PDB-6t6y: Structure of the Bottromycin epimerase BotH in complex with Bottr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t6y

タイトル

Structure of the Bottromycin epimerase BotH in complex with Bottromycin A2

要素

BotH

キーワード

HYDROLASE / Bottromycin / RiPP / Epimerase / ABH

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / catalytic activity / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Bottromycin A2 / BotH

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: The bottromycin epimerase BotH defines a group of atypical alpha / beta-hydrolase-fold enzymes.
著者: Sikandar, A. / Franz, L. / Adam, S. / Santos-Aberturas, J. / Horbal, L. / Luzhetskyy, A. / Truman, A.W. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J.

履歴

登録	2019年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t6y.cif.gz	194.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t6y.ent.gz	128.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6t6y_validation.pdf.gz	881 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t6y_full_validation.pdf.gz	885.6 KB	表示
XML形式データ	6t6y_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	6t6y_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6t6hSC 6t6xC 6t6zC 6t70C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nbq-3 6t70-d 4ke6-4 4l0c-4 4l0c-6 4l0c-3 1lvb-2 4l0c-7 4l0c-8 2iip-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: BotH

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.986, 80.109, 89.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- HOH
2	1	A-435- HOH
3	1	A-449- HOH
4	1	A-517- HOH
5	1	A-580- HOH
6	1	A-593- HOH
7	1	A-594- HOH
8	1	A-596- HOH

#1: タンパク質	BotH 分子量: 33089.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア) 遺伝子: botH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: K4MHV9
#2: 化合物	ChemComp-MQH / Bottromycin A2 分子量: 823.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₆₂N₈O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, ammonium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→44.71 Å / Num. obs: 47303 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2324 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T6H

6t6h

解像度: 1.4→44.71 Å / SU ML: 0.1171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5335

