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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s7q | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of ergothioneine degrading enzyme Ergothionase from Treponema denticola in complex with desmethyl-ergothioneine sulfonic acid | |||||||||
要素 | ergothionase | |||||||||
キーワード | LYASE / ergothioneine degrading enzyme / TdETL / trimethlyammonium lyase / ergothioneine | |||||||||
機能・相同性 | ammonia-lyase activity / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Chem-KZ5 / Histidine ammonia-lyase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Treponema denticola (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Leisinger, F. / Seebeck, F.P. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2019 タイトル: Structure and Mechanism of Ergothionase from Treponema denticola. 著者: Maurer, A. / Leisinger, F. / Lim, D. / Seebeck, F.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s7q.cif.gz | 752 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s7q.ent.gz | 624.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s7q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6s7q_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6s7q_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6s7q_validation.xml.gz | 143.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6s7q_validation.cif.gz | 189.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 2 - 498 / Label seq-ID: 1 - 497
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55696.668 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア) 遺伝子: HMPREF9733_00339 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M2BPW8 #2: 化合物 | ChemComp-KZ5 / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 % |
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結晶化 | 温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, PEG200, CaCl2, Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979399 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979399 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→49.05 Å / Num. obs: 105530 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.93 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 365688 / Scaling rejects: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1gkm 解像度: 2.7→49.05 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.91
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.78 Å2 / Biso mean: 25.367 Å2 / Biso min: 6.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→49.05 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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