 364
2	13	PRO	PRO	F	F	5 - 364	5 - 364
1	14	LEU	LEU	B	B	4 - 364	4 - 364
2	14	LEU	LEU	G	G	4 - 364	4 - 364
1	15	LEU	LEU	B	B	4 - 364	4 - 364
2	15	LEU	LEU	H	H	4 - 364	4 - 364
1	16	LEU	LEU	B	B	4 - 364	4 - 364
2	16	LEU	LEU	I	I	4 - 364	4 - 364
1	17	LEU	LEU	B	B	4 - 364	4 - 364
2	17	LEU	LEU	J	J	4 - 364	4 - 364
1	18	PRO	PRO	C	C	5 - 364	5 - 364
2	18	PRO	PRO	D	D	5 - 364	5 - 364
1	19	LEU	LEU	C	C	4 - 364	4 - 364
2	19	LEU	LEU	E	E	4 - 364	4 - 364
1	20	PRO	PRO	C	C	5 - 364	5 - 364
2	20	PRO	PRO	F	F	5 - 364	5 - 364
1	21	LEU	LEU	C	C	4 - 364	4 - 364
2	21	LEU	LEU	G	G	4 - 364	4 - 364
1	22	LEU	LEU	C	C	4 - 364	4 - 364
2	22	LEU	LEU	H	H	4 - 364	4 - 364
1	23	LEU	LEU	C	C	4 - 364	4 - 364
2	23	LEU	LEU	I	I	4 - 364	4 - 364
1	24	LEU	LEU	C	C	4 - 364	4 - 364
2	24	LEU	LEU	J	J	4 - 364	4 - 364
1	25	PRO	PRO	D	D	5 - 364	5 - 364
2	25	PRO	PRO	E	E	5 - 364	5 - 364
1	26	PRO	PRO	D	D	5 - 365	5 - 365
2	26	PRO	PRO	F	F	5 - 365	5 - 365
1	27	PRO	PRO	D	D	5 - 364	5 - 364
2	27	PRO	PRO	G	G	5 - 364	5 - 364
1	28	PRO	PRO	D	D	5 - 364	5 - 364
2	28	PRO	PRO	H	H	5 - 364	5 - 364
1	29	PRO	PRO	D	D	5 - 364	5 - 364
2	29	PRO	PRO	I	I	5 - 364	5 - 364
1	30	PRO	PRO	D	D	5 - 364	5 - 364
2	30	PRO	PRO	J	J	5 - 364	5 - 364
1	31	PRO	PRO	E	E	5 - 364	5 - 364
2	31	PRO	PRO	F	F	5 - 364	5 - 364
1	32	ALA	ALA	E	E	2 - 365	2 - 365
2	32	ALA	ALA	G	G	2 - 365	2 - 365
1	33	GLU	GLU	E	E	3 - 364	3 - 364
2	33	GLU	GLU	H	H	3 - 364	3 - 364
1	34	GLU	GLU	E	E	3 - 364	3 - 364
2	34	GLU	GLU	I	I	3 - 364	3 - 364
1	35	ALA	ALA	E	E	2 - 365	2 - 365
2	35	ALA	ALA	J	J	2 - 365	2 - 365
1	36	PRO	PRO	F	F	5 - 364	5 - 364
2	36	PRO	PRO	G	G	5 - 364	5 - 364
1	37	PRO	PRO	F	F	5 - 364	5 - 364
2	37	PRO	PRO	H	H	5 - 364	5 - 364
1	38	PRO	PRO	F	F	5 - 364	5 - 364
2	38	PRO	PRO	I	I	5 - 364	5 - 364
1	39	PRO	PRO	F	F	5 - 364	5 - 364
2	39	PRO	PRO	J	J	5 - 364	5 - 364
1	40	GLU	GLU	G	G	3 - 364	3 - 364
2	40	GLU	GLU	H	H	3 - 364	3 - 364
1	41	GLU	GLU	G	G	3 - 364	3 - 364
2	41	GLU	GLU	I	I	3 - 364	3 - 364
1	42	ALA	ALA	G	G	2 - 365	2 - 365
2	42	ALA	ALA	J	J	2 - 365	2 - 365
1	43	GLU	GLU	H	H	3 - 365	3 - 365
2	43	GLU	GLU	I	I	3 - 365	3 - 365
1	44	GLU	GLU	H	H	3 - 364	3 - 364
2	44	GLU	GLU	J	J	3 - 364	3 - 364
1	45	GLU	GLU	I	I	3 - 364	3 - 364
2	45	GLU	GLU	J	J	3 - 364	3 - 364

