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- PDB-6s74: Crystal structure of CARM1 in complex with inhibitor UM305 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s74
タイトルCrystal structure of CARM1 in complex with inhibitor UM305
要素Histone-arginine methyltransferase CARM1
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Arginine methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal ...histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / response to cAMP / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / Heme signaling / lysine-acetylated histone binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / RMTs methylate histone arginines / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Circadian Clock / methylation / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Distorted Sandwich / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KY8 / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gunnell, E.A. / Muhsen, U. / Dowden, J. / Dreveny, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)1501569 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical evaluation of bisubstrate inhibitors of protein arginine N-methyltransferases PRMT1 and CARM1 (PRMT4).
著者: Gunnell, E.A. / Al-Noori, A. / Muhsen, U. / Davies, C.C. / Dowden, J. / Dreveny, I.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,20411
ポリマ－160,0944
非ポリマー2,1107
水9,962553
1
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2407
ポリマ－80,0472
非ポリマー1,1935
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area26060 Å2
手法PISA
2
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9644
ポリマ－80,0472
非ポリマー9172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area26010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.393, 99.029, 207.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 135 through 177 or resid 179...
21(chain B and (resid 135 through 177 or resid 179...
31(chain C and (resid 135 through 177 or resid 179...
41(chain D and (resid 135 through 177 or resid 179...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 135 through 177 or resid 179...A135 - 177
121(chain A and (resid 135 through 177 or resid 179...A179 - 219
131(chain A and (resid 135 through 177 or resid 179...A221 - 256
141(chain A and (resid 135 through 177 or resid 179...A337 - 4
151(chain A and (resid 135 through 177 or resid 179...A428 - 446
161(chain A and (resid 135 through 177 or resid 179...A428 - 444
171(chain A and (resid 135 through 177 or resid 179...A446 - 476
211(chain B and (resid 135 through 177 or resid 179...B135 - 177
221(chain B and (resid 135 through 177 or resid 179...B179 - 219
231(chain B and (resid 135 through 177 or resid 179...B135 - 476
241(chain B and (resid 135 through 177 or resid 179...B258 - 284
251(chain B and (resid 135 through 177 or resid 179...B428 - 446
261(chain B and (resid 135 through 177 or resid 179...B428 - 444
271(chain B and (resid 135 through 177 or resid 179...B446 - 476
311(chain C and (resid 135 through 177 or resid 179...C135 - 177
321(chain C and (resid 135 through 177 or resid 179...C179 - 219
331(chain C and (resid 135 through 177 or resid 179...C221 - 256
341(chain C and (resid 135 through 177 or resid 179...C258 - 284
351(chain C and (resid 135 through 177 or resid 179...C286 - 335
361(chain C and (resid 135 through 177 or resid 179...C337 - 426
371(chain C and (resid 135 through 177 or resid 179...C428 - 444
381(chain C and (resid 135 through 177 or resid 179...C446 - 476
411(chain D and (resid 135 through 177 or resid 179...D135 - 177
421(chain D and (resid 135 through 177 or resid 179...D179 - 219
431(chain D and (resid 135 through 177 or resid 179...D135 - 476
441(chain D and (resid 135 through 177 or resid 179...D258 - 284
451(chain D and (resid 135 through 177 or resid 179...D428 - 446
461(chain D and (resid 135 through 177 or resid 179...D428 - 444
471(chain D and (resid 135 through 177 or resid 179...D446 - 476

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要素

#1: タンパク質
Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4


分子量: 40023.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86X55, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-KY8 / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[[3-azanylpropyl-[3-(pyrimidin-2-ylamino)propyl]amino]methyl]oxolane-3,4-diol


