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- PDB-6ssz: Structure of the Plasmodium falciparum falcipain 2 protease in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ssz
タイトルStructure of the Plasmodium falciparum falcipain 2 protease in complex with an (E)-chalcone inhibitor.
要素Cysteine proteinase falcipain 2a
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / complex / malaria / haemoglobin / proteolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


food vacuole / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JV1 / Falcipain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Machin, J. / Kantsadi, A. / Vakonakis, I.
引用ジャーナル: Malar.J. / 年: 2019
タイトル: The complex of Plasmodium falciparum falcipain-2 protease with an (E)-chalcone-based inhibitor highlights a novel, small, molecule-binding site.
著者: Machin, J.M. / Kantsadi, A.L. / Vakonakis, I.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine proteinase falcipain 2a
B: Cysteine proteinase falcipain 2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9544
ポリマ－54,3592
非ポリマー5952
水00
1
A: Cysteine proteinase falcipain 2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4772
ポリマ－27,1801
非ポリマー2971
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cysteine proteinase falcipain 2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4772
ポリマ－27,1801
非ポリマー2971
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.431, 109.431, 107.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cysteine proteinase falcipain 2a / Falcipain 2


分子量: 27179.660 Da / 分子数: 2 / 変異: C25A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Features a C25A mutation using the numbering system of the entry.
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9N6S8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-JV1 / (~{E})-3-(1,3-benzodioxol-5-yl)-1-(3-nitrophenyl)prop-2-en-1-one


分子量: 297.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Mother liquor comprising 0.12 M of monosaccharides mixture (D-glucose; D-mannose; D-galactose; L-fucose; D-xylose; N-acetyl-D-glucosamine), 0.1 M Tris/Bicine (pH 8.5); 20% v/v glycerol, 10% ...詳細: Mother liquor comprising 0.12 M of monosaccharides mixture (D-glucose; D-mannose; D-galactose; L-fucose; D-xylose; N-acetyl-D-glucosamine), 0.1 M Tris/Bicine (pH 8.5); 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000. Crystal soaked for 2 hours with (E)-chalcone #48 inhibitor. Inhibitor prepared in 100% DMSO, 100 mM concentration and then diluted to 1 mM in mother liquor for crystal soaking.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→94.77 Å / Num. obs: 6001 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 147.87 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.45→3.85 Å / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 2.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 301 / CC1/2: 0.44 / Rpim(I) all: 0.554 / Rrim(I) all: 2.378 / % possible all: 66.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OUL

2oul


解像度: 3.45→94.77 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: Automatically applied NCS and TLS restraints. Refined using RCSB 2OUL as external target restraint.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 288 4.8 %Random selection
Rwork0.255 ---
obs0.258 5712 59.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→94.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3793 0 44 0 3837

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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