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万見
- PDB-6qu4: Crystal Structure of Phosphofructokinase from Trypanosoma brucei ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qu4
タイトルCrystal Structure of Phosphofructokinase from Trypanosoma brucei in complex with an allosteric inhibitor ctcb405
要素ATP-dependent 6-phosphofructokinase
キーワードTRANSFERASE / Glycolysis / Inhibitor / Allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / glycosome / fructose 6-phosphate metabolic process / phosphate ion binding / glycolytic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyrophosphate-dependent phosphofructokinase TP0108-type / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-JJ2 / ATP-dependent 6-phosphofructokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者McNae, I.W. / Dornan, J. / Walkinshaw, M.D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Fast acting allosteric phosphofructokinase inhibitors block trypanosome glycolysis and cure acute African trypanosomiasis in mice.
著者: McNae, I.W. / Kinkead, J. / Malik, D. / Yen, L.H. / Walker, M.K. / Swain, C. / Webster, S.P. / Gray, N. / Fernandes, P.M. / Myburgh, E. / Blackburn, E.A. / Ritchie, R. / Austin, C. / Wear, M. ...著者: McNae, I.W. / Kinkead, J. / Malik, D. / Yen, L.H. / Walker, M.K. / Swain, C. / Webster, S.P. / Gray, N. / Fernandes, P.M. / Myburgh, E. / Blackburn, E.A. / Ritchie, R. / Austin, C. / Wear, M.A. / Highton, A.J. / Keats, A.J. / Vong, A. / Dornan, J. / Mottram, J.C. / Michels, P.A.M. / Pettit, S. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,65316
ポリマ－223,0594
非ポリマー2,59412
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22530 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area67560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.584, 165.088, 83.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALAAA23 - 48543 - 505
21SERSERALAALABB23 - 48543 - 505
12METMETALAALAAA20 - 48540 - 505
22METMETALAALACC20 - 48540 - 505
13ASNASNLEULEUAA22 - 48442 - 504
23ASNASNLEULEUDD22 - 48442 - 504
14SERSERLYSLYSBB23 - 48643 - 506
24SERSERLYSLYSCC23 - 48643 - 506
15SERSERGLUGLUBB23 - 48343 - 503
25SERSERGLUGLUDD23 - 48343 - 503
16ASNASNLEULEUCC22 - 48442 - 504
26ASNASNLEULEUDD22 - 48442 - 504

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase / Phosphohexokinase


分子量: 55764.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: pfk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15648, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物
ChemComp-JJ2 / 1-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-5-[2-(dimethylamino)ethyl]pyrrolo[3,2-c]pyridin-4-one


分子量: 364.269 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19Cl2N3O
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M carboxylic acids (sodium formate, ammonium acetate, sodium citrate tribasic dihydrate, sodium 154 potassium tartrate tetrahydrate and sodium oxamate), buffer system 1 (0.1 M imidazole; ...詳細: 0.1M carboxylic acids (sodium formate, ammonium acetate, sodium citrate tribasic dihydrate, sodium 154 potassium tartrate tetrahydrate and sodium oxamate), buffer system 1 (0.1 M imidazole; MES 155 monohydrate (acid)) and precipitant mix 3 (40% v/v glycerol; 20% w/v PEG 4000)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9685 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9685 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.02 Å / Num. obs: 50992 / % possible obs: 92.98 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0241精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3f5m

3f5m


解像度: 2.75→48.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 42.894 / SU ML: 0.368 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.397 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25694 2503 4.9 %RANDOM
Rwork0.21843 ---
obs0.22029 48489 93.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.69 Å20 Å2
3---5.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13845 0 172 72 14089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01314251
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01713555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.65319291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1991.58331276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.00151785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.1720.377769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.943152427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.36915147
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3271.5757170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3271.5757169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2422.368945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2422.368946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7931.8667080
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7931.8667081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8012.7210347
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.97519.50815624
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.97519.5115625
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A13359
12B13359
21A13694
22C13694
31A13336
32D13336
41B13392
42C13392
51B13342
52D13342
61C13429
62D13429
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 214 -
Rwork0.333 3560 -
obs--94.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26450.6252-0.17691.6717-0.30542.96470.05830.21340.0672-0.11760.06670.0728-0.2570.0306-0.1250.09870.0510.00740.8445-0.02660.0103-18.08445.666-33.444
21.3467-0.1931-0.09421.32930.36311.91340.09650.23420.0576-0.0487-0.0022-0.1743-0.12320.4303-0.09420.0898-0.01240.00530.95020.01520.07483.31242.16-21.169
31.5638-0.4446-0.3881.45690.11552.42250.117-0.1230.08010.1539-0.0277-0.0624-0.1460.001-0.08930.1001-0.0446-0.0130.76920.01420.0123-17.03745.71110.418
40.7986-0.1768-0.06711.8031-0.40032.54850.072-0.0468-0.0615-0.0843-0.01020.10710.3158-0.5237-0.06180.0613-0.0958-0.02320.9-0.01680.0376-34.36833.356-1.694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 485
2X-RAY DIFFRACTION2B23 - 486
3X-RAY DIFFRACTION3C20 - 486
4X-RAY DIFFRACTION4D22 - 484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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