+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6spk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A4V MUTANT OF HUMAN SOD1 WITH EBSELEN DERIVATIVE 6 | ||||||
要素 | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / A4V SOD1 mutant / ebselen / ebselen derivatives | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / retrograde axonal transport / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / retrograde axonal transport / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of protein kinase activity / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / myeloid cell homeostasis / positive regulation of catalytic activity / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / heart contraction / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / negative regulation of reproductive process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / : / neuronal action potential / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of superoxide anion generation / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / placenta development / locomotory behavior / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / Platelet degranulation / peroxisome / protein-folding chaperone binding / gene expression / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å | ||||||
データ登録者 | Chantadul, V. / Amporndanai, K. / Wright, G. / Shahid, M. / Antonyuk, S. / Hasnain, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Ebselen as template for stabilization of A4V mutant dimer for motor neuron disease therapy. 著者: Chantadul, V. / Wright, G.S.A. / Amporndanai, K. / Shahid, M. / Antonyuk, S.V. / Washbourn, G. / Rogers, M. / Roberts, N. / Pye, M. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6spk.cif.gz | 193 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6spk.ent.gz | 154.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6spk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spk | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABEFIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 15855.613 Da / 分子数: 6 / 変異: A4V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase |
---|
-非ポリマー , 8種, 299分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-LQN / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-DMS / #8: 化合物 | ChemComp-NA / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 2.6 M Ammonium sulphate, 100 mM Tris-HCl pH 7.6, 150 mM NaCl PH範囲: 7.4-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→97.77 Å / Num. obs: 41466 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 46.637 Å2 / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.77→2.88 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4692 / CC1/2: 0.674 / Rpim(I) all: 0.431 / Rrim(I) all: 0.795 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UXM 解像度: 2.77→97.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.575 / ESU R Free: 0.286 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.27 Å2 / Biso mean: 44.464 Å2 / Biso min: 14.43 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.77→97.08 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.77→2.842 Å
|