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万見
- PDB-6t4w: ROR(gamma)t ligand binding domain in complex with 20-alpha-hydrox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t4w
タイトルROR(gamma)t ligand binding domain in complex with 20-alpha-hydroxycholesterol and allosteric ligand Glenmark
要素Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードGENE REGULATION / Nuclear Receptor / Allosteric / Inverse Agonist / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor
類似検索 - ドメイン・相同性
(3alpha,8alpha)-cholest-5-ene-3,20-diol / Chem-MJE / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者de Vries, R.M.J.M. / Meijer, F.A. / Brunsveld, L.
資金援助 オランダ, 3件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.001.035 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)016.150.366 オランダ
European Union (EU)705188
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Cooperativity between the orthosteric and allosteric ligand binding sites of ROR gamma t.
著者: de Vries, R.M.J.M. / Meijer, F.A. / Doveston, R.G. / Leijten-van de Gevel, I.A. / Brunsveld, L.
履歴
登録2019年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0905
ポリマ－28,0721
非ポリマー1,0184
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.317, 108.317, 99.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 28071.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MJE / 4-[1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]carbonyl-5-methyl-thieno[3,2-c]pyrazol-3-yl]benzoic acid


分子量: 431.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H12Cl2N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-HCD / (3alpha,8alpha)-cholest-5-ene-3,20-diol / 20S-hydroxycholesterol / (20S)-20-ヒドロキシコレステロ-ル


分子量: 402.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: none - crystallized in storage buffer upon evaporation

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033218 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033218 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→54.16 Å / Num. obs: 37690 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 37.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
1.71-1.7527400.7311
7.65-54.165190.9991

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SAL

6sal


解像度: 1.71→54.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 5.584 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20003 1920 5.1 %RANDOM
Rwork0.1596 ---
obs0.16167 35675 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-0.69 Å2-0 Å2
2---1.38 Å20 Å2
3---4.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→54.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1972 0 69 176 2217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0182140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.9182902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1112.934609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8985253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.92422.913103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39715382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3421518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.913.051988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9043.049987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6824.5781243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6814.5781244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2483.5091152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2473.5091153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.915.091658
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.26937.4512601
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.08336.8992559
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.08134127
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.755 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 138 -
Rwork0.298 2588 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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