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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t5d | ||||||
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タイトル | 3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000014a. | ||||||
![]() | (Genome polyprotein) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Viral protease. | ||||||
機能・相同性 | ![]() calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis ...calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Southampton virus | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, J. / Cooper, J.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: In crystallo-screening for discovery of human norovirus 3C-like protease inhibitors. 著者: Guo, J. / Douangamath, A. / Song, W. / Coker, A.R. / Chan, A.W.E. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. / Resnick, E. / London, N. / Delft, F.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 709.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 712 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6t1qSC ![]() 6t2iC ![]() 6t2xC ![]() 6t3gC ![]() 6t49C ![]() 6t4eC ![]() 6t4sC ![]() 6t5rC ![]() 6t6wC ![]() 6t71C ![]() 6t82C ![]() 6t8rC ![]() 6t8tC ![]() 6talC ![]() 6tawC ![]() 6tboC ![]() 6tbpC ![]() 6tc1C ![]() 6tcfC ![]() 6tglC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18387.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ORF1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04544, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18387.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ORF1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04544, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA-directed RNA polymerase |
#3: 化合物 | ChemComp-MJW / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: Protein concentration 4 mg/ml. 0.2 M ammonium citrate and 12% (v/v) PEG3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.42→61.07 Å / Num. obs: 60967 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 179818 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6t1q 解像度: 1.42→61.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.905 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0608 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.065 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS ANISOTROPIC U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.8 Å2 / Biso mean: 26.087 Å2 / Biso min: 9.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.42→61.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.42→1.457 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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