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Linalool dehydratase-isomerase protein LDI 分子量: 41993.715 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Castellaniella defragrans 65Phen (バクテリア) 遺伝子: BN940_14136 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W8X534
#2: 化合物	ChemComp-N6Q / 7-methyl-3-methylidene-oct-1-ene 分子量: 138.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.02 M phosphate buffer; 0.1 M bis-tris propane pH 6.5; 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→49.97 Å / Num. obs: 228868 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 11471 / CC_1/2: 0.6 / R_pim(I) all: 0.58 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5G1U

5g1u

解像度: 2.18→49.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 5.569 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	11483	5 %	RANDOM
R_work	0.1891	-	-	-
obs	0.1901	217357	98.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.48 Å² / B_iso mean: 35.172 Å² / B_iso min: 16.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0.54 Å²
2-	-	-0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.18→49.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28609	0	60	965	29634
B_iso mean	-	-	64.54	34.45	-
残基数	-	-	-	-	3626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	29570
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	26548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.642	40262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.361	1.568	61280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.421	5	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.584	21.644	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.762	15	4439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.449	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	3709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	33531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6733

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12274	0.03
1	2	B	12274	0.03
2	1	A	12316	0.04
2	2	C	12316	0.04
3	1	A	12221	0.04
3	2	D	12221	0.04
4	1	A	12285	0.04
4	2	E	12285	0.04
5	1	A	12308	0.03
5	2	F	12308	0.03
6	1	A	12286	0.04
6	2	G	12286	0.04
7	1	A	12280	0.04
7	2	H	12280	0.04
8	1	A	12303	0.04
8	2	I	12303	0.04
9	1	A	12279	0.04
9	2	J	12279	0.04
10	1	B	12342	0.03
10	2	C	12342	0.03
11	1	B	12243	0.03
11	2	D	12243	0.03
12	1	B	12311	0.03
12	2	E	12311	0.03
13	1	B	12311	0.03
13	2	F	12311	0.03
14	1	B	12321	0.03
14	2	G	12321	0.03
15	1	B	12299	0.03
15	2	H	12299	0.03
16	1	B	12330	0.03
16	2	I	12330	0.03
17	1	B	12303	0.03
17	2	J	12303	0.03
18	1	C	12288	0.04
18	2	D	12288	0.04
19	1	C	12378	0.03
19	2	E	12378	0.03
20	1	C	12353	0.04
20	2	F	12353	0.04
21	1	C	12373	0.03
21	2	G	12373	0.03
22	1	C	12402	0.03
22	2	H	12402	0.03
23	1	C	12396	0.03
23	2	I	12396	0.03
24	1	C	12372	0.03
24	2	J	12372	0.03
25	1	D	12342	0.04
25	2	E	12342	0.04
26	1	D	12377	0.04
26	2	F	12377	0.04
27	1	D	12310	0.04
27	2	G	12310	0.04
28	1	D	12332	0.04
28	2	H	12332	0.04
29	1	D	12362	0.03
29	2	I	12362	0.03
30	1	D	12322	0.04
30	2	J	12322	0.04
31	1	E	12347	0.03
31	2	F	12347	0.03
32	1	E	12409	0.04
32	2	G	12409	0.04
33	1	E	12438	0.03
33	2	H	12438	0.03
34	1	E	12417	0.04
34	2	I	12417	0.04
35	1	E	12513	0.02
35	2	J	12513	0.02
36	1	F	12337	0.03
36	2	G	12337	0.03
37	1	F	12348	0.03
37	2	H	12348	0.03
38	1	F	12370	0.03
38	2	I	12370	0.03
39	1	F	12338	0.03
39	2	J	12338	0.03
40	1	G	12372	0.04
40	2	H	12372	0.04
41	1	G	12402	0.04
41	2	I	12402	0.04
42	1	G	12415	0.04
42	2	J	12415	0.04
43	1	H	12538	0.04
43	2	I	12538	0.04
44	1	H	12485	0.03
44	2	J	12485	0.03
45	1	I	12447	0.04
45	2	J	12447	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.18→2.237 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	879	-
R_work	0.268	16221	-
all	-	17100	-
obs	-	-	99.85 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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