分子量: 458.517 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30N10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-tris propane, 0.02 M sodium phosphate, 22 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月27日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.17 Å / Num. obs: 80206 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 302969 / Scaling rejects: 55
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.143.60.4961683646440.8180.2690.5682.290.1
10.71-48.173.70.02524346520.9990.0140.02931.280.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.26データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→48.168 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 4026 5.03 %
Rwork0.1923 --
obs0.1935 80113 87.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.37 Å2 / Biso mean: 36.7206 Å2 / Biso min: 18.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10976 0 216 553 11745
Biso mean--36.68 39.36 -
残基数----1368
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6389X-RAY DIFFRACTION9.459TORSIONAL
12B6389X-RAY DIFFRACTION9.459TORSIONAL
13C6389X-RAY DIFFRACTION9.459TORSIONAL
14D6389X-RAY DIFFRACTION9.459TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.12470.29521230.29142684280790
2.1247-2.15060.29631350.27862678281389
2.1506-2.17780.32221530.28012616276990
2.1778-2.20650.26461300.26332640277088
2.2065-2.23670.2761340.24752628276288
2.2367-2.26870.25241310.23862606273788
2.2687-2.30250.23361410.23542704284590
2.3025-2.33850.26431370.23042644278190
2.3385-2.37690.30491560.23912672282890
2.3769-2.41780.25551440.22292663280790
2.4178-2.46180.2411480.23052645279390
2.4618-2.50920.24561460.22772671281789
2.5092-2.56040.27261240.22072643276789
2.5604-2.6160.27191240.21842684280889
2.616-2.67690.21991410.21612628276988
2.6769-2.74380.24041500.21362564271487
2.7438-2.8180.26361480.20932631277988
2.818-2.90090.24741240.20932656278088
2.9009-2.99450.25081490.20472628277788
2.9945-3.10160.23321370.1982629276687
3.1016-3.22570.23791270.20892604273187
3.2257-3.37250.25881310.19292602273386
3.3725-3.55020.1921510.17332554270585
3.5502-3.77260.19151320.16272607273985
3.7726-4.06370.17871450.16042580272586
4.0637-4.47240.15021340.14392575270984
4.4724-5.1190.16331370.14092525266283
5.119-6.44690.18091430.17312560270383
6.4469-48.18060.17851510.17852566271779
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82320.2871-0.03511.3620.24571.2599-0.02910.1627-0.2024-0.1801-0.03420.06070.0667-0.08690.11690.32090.05640.0040.209-0.03310.198516.13039.698470.6733
20.7473-0.153-0.23590.34260.18510.29290.03350.01690.0001-0.0362-0.0285-0.01570.08410.02770.04540.26350.0465-0.00830.19380.01010.208114.022624.338685.7613
30.7853-0.03480.15741.59350.38391.2442-0.0017-0.05530.0434-0.0282-0.0541-0.0532-0.09280.041-0.05640.23070.0458-0.01870.21940.02340.226322.469730.723587.9153
42.0738-0.00750.18411.0095-0.15361.28640.0066-0.0333-0.2797-0.04180.00320.01750.4042-0.09290.06010.5346-0.0364-0.03530.3823-0.00470.2838-13.8947.60432.2514
50.51140.1292-0.21260.0797-0.19080.36880.07540.06380.05770.0344-0.02770.10210.1794-0.15590.00420.445-0.0375-0.03140.3634-0.01930.2626-11.762127.4916.8027
60.85610.43950.1431.0933-0.5140.60640.0866-0.040.0646-0.0449-0.06720.14020.1064-0.2407-0.06120.352-0.0378-0.02780.419-0.03450.2811-23.911328.996519.0043
71.12380.02550.0731.2743-0.11620.5150.030.1761-0.0026-0.2019-0.107-0.0866-0.00590.0982-0.01660.4445-0.0425-0.05950.4533-0.03730.2917-16.02329.41169.9959
81.19250.37310.25561.18360.15172.05590.1833-0.0967-0.0456-0.0431-0.00030.0250.1955-0.1141-0.06250.264-0.0496-0.02810.21290.02890.2376-16.207232.887894.1386
90.2896-0.02540.1930.72620.53231.40350.14320.0113-0.10160.0401-0.0636-0.00120.3353-0.3407-0.0070.2987-0.0928-0.05770.30030.06290.2828-22.897925.480686.1171
101.4448-0.3561-0.22650.34060.30890.7920.17250.37450.1465-0.3954-0.10560.04860.14760.0848-0.16080.42230.0515-0.04810.3382-0.01440.2493.405419.017559.2551
110.8645-0.103-0.27730.63120.69411.91160.11230.1621-0.0549-0.0947-0.006-0.0650.0688-0.1661-0.04450.2849-0.0121-0.06070.28020.03490.2491-18.900525.771567.6798
121.1582-0.54160.41411.3493-0.40081.48490.14940.1433-0.0614-0.0758-0.0810.02230.25090.12140.01510.40640.0726-0.0230.3621-0.03180.239918.130432.8688.948
130.28960.28930.00110.2112-0.02290.32130.0798-0.09440.01880.0517-0.04910.02550.03160.0523-0.00670.39190.0592-0.01890.3814-0.00840.287512.731424.000631.5753
140.7143-0.0941-0.30890.6467-0.63461.16060.0504-0.11070.01210.0709-0.07080.0333-0.04490.12050.03360.37730.0082-0.01560.4279-0.01630.271822.048130.386435.7193
150.51010.1172-0.53060.5209-0.07011.48950.06870.0142-0.1042-0.0696-0.02470.16980.23870.00330.03920.41560.0405-0.0350.4147-0.00040.329516.615919.878537.386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 135 through 239 )A135 - 239
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 240 through 335 )A240 - 335
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 336 through 476 )A336 - 476
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 135 through 252 )B135 - 252
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 253 through 336 )B253 - 336
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 337 through 432 )B337 - 432
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 433 through 476 )B433 - 476
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 135 through 239 )C135 - 239
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 240 through 299 )C240 - 299
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 300 through 336 )C300 - 336
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 337 through 476 )C337 - 476
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 135 through 252 )D135 - 252
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 253 through 336 )D253 - 336
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 337 through 432 )D337 - 432
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 433 through 476 )D433 - 476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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