PDB-6qsw: Complement factor B protease domain in complex with the reversibl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qsw

タイトル

Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor N-(2-bromo-4-methylnaphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-amine.

要素

Complement factor B

キーワード

HYDROLASE / Complement / immune / inhibitor / c3 convertase

機能・相同性

機能・相同性情報

alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / blood microparticle / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Adams, C.M. / Sellner, H. / Ehara, T. / Mac Sweeney, A. / Crowley, M. / Anderson, K. / Karki, R. / Mainolfi, N. / Valeur, E. / Sirockin, F. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Small-molecule factor B inhibitor for the treatment of complement-mediated diseases.
著者: Schubart, A. / Anderson, K. / Mainolfi, N. / Sellner, H. / Ehara, T. / Adams, C.M. / Mac Sweeney, A. / Liao, S.M. / Crowley, M. / Littlewood-Evans, A. / Sarret, S. / Wieczorek, G. / Perrot, L. ...

履歴

登録	2019年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.2	2019年9月18日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_poly_seq_scheme / Item: _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_poly_seq_scheme / Item: _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num
改定 1.4	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.5	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qsw.cif.gz	590.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qsw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qsw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/6qsw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/6qsw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qsxC 6ravC 1dleS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qsw-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Complement factor B

BBB: Complement factor B

CCC: Complement factor B

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Complement factor B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Complement factor B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: Complement factor B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.281, 91.281, 260.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	CCC-491- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains B C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Complement factor B / C3/C5 convertase / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Properdin factor B 分子量: 32955.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFB, BF, BFD 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-JGT / ~{N}-(2-bromanyl-4-methyl-naphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1~{H}-imidazol-2-amine 分子量: 304.185 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄BrN₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→65.1 Å / Num. obs: 129551 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 7.6 % / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 19.56
反射シェル	解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 2.64 % / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique obs: 10441 / R_rim(I) all: 0.44 / % possible all: 76.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238 2018/15/10	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DLE

1dle

解像度: 1.64→65.055 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.677 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	6478	-
R_work	0.1567	-	-
all	0.158	-	-
obs	-	129548	95.837 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.028 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.028 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.056 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→65.055 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6222	0	104	500	6826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	6536
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	6035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.656	8876
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.314	1.581	14044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.568	5	799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.911	22.797	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.239	15	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.33	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	5600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	387
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.47	2.014	3193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.47	2.014	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.054	3.016	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.054	3.016	3973
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.905	2.466	3343
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.849	2.462	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.557	3.529	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.493	3.514	4753
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.078	24.106	7099
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.034	24.099	6874
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.72	3	12565
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.08	0.05	7996
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.073	0.05	8075
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.088	0.05	8055

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.64-1.683	0.247	371	0.238	7048	9851	75.3121	0.218
1.683-1.729	0.248	397	0.201	7549	9606	82.7191	0.178
1.729-1.779	0.214	418	0.171	7928	9353	89.2334	0.148
1.779-1.833	0.214	432	0.154	8223	9087	95.246	0.131
1.833-1.894	0.194	439	0.139	8329	8807	99.5572	0.119
1.894-1.96	0.177	427	0.128	8115	8555	99.848	0.112
1.96-2.034	0.201	413	0.131	7843	8260	99.9516	0.118
2.034-2.117	0.173	397	0.126	7543	7940	100	0.115
2.117-2.211	0.175	382	0.126	7255	7637	100	0.117
2.211-2.319	0.169	365	0.126	6949	7314	100	0.12
2.319-2.444	0.169	349	0.131	6626	6976	99.9857	0.127
2.444-2.592	0.191	331	0.146	6290	6621	100	0.144
2.592-2.77	0.176	311	0.146	5916	6227	100	0.149
2.77-2.992	0.175	291	0.155	5526	5818	99.9828	0.162
2.992-3.277	0.185	270	0.17	5127	5398	99.9815	0.183
3.277-3.663	0.19	245	0.165	4648	4894	99.9796	0.185
3.663-4.227	0.175	217	0.157	4131	4350	99.954	0.185
4.227-5.171	0.19	187	0.164	3553	3742	99.9466	0.195
5.171-7.29	0.217	148	0.217	2811	2960	99.9662	0.257
7.29-65.055	0.196	88	0.229	1661	1778	98.369	0.323

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