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1823	2373	5.02 %
R_work	0.1592	-	-
obs	0.1604	47297	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→44.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1929	0	58	225	2212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0163	2045
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4255	2780
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1057	295
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0125	375
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6687	726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.43	0.2625	131	0.2282	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.43-1.46	0.23	122	0.2201	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.46-1.49	0.2521	140	0.205	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.14
1.49-1.53	0.2262	136	0.1959	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.53-1.57	0.2034	127	0.19	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.57-1.62	0.1953	145	0.1682	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.62-1.67	0.1883	131	0.1686	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.67-1.73	0.1932	145	0.1633	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.73-1.8	0.1589	156	0.163	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.8-1.88	0.1792	144	0.1547	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.88-1.98	0.176	137	0.1461	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.98-2.11	0.188	125	0.1395	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.11-2.27	0.1583	158	0.1407	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.27-2.5	0.1745	141	0.1428	2659	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.5-2.86	0.1631	142	0.1468	2646	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.86-3.6	0.1788	147	0.151	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.6-44.71	0.1886	146	0.1715	2784	X-RAY DIFFRACTION	98.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.84496725467	0.688112815673	-0.00780578739655	5.42272503506	0.423512580814	2.24784308372	-0.0243425357182	-0.117907649623	-0.0439598536082	0.0816309876021	-0.042333854606	0.190258216386	-0.0099012760518	-0.0828091500442	-0.00246979037156	0.128492922753	0.0172907864269	0.0136006683379	0.131403559249	-0.0122299602503	0.115944020569	-27.9377990177	-3.92223241928	-6.22445024301
2	2.16435325601	0.0555894551354	-0.626032649739	3.42538706107	-0.861372449609	3.69591916459	0.0079472797717	-0.085629610147	-0.182134816906	0.0402340569309	0.0137680778801	0.162690901072	0.108521256306	-0.0834985902298	-0.00342765386597	0.0971165535444	0.0209510835176	-0.00108473281147	0.101148779495	-0.0220616817585	0.119143139518	-25.9788428709	-13.2278501918	-13.5947424242
3	1.71854992782	-1.12390293408	-0.471459492918	3.24899418142	-0.0774035954538	5.06420703155	0.0534323749403	0.0387621430138	-0.272121420596	0.162560626606	0.106248702082	0.0795338520526	0.548340867108	-0.488452688317	0.0255833513888	0.150837434131	-0.0432323175084	-0.0199772001714	0.135135035545	0.00252611992388	0.177148701762	-26.875777582	-19.2874469119	-10.6162567223
4	6.25835452995	1.84434794181	-2.78101297252	4.47157365774	-2.84615518468	5.4416960357	-0.0860737883741	0.157919202248	0.24839497445	-0.108403848656	0.0866669395062	0.00846303063129	-0.0588982050651	-0.0791424793805	-0.0333345360124	0.122408227867	0.0183915304062	-0.00378524060913	0.106044273733	-0.021164334971	0.116628142679	-23.7343616633	2.59729588515	-15.7859966144
5	3.85171056951	0.250292418785	-1.02862606389	3.03293759289	-1.72730419745	5.93762897535	-0.00675584560089	-0.239194823531	0.01770838581	0.207544170217	-0.128761509035	-0.0774415479927	0.0982312514774	0.224804223782	0.095987176121	0.149515844646	0.0263928846461	-0.014251569689	0.127591248685	-0.0347158739409	0.123856197573	-18.5032065287	-5.32359560528	-4.94945336065
6	1.46913883302	-0.539360978291	0.243841130805	1.34065908696	-0.370854369895	0.832694006862	0.0353599686396	0.199063424315	0.0646869303352	-0.182568189683	-0.0681030241763	-0.136890612409	0.014999971967	0.0810770039451	0.050190193978	0.146951685894	0.019045664831	0.0224139187483	0.147031853561	-0.0141588586367	0.145314673932	-15.8611967052	-6.58469441996	-21.9075855858
7	3.691321216	-1.7292080658	0.407054407969	7.06358707142	1.94550114207	4.20104929275	0.0339437297048	0.243080207718	-0.186331735733	-0.292717208936	-0.00353044331761	0.188683565174	0.0970774239191	-0.0479322619056	0.0479878652419	0.135754510015	0.00507250278224	-0.00623182587897	0.173742062414	-0.0283830859054	0.141306475339	-28.1011167	-9.51401444254	-27.6512287521
8	2.72248352825	-1.85124680458	1.21065968247	3.07012129178	-1.19755167762	1.79502932368	-0.0817295525478	-0.0833437941886	0.247864251099	0.0109460229395	0.0268916013173	-0.38468614261	0.01191846021	0.0655985855626	0.0323342839846	0.153614354677	0.00892687318063	0.0136781031533	0.176250208056	-0.0184990837491	0.187767145166	-10.6261644466	-3.65743899873	-16.3110840843
9	3.03309406029	0.282566189033	0.434087238556	2.01825592082	0.462902338469	1.8086328364	-0.0695264078927	0.160421082209	-0.0739672106552	-0.0706406954564	0.112913887642	-0.168319032115	0.0897363289375	0.171682051593	-0.0546165154031	0.160311255232	0.0314660615373	0.0278149911154	0.152692088378	-0.0245428975844	0.177540895797	-7.61611205437	-19.7282163042	-22.047268597
10	4.03635153687	0.961548129759	-1.70986934606	5.23242273111	-3.33097681015	2.6556988601	-0.0524014118207	0.0416527809527	-0.22410256094	-0.165086241064	-0.0104867046622	0.0153729141824	0.182960201217	0.0626528386029	0.0814804316664	0.184322075581	0.0160507278858	0.00940565647726	0.115566127753	-0.0463097350507	0.159546046379	-19.6173978997	-23.2955357747	-19.8960380762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 65 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 66 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 103 through 167 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 168 through 182 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 183 through 208 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 209 through 242 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 243 through 262 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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