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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r61 | ||||||
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タイトル | Major aspartyl peptidase 1 from C. neoformans in complex with Inhibitor LP258 | ||||||
要素 | Endopeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / aspartyl protease / secreted / Cryptococcus neoformans / inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cryptococcus neoformans (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Krystufek, R. / Sacha, P. / Brynda, J. / Konvalinka, J. | ||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Major aspartyl peptidase 1 from C. neoformans in complex with Inhibitor LP258 著者: Krystufek, R. / Sacha, P. / Brynda, J. / Konvalinka, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r61.cif.gz | 91.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r61.ent.gz | 65.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r61_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6r61_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6r61_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r61_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/6r61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/6r61 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6r5hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36811.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MayI(17-434)-Avitag / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 遺伝子: CNAG_05872 / プラスミド: pMT_BIP_MayI(17-434)Avitag 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) Variant (発現宿主): Schneider S2 / 参照: UniProt: J9VS02 |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 7種, 202分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 化合物 | ChemComp-JT8 / ( | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: peptidase (85 mg/ml) in 50 mM sodium acetate, pH=5.0, 100mM NaCl in equal volume with reservoir solution: 100mM lithium sulphate, 45% (v/v) PEG-400, 100 mM sodium acetate pH= 4.5 PH範囲: 4.5 - 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Confocal Max-Flux optics Rigaku / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.81→73.78 Å / Num. obs: 44101 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.764 % / Biso Wilson estimate: 24.145 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 0.892 / Net I/σ(I): 6.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6R5H 解像度: 1.81→73.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.849 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.1073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.099 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.89 Å2 / Biso mean: 26.587 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→73.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.857 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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