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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6req | ||||||
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タイトル | METHYLMALONYL-COA MUTASE, 3-CARBOXYPROPYL-COA INHIBITOR COMPLEX | ||||||
![]() | (PROTEIN (METHYLMALONYL-COA ...) x 2 | ||||||
![]() | ISOMERASE / MUTASE / INTRAMOLECULAR TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() lactate fermentation to propionate and acetate / propionate metabolic process, methylmalonyl pathway / methylmalonyl-CoA mutase / methylmalonyl-CoA mutase activity / cobalamin binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Evans, P.R. / Mancia, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of substrate complexes of methylmalonyl-CoA mutase. 著者: Mancia, F. / Smith, G.A. / Evans, P.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 566.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 446.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 116.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 161.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.462535, -0.028377, 0.886147), ベクター: 詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL CONTAINS TWO HETERODIMERIC MOLECULES, EACH WITH AN ALPHA CHAIN (CHAINS A AND C, CORRESPONDING TO GENE MUTB) AND A BETA CHAIN (CHAINS B AND D, CORRESPONDING TO GENE MUTA). MOLECULE 1 CONSISTS OF CHAINS A (ALPHA), B (BETA), WITH GLYCEROL (RESIDUE 3001) AND WATERS (1-580). MOLECULE 2 CONSISTS OF CHAINS C (ALPHA), D (BETA), WITH GLYCEROL (RESIDUE 3002) AND WATERS (581-1155). CHAIN A INCLUDES COENZYME B12 (RESIDUE 1800) AND THE INHIBITOR 3-CARBOXYPROPYL-COA (RESIDUE 1801). CHAIN C INCLUDES COENZYME B12 (RESIDUE 2800) AND THE INHIBITOR 3-CARBOXYPROPYL-COA (RESIDUE 2801). | |
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要素
-PROTEIN (METHYLMALONYL-COA ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 80137.852 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA-SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: NCIB 9885 / 解説: THE 2 GENES ARE COEXPRESSED FROM THE SAME PLASMID; / 遺伝子: MUTB / プラスミド: PMEX1 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): MUTB / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 69430.188 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA-SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ALPHA CHAINS A AND C INCLUDE COENZYME B12, AND THE INHIBITOR 3-CARBOXYPROPYL- COENZYME A . B12 IS PRESENT LARGELY AS REDUCED COB(II)ALAMIN, OR B12R. 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: NCIB 9885 / 解説: THE 2 GENES ARE COEXPRESSED FROM THE SAME PLASMID / 遺伝子: MUTA / プラスミド: PMEX1 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): MUTA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 1156分子 ![](data/chem/img/3CP.gif)
![](data/chem/img/B12.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/B12.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→99 Å / Num. obs: 170993 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.27 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 87.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.16 Å / 最低解像度: 16 Å / Num. obs: 161729 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Biso Wilson estimate: 36 Å2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1REQ 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.23 / 詳細: NCS RESTRAINTS BETWEEN TWO MOLECULES
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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