PDB-6sgv: Crystal structure of AcAChBP in complex with hosieine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sgv

タイトル

Crystal structure of AcAChBP in complex with hosieine

要素

Soluble acetylcholine receptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / toxin / acetylcholine binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aplysia californica (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hunter, W.N. / Dawson, A. / Parker, H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Delineating the activity of the potent nicotinic acetylcholine receptor agonists (+)-anatoxin-a and (-)-hosieine-A
著者: Parker, H.P. / Dawson, A. / Jones, M.J. / Yan, R. / Ouyang, J. / Hong, R. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2019年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	6sh0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bqt-d 6sh0-2 6qkk-2 6qkk-1 6qqo-1 5oa0-d 6sh0-1 5o87-2 2y54-d 2y58-d 6qqo-2 5oal-2 4aft-d 5obg-d 5lxb-2 5obh-d 6qqp-2 5lxb-1 2y57-d 5oan-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

286 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
144 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	209.802, 133.414, 131.155
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.510, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	1	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
1	2	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	2	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
1	3	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	3	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
1	4	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	4	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
1	5	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	5	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
1	6	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	6	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
1	7	GLU	GLU	A	A	20 - 223	20 - 223
2	7	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	8	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	8	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
1	9	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	9	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	10	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	10	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
1	11	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	11	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
1	12	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	12	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
1	13	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	13	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
1	14	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	14	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
1	15	GLU	GLU	B	B	20 - 223	20 - 223
2	15	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	16	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	16	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
1	17	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	17	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	18	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
2	18	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
1	19	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
2	19	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
1	20	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
2	20	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
1	21	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
2	21	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
1	22	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
2	22	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	23	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
2	23	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
1	24	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
2	24	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	25	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
2	25	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
1	26	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
2	26	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
1	27	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
2	27	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
1	28	GLU	GLU	D	D	20 - 223	20 - 223
2	28	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	29	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
2	29	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
1	30	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
2	30	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	31	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
2	31	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
1	32	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
2	32	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
1	33	GLU	GLU	E	E	20 - 223	20 - 223
2	33	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	34	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
2	34	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
1	35	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
2	35	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	36	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
2	36	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
1	37	GLU	GLU	F	F	20 - 223	20 - 223
2	37	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	38	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
2	38	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
1	39	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
2	39	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	40	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
2	40	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	41	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
2	41	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
1	42	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
2	42	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	43	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
2	43	GLU	GLU	I	I	20 - 223	20 - 223
1	44	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
2	44	GLU	GLU	J	J	20 - 223	20 - 223
1	45	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
2	45	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質

Soluble acetylcholine receptor

分子量: 28326.750 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aplysia californica (無脊椎動物)
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WSF8

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-LDQ / Hosieine

分子量: 244.332 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₀N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-ACT / ACETATE ION

分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: prism
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: reservoir solution: 0.2 M CaCl2, 0.1M NaOAc pH 4.5, 16% isopropanol Protein buffer: 50 mM tris pH 7.5, 250 mM NaCl, 4 mg/ml mixed in 1ul protein : 2 ul reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月19日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→45.03 Å / Num. obs: 108313 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.5 Å² / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.24 / R_pim(I) all: 0.104 / R_rim(I) all: 0.261 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 5354 / CC_1/2: 0.776 / R_pim(I) all: 0.418 / R_rim(I) all: 1.048 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→45.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 9.588 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.277
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	5457	5 %	RANDOM
R_work	0.2323	-	-	-
obs	0.2335	102825	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.85 Å² / B_iso mean: 28.07 Å² / B_iso min: 0.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.58 Å²	0 Å²	-0.86 Å²
2-	-	2.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→45.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16371	0	226	434	17031
B_iso mean	-	-	32.63	19.88	-
残基数	-	-	-	-	2051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	17109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	15191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.538	1.95	23408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.938	3	35395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.026	5	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.65	24.411	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.498	15	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.757	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	19188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3472

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12996	0.04
1	2	B	12996	0.04
2	1	A	13034	0.03
2	2	C	13034	0.03
3	1	A	13008	0.03
3	2	D	13008	0.03
4	1	A	13008	0.04
4	2	E	13008	0.04
5	1	A	12998	0.03
5	2	F	12998	0.03
6	1	A	12944	0.04
6	2	G	12944	0.04
7	1	A	12906	0.04
7	2	H	12906	0.04
8	1	A	12996	0.04
8	2	I	12996	0.04
9	1	A	12990	0.04
9	2	J	12990	0.04
10	1	B	13058	0.03
10	2	C	13058	0.03
11	1	B	13056	0.04
11	2	D	13056	0.04
12	1	B	13046	0.03
12	2	E	13046	0.03
13	1	B	12894	0.04
13	2	F	12894	0.04
14	1	B	13056	0.02
14	2	G	13056	0.02
15	1	B	12934	0.03
15	2	H	12934	0.03
16	1	B	13012	0.04
16	2	I	13012	0.04
17	1	B	13026	0.03
17	2	J	13026	0.03
18	1	C	13124	0.03
18	2	D	13124	0.03
19	1	C	13126	0.03
19	2	E	13126	0.03
20	1	C	12990	0.04
20	2	F	12990	0.04
21	1	C	13034	0.04
21	2	G	13034	0.04
22	1	C	13034	0.03
22	2	H	13034	0.03
23	1	C	13060	0.04
23	2	I	13060	0.04
24	1	C	13106	0.03
24	2	J	13106	0.03
25	1	D	13126	0.04
25	2	E	13126	0.04
26	1	D	13022	0.04
26	2	F	13022	0.04
27	1	D	13086	0.04
27	2	G	13086	0.04
28	1	D	13000	0.03
28	2	H	13000	0.03
29	1	D	13138	0.03
29	2	I	13138	0.03
30	1	D	13100	0.04
30	2	J	13100	0.04
31	1	E	12938	0.04
31	2	F	12938	0.04
32	1	E	13012	0.04
32	2	G	13012	0.04
33	1	E	12982	0.03
33	2	H	12982	0.03
34	1	E	13030	0.04
34	2	I	13030	0.04
35	1	E	13078	0.03
35	2	J	13078	0.03
36	1	F	12906	0.05
36	2	G	12906	0.05
37	1	F	12902	0.04
37	2	H	12902	0.04
38	1	F	12932	0.05
38	2	I	12932	0.05
39	1	F	12958	0.04
39	2	J	12958	0.04
40	1	G	12864	0.04
40	2	H	12864	0.04
41	1	G	12960	0.04
41	2	I	12960	0.04
42	1	G	12970	0.03
42	2	J	12970	0.03
43	1	H	12976	0.04
43	2	I	12976	0.04
44	1	H	12966	0.03
44	2	J	12966	0.03
45	1	I	13054	0.04
45	2	J	13054	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	407	-
R_work	0.291	7547	-
all	-	7954	-
obs	-	-	99.94 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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