PDB-6spi: A4V MUTANT OF HUMAN SOD1 WITH EBSELEN DERIVATIVE 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6spi

タイトル

A4V MUTANT OF HUMAN SOD1 WITH EBSELEN DERIVATIVE 4

要素

Superoxide dismutase [Cu-Zn]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / A4V SOD1 mutant / ebselen / ebselen derivatives

機能・相同性

機能・相同性情報

action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / myeloid cell homeostasis / regulation of GTPase activity / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cellular response to ATP / superoxide dismutase activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / cellular response to cadmium ion / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / axon cytoplasm / embryo implantation / glutathione metabolic process / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / placenta development / response to amphetamine / thymus development / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / locomotory behavior / response to nutrient levels / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Chantadul, V. / Amporndanai, K. / Wright, G. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Ebselen as template for stabilization of A4V mutant dimer for motor neuron disease therapy.
著者: Chantadul, V. / Wright, G.S.A. / Amporndanai, K. / Shahid, M. / Antonyuk, S.V. / Washbourn, G. / Rogers, M. / Roberts, N. / Pye, M. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2019年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6spi.cif.gz	349.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6spi.ent.gz	286.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6spi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6spi_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6spi_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	6spi_validation.xml.gz	68.4 KB	表示
CIF形式データ	6spi_validation.cif.gz	87.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6spaC 6sphC 6spjC 6spkC 1uxmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6foi-2 2c9u-d 6z4m-d 1n18-5 1uxm-1 1sos-4 5yul-4 6a9o-1 3ecu-1 1n18-1 4a7u-d 6z4l-d 5k02-1 1hl5-2 6z4k-d 5k02-10 4mcm-5 1uxl-1 5k02-9 5ytu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (11)
#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
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カタラーゼ (Catalase)
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インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

L: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

198 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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33.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

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32.8 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

L: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.9 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

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33 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.526, 194.671, 146.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.440, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	1	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
1	2	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	2	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
1	3	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	3	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
1	4	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	4	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
1	5	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	5	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
1	6	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	6	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
1	7	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	7	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
1	8	ILE	ILE	A	A	1 - 151	2 - 152
2	8	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
1	9	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	9	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
1	10	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	10	GLN	GLN	K	K	1 - 153	2 - 154
1	11	GLN	GLN	A	A	1 - 153	2 - 154
2	11	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154
1	12	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
2	12	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
1	13	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
2	13	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
1	14	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
2	14	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
1	15	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
2	15	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
1	16	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
2	16	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
1	17	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
2	17	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
1	18	ILE	ILE	B	B	1 - 151	2 - 152
2	18	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
1	19	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
2	19	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
1	20	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
2	20	GLN	GLN	K	K	1 - 153	2 - 154
1	21	GLN	GLN	B	B	1 - 153	2 - 154
2	21	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154
1	22	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
2	22	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
1	23	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
2	23	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
1	24	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
2	24	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
1	25	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
2	25	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
1	26	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
2	26	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
1	27	ILE	ILE	C	C	1 - 151	2 - 152
2	27	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
1	28	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
2	28	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
1	29	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
2	29	GLN	GLN	K	K	1 - 153	2 - 154
1	30	GLN	GLN	C	C	1 - 153	2 - 154
2	30	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154
1	31	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
2	31	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
1	32	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
2	32	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
1	33	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
2	33	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
1	34	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
2	34	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
1	35	ILE	ILE	D	D	1 - 151	2 - 152
2	35	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
1	36	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
2	36	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
1	37	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
2	37	GLN	GLN	K	K	1 - 153	2 - 154
1	38	GLN	GLN	D	D	1 - 153	2 - 154
2	38	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154
1	39	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
2	39	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
1	40	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
2	40	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
1	41	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
2	41	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
1	42	ILE	ILE	E	E	1 - 151	2 - 152
2	42	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
1	43	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
2	43	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
1	44	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
2	44	GLN	GLN	K	K	1 - 153	2 - 154
1	45	GLN	GLN	E	E	1 - 153	2 - 154
2	45	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154
1	46	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
2	46	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
1	47	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
2	47	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
1	48	ILE	ILE	F	F	1 - 151	2 - 152
2	48	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
1	49	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
2	49	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
1	50	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
2	50	GLN	GLN	K	K	1 - 153	2 - 154
1	51	GLN	GLN	F	F	1 - 153	2 - 154
2	51	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154
1	52	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
2	52	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
1	53	ILE	ILE	G	G	1 - 151	2 - 152
2	53	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
1	54	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
2	54	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
1	55	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
2	55	GLN	GLN	K	K	1 - 153	2 - 154
1	56	GLN	GLN	G	G	1 - 153	2 - 154
2	56	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154
1	57	ILE	ILE	H	H	1 - 151	2 - 152
2	57	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
1	58	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
2	58	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
1	59	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
2	59	GLN	GLN	K	K	1 - 153	2 - 154
1	60	GLN	GLN	H	H	1 - 153	2 - 154
2	60	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154
1	61	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
2	61	ILE	ILE	J	J	1 - 151	2 - 152
1	62	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
2	62	ILE	ILE	K	K	1 - 151	2 - 152
1	63	ILE	ILE	I	I	1 - 151	2 - 152
2	63	ILE	ILE	L	L	1 - 151	2 - 152
1	64	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
2	64	GLN	GLN	K	K	1 - 153	2 - 154
1	65	GLN	GLN	J	J	1 - 153	2 - 154
2	65	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154
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2	66	GLN	GLN	L	L	1 - 153	2 - 154

