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- PDB-6t9p: Human Butyrylcholinesterase in complex with 2-(N-hydroxyimino)-N-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9p
タイトルHuman Butyrylcholinesterase in complex with 2-(N-hydroxyimino)-N-[(1R)-3-{4-[(2-methyl-1H-imidazol-1-yl)methyl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}-1- phenylpropyl]acetamide
要素Cholinesterase
キーワードHYDROLASE / Butyrylcholinesterase / Complex / Oxime
機能・相同性
機能・相同性情報


cholinesterase / neuroblast differentiation / cocaine catabolic process / response to folic acid / Neurotransmitter clearance / choline binding / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / cholinesterase activity / choline metabolic process ...cholinesterase / neuroblast differentiation / cocaine catabolic process / response to folic acid / Neurotransmitter clearance / choline binding / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / cholinesterase activity / choline metabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / hydrolase activity, acting on ester bonds / acetylcholinesterase activity / Aspirin ADME / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / catalytic activity / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / xenobiotic metabolic process / response to glucocorticoid / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / enzyme binding / : / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family ...Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MXB / Cholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Brazzolotto, X. / Sinko, G. / Marakovic, N. / Knezevic, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Ministry of Armed ForcesNBC-5-C-4210 フランス
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Enantioseparation, in vitro testing, and structural characterization of triple-binding reactivators of organophosphate-inhibited cholinesterases.
著者: Marakovic, N. / Knezevic, A. / Roncevic, I. / Brazzolotto, X. / Kovarik, Z. / Sinko, G.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年8月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id
改定 4.02021年2月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Ligand geometry
詳細: In the initial deposition, an extra nitrogen atom was modeled for the ligand and is corrected in this release
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 4.12022年12月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 4.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 4.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,33411
ポリマ－59,7141
非ポリマー2,62010
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area21640 Å2
2
A: Cholinesterase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)498,67288
ポリマ－477,7088
非ポリマー20,96480
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
crystal symmetry operation5_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation6_576x,-y+2,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_776-y+2,-x+2,-z+11
Buried area38460 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area157100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.140, 154.140, 127.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cholinesterase / Acylcholine acylhydrolase / Butyrylcholine esterase / Choline esterase II / Pseudocholinesterase


分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE, CHE1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06276, cholinesterase

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[1-deoxy-alpha-D-tagatopyranose-(2-6)]2-acetamido-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[1-deoxy-alpha-D-tagatopyranose-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][ma112h-2a_2-6]/1-1-2/a4-b1_a6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+2)][a-D-1-deoxy-Tagp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 60分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MXB / (R,E)-2-(hydroxyimino)-N-(3-(4-((2-methyl-1H-imidazol-1-yl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl)-1-phenylpropyl)acetamide / (2~{E})-2-hydroxyimino-~{N}-[(1~{R})-3-[4-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-1-phenyl-propyl]ethanamide


分子量: 367.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H21N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→41.43 Å / Num. obs: 21379 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 26.9 % / Biso Wilson estimate: 70.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1883 / Rpim(I) all: 0.03707 / Rrim(I) all: 0.1919 / Net I/σ(I): 14.41
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / 冗長度: 28.2 % / Rmerge(I) obs: 2.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 2100 / CC1/2: 0.601 / Rpim(I) all: 0.5427 / Rrim(I) all: 2.899 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1p0i

1p0i


解像度: 2.7→41.43 Å / SU ML: 0.442 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.604
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 1069 5 %Random
Rwork0.2101 20303 --
obs0.2123 21372 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4195 0 171 56 4422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00954503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06116117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0567673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7388646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.820.40441310.35382501X-RAY DIFFRACTION99.85
2.82-2.970.3681310.28572481X-RAY DIFFRACTION99.85
2.97-3.160.34921320.26972509X-RAY DIFFRACTION99.92
3.16-3.40.30271320.24152512X-RAY DIFFRACTION99.92
3.4-3.740.25631330.192513X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.280.24541330.17592532X-RAY DIFFRACTION99.96
4.29-5.40.20571350.18062569X-RAY DIFFRACTION99.96
5.4-41.430.2131420.20482686X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 137.382185566 Å / Origin y: 121.889798457 Å / Origin z: 38.6919415177 Å
111213212223313233
T0.338345801053 Å2-0.0215504660466 Å20.00127001694103 Å2-0.324443952857 Å2-0.0308736869086 Å2--0.35608598103 Å2
L1.0586194756 °20.388850845488 °20.432506703985 °2-0.891838120745 °20.135417573467 °2--1.16522979674 °2
S-0.019694029154 Å °-0.0372850434418 Å °-0.0949890723985 Å °-0.0792725245297 Å °0.0605254720842 Å °-0.0014200225515 Å °0.0864920504465 Å °-0.0449153320413 Å °0.00105697698017 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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