PDB-6t0k: Crystal structure of CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t0k

タイトル

Crystal structure of CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole

要素

CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome / P450 / CYP / CYP124 / 124 / imidazole / carbethoxy / hexyl / carbethoxyhexyl / CHImi / inhibition / tuberculosis / mycobacterium tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

methyl-branched lipid omega-hydroxylase / methyl-branched fatty acid metabolic process / cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / fatty acid omega-oxidation / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / NADPH binding / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Bukhdruker, S. / Marin, E. / Varaksa, T. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Metabolic Fate of Human Immunoactive Sterols in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Grabovec, I. / Marin, E. / Kavaleuski, A. / Gusach, A. / Kovalev, K. / Maslov, I. / Luginina, A. / Zabelskii, D. / Astashkin, R. / Shevtsov, M. / Smolskaya, S. ...

履歴

登録	2019年10月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年2月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.0	2021年2月17日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _citation.year / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2023年1月25日	Group: Database references / Experimental preparation / カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.pH
改定 2.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t0k.cif.gz	279.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t0k.ent.gz	200.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t0k_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t0k_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6t0k_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	6t0k_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/6t0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/6t0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t0fSC 6t0gC 6t0hC 6t0lC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3awp-d 3tl8-2 3buj-d 5y5l-1 5gnm-1 1ehe-d 6t0l-d 3cy1-d 3rwl-d 2jjp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole

ヘテロ分子

50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.620, 75.030, 56.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.923, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole 分子量: 48838.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPP3

-
非ポリマー , 6種, 674分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-M65 / ethyl 7-imidazol-1-ylheptanoate 分子量: 224.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M BisTris, 0.2 M Magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.06→30 Å / Num. obs: 183003 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 11.57 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
4.74-30	3.1	23.1	2097	0.994	0.061	97.3
3.35-4.74	3.2	23	3827	0.995	0.055	98.8
2.74-3.35	3.5	21.4	4934	0.995	0.058	99.3
2.37-2.74	3.4	18.5	5852	0.994	0.064	99.4
2.12-2.37	3.2	16.4	6586	0.994	0.07	99.1
1.94-2.12	3.3	14	7274	0.991	0.083	99.3
1.79-1.94	3.4	11.4	7956	0.987	0.109	99.6
1.68-1.79	3.3	8.8	8509	0.976	0.148	99.6
1.58-1.68	3.2	7.1	9075	0.966	0.186	99.5
1.5-1.58	3.2	5.7	9555	0.945	0.241	99.6
1.43-1.5	3.3	4.3	10088	0.907	0.328	99.6
1.37-1.43	3.1	3	10473	0.839	0.464	99.1
1.31-1.37	3.1	2.4	10793	0.775	0.577	98.3
1.27-1.31	3.1	1.9	11376	0.686	0.713	99.1
1.22-1.27	3.1	1.6	11774	0.587	0.864	99.2
1.19-1.22	2.9	1.2	12139	0.515	1.002	99
1.15-1.19	2.8	1	12194	0.359	1.18	96.9
1.12-1.15	2.7	0.7	12773	0.3	1.445	97.8
1.09-1.12	2.6	0.5	13135	0.198	1.842	98.5
1.06-1.09	2.2	0.4	12593	0.123	2.348	91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE	2	データ収集
XDS	20171218	データ削減
XSCALE	20190315	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.16_3549	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T0F

6t0f

解像度: 1.18→29.52 Å / SU ML: 0.1251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1564	6629	4.97 %
R_work	0.1308	-	-
obs	0.1321	133369	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→29.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3381	0	84	665	4130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	4396
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8921	6098
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0803	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	849
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6137	1666

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.18-1.19	0.3202	172	0.2953	3530	X-RAY DIFFRACTION	81.99
1.19-1.21	0.2935	212	0.2817	4236	X-RAY DIFFRACTION	99.24
1.21-1.22	0.271	255	0.2615	4193	X-RAY DIFFRACTION	99.22
1.22-1.24	0.2553	220	0.2469	4213	X-RAY DIFFRACTION	99.28
1.24-1.25	0.2496	221	0.2397	4242	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.25-1.27	0.2577	213	0.2398	4213	X-RAY DIFFRACTION	99.28
1.27-1.29	0.2696	243	0.2254	4261	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.29-1.31	0.2562	203	0.2199	4196	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.31-1.33	0.2225	219	0.2137	4223	X-RAY DIFFRACTION	98.47
1.33-1.35	0.2592	209	0.1941	4219	X-RAY DIFFRACTION	98.69
1.35-1.37	0.2267	215	0.1901	4269	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.37-1.4	0.2135	246	0.1843	4225	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.4-1.43	0.2071	235	0.1737	4184	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.43-1.46	0.1872	221	0.1545	4241	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.46-1.49	0.1736	230	0.1297	4260	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.49-1.52	0.151	218	0.1157	4248	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.52-1.56	0.1482	229	0.1088	4268	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.56-1.6	0.1434	226	0.1029	4232	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.6-1.65	0.1448	217	0.1013	4274	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.65-1.7	0.1306	243	0.1028	4224	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.7-1.76	0.1396	225	0.1033	4276	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.76-1.83	0.137	228	0.1037	4260	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.83-1.92	0.142	205	0.104	4269	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.92-2.02	0.1307	208	0.1014	4316	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.02-2.14	0.127	246	0.1066	4206	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.14-2.31	0.1371	200	0.1105	4244	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.31-2.54	0.1322	221	0.115	4304	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.54-2.91	0.1406	239	0.1206	4257	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.91-3.66	0.1223	211	0.1112	4311	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.66-29.52	0.144	199	0.1278	4346	X-RAY DIFFRACTION	98.55

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