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1 分子量: 15986.812 Da / 分子数: 12 / 変異: A4V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: pET303C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-LQW / ~{N}-[(4-chlorophenyl)methyl]-2-selanyl-benzamide 分子量: 324.664 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂ClNOSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 100mM Tris-HCl pH 7.8, 2.6 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal InSb(111) and InSb(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→58.54 Å / Num. obs: 77624 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.1 Å² / CC_1/2: 0.965 / R_merge(I) obs: 0.202 / R_pim(I) all: 0.136 / R_rim(I) all: 0.245 / Net I/σ(I): 3.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.724 / Num. unique obs: 4567 / CC_1/2: 0.538 / R_pim(I) all: 0.51 / R_rim(I) all: 0.89 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DIALS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UXM

1uxm

解像度: 2.8→58.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 14.759 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.299

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2411	3867	5 %	RANDOM
R_work	0.2132	-	-	-
obs	0.2146	73673	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.49 Å² / B_iso mean: 32.709 Å² / B_iso min: 2.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→58.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13344	0	318	230	13892
B_iso mean	-	-	83.23	18.21	-
残基数	-	-	-	-	1836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	13967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.353	1.65	18864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.047	5	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.333	24.459	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.004	15	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.481	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10732

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4620	0.05
1	2	B	4620	0.05
2	1	A	4592	0.06
2	2	C	4592	0.06
3	1	A	4614	0.05
3	2	D	4614	0.05
4	1	A	4611	0.04
4	2	E	4611	0.04
5	1	A	4639	0.05
5	2	F	4639	0.05
6	1	A	4639	0.05
6	2	G	4639	0.05
7	1	A	4612	0.06
7	2	H	4612	0.06
8	1	A	4567	0.06
8	2	I	4567	0.06
9	1	A	4629	0.05
9	2	J	4629	0.05
10	1	A	4634	0.05
10	2	K	4634	0.05
11	1	A	4610	0.05
11	2	L	4610	0.05
12	1	B	4630	0.06
12	2	C	4630	0.06
13	1	B	4658	0.06
13	2	D	4658	0.06
14	1	B	4629	0.06
14	2	E	4629	0.06
15	1	B	4657	0.05
15	2	F	4657	0.05
16	1	B	4669	0.06
16	2	G	4669	0.06
17	1	B	4653	0.05
17	2	H	4653	0.05
18	1	B	4611	0.06
18	2	I	4611	0.06
19	1	B	4678	0.05
19	2	J	4678	0.05
20	1	B	4672	0.05
20	2	K	4672	0.05
21	1	B	4641	0.05
21	2	L	4641	0.05
22	1	C	4634	0.05
22	2	D	4634	0.05
23	1	C	4618	0.05
23	2	E	4618	0.05
24	1	C	4649	0.05
24	2	F	4649	0.05
25	1	C	4639	0.05
25	2	G	4639	0.05
26	1	C	4640	0.05
26	2	H	4640	0.05
27	1	C	4585	0.05
27	2	I	4585	0.05
28	1	C	4637	0.06
28	2	J	4637	0.06
29	1	C	4648	0.05
29	2	K	4648	0.05
30	1	C	4644	0.05
30	2	L	4644	0.05
31	1	D	4601	0.05
31	2	E	4601	0.05
32	1	D	4635	0.04
32	2	F	4635	0.04
33	1	D	4636	0.03
33	2	G	4636	0.03
34	1	D	4621	0.05
34	2	H	4621	0.05
35	1	D	4596	0.03
35	2	I	4596	0.03
36	1	D	4640	0.04
36	2	J	4640	0.04
37	1	D	4647	0.03
37	2	K	4647	0.03
38	1	D	4606	0.05
38	2	L	4606	0.05
39	1	E	4630	0.05
39	2	F	4630	0.05
40	1	E	4616	0.06
40	2	G	4616	0.06
41	1	E	4620	0.05
41	2	H	4620	0.05
42	1	E	4573	0.05
42	2	I	4573	0.05
43	1	E	4626	0.05
43	2	J	4626	0.05
44	1	E	4611	0.05
44	2	K	4611	0.05
45	1	E	4593	0.06
45	2	L	4593	0.06
46	1	F	4671	0.04
46	2	G	4671	0.04
47	1	F	4639	0.06
47	2	H	4639	0.06
48	1	F	4607	0.04
48	2	I	4607	0.04
49	1	F	4655	0.04
49	2	J	4655	0.04
50	1	F	4655	0.05
50	2	K	4655	0.05
51	1	F	4634	0.05
51	2	L	4634	0.05
52	1	G	4651	0.05
52	2	H	4651	0.05
53	1	G	4601	0.04
53	2	I	4601	0.04
54	1	G	4665	0.04
54	2	J	4665	0.04
55	1	G	4663	0.04
55	2	K	4663	0.04
56	1	G	4625	0.05
56	2	L	4625	0.05
57	1	H	4591	0.04
57	2	I	4591	0.04
58	1	H	4647	0.05
58	2	J	4647	0.05
59	1	H	4646	0.04
59	2	K	4646	0.04
60	1	H	4629	0.05
60	2	L	4629	0.05
61	1	I	4644	0.04
61	2	J	4644	0.04
62	1	I	4649	0.04
62	2	K	4649	0.04
63	1	I	4630	0.04
63	2	L	4630	0.04
64	1	J	4669	0.04
64	2	K	4669	0.04
65	1	J	4616	0.05
65	2	L	4616	0.05
66	1	K	4626	0.04
66	2	L	4626	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	294	-
R_work	0.347	5386	-
all	-	5680	-
obs	-	-	99.35 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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