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Yorodumi- PDB-6s7q: Crystal structure of ergothioneine degrading enzyme Ergothionase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s7q | |||||||||
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Title | Crystal structure of ergothioneine degrading enzyme Ergothionase from Treponema denticola in complex with desmethyl-ergothioneine sulfonic acid | |||||||||
Components | ergothionase | |||||||||
Keywords | LYASE / ergothioneine degrading enzyme / TdETL / trimethlyammonium lyase / ergothioneine | |||||||||
Function / homology | ammonia-lyase activity / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Chem-KZ5 / Histidine ammonia-lyase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Treponema denticola (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | |||||||||
Authors | Leisinger, F. / Seebeck, F.P. | |||||||||
Funding support | Switzerland, 2items
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Citation | Journal: Chemistry / Year: 2019 Title: Structure and Mechanism of Ergothionase from Treponema denticola. Authors: Maurer, A. / Leisinger, F. / Lim, D. / Seebeck, F.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s7q.cif.gz | 752 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s7q.ent.gz | 624.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s7q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6s7q_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6s7q_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | 6s7q_validation.xml.gz | 143.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6s7q_validation.cif.gz | 189.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7q | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6s7jC 1gkmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 2 - 498 / Label seq-ID: 1 - 497
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-Components
#1: Protein | Mass: 55696.668 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Treponema denticola (bacteria) / Gene: HMPREF9733_00339 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: M2BPW8 #2: Chemical | ChemComp-KZ5 / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.5 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG4000, PEG200, CaCl2, Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.979399 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979399 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→49.05 Å / Num. obs: 105530 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.93 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 365688 / Scaling rejects: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1gkm Resolution: 2.7→49.05 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 28.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.78 Å2 / Biso mean: 25.367 Å2 / Biso min: 6.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→49.05 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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