PDB-6qrf: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qrf

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qrf.cif.gz	179.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qrf.ent.gz	142.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qrf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qrf_validation.pdf.gz	466.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qrf_full_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示
XML形式データ	6qrf_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	6qrf_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qrf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqqC 6qqrC 6qqtC 6qquC 6qqvC 6qqwC 6qqzC 6qr0C 6qr1C 6qr2C 6qr3C 6qr4C 6qr7C 6qr9C 6qraC 6qrbC 6qrcC 6qrdC 6qreC 6qrgC 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qr8-d 6qr3-d 6qra-d 6qre-d 6qot-d 6qqz-d 6nvr-d 6qon-d 6qok-d 6qo4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.820, 78.610, 84.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JF5 / (phenylmethyl) 1~{H}-pyrazole-4-carboxylate 分子量: 202.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₀N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→57.66 Å / Num. obs: 42198 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.73 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 367671

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.86-1.91	8.4	1.561	3075	0.645	0.57	1.664	100
8.32-57.66	7.4	0.025	554	0.999	0.01	0.027	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.86→45.441 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	2096	4.98 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.1876	42125	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.48 Å² / B_iso mean: 46.7285 Å² / B_iso min: 24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.86→45.441 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3155	0	65	177	3397
B_iso mean	-	-	58.94	49.4	-
残基数	-	-	-	-	417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.994	4566
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	595
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.243	1201

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.86-1.9033	0.4225	151	0.3328	2599	2750
1.9033-1.9509	0.2906	156	0.2826	2622	2778
1.9509-2.0037	0.3046	152	0.2452	2613	2765
2.0037-2.0626	0.2741	144	0.2203	2631	2775
2.0626-2.1292	0.2829	136	0.2074	2645	2781
2.1292-2.2053	0.2444	126	0.1946	2649	2775
2.2053-2.2936	0.2529	116	0.1966	2674	2790
2.2936-2.398	0.2301	112	0.1893	2680	2792
2.398-2.5244	0.2212	130	0.1892	2641	2771
2.5244-2.6825	0.2067	137	0.1924	2675	2812
2.6825-2.8896	0.2661	127	0.2088	2672	2799
2.8896-3.1803	0.255	133	0.2111	2693	2826
3.1803-3.6404	0.2142	115	0.1886	2717	2832
3.6404-4.5858	0.1651	141	0.1502	2743	2884
4.5858-45.4542	0.1952	220	0.1665	2775	2995

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6393	0.2965	-0.8362	5.7761	-0.2198	2.1361	-0.002	1.0325	0.0714	-0.9636	0.2222	0.169	0.0683	-0.5466	-0.0049	0.4466	-0.0062	-0.0042	0.6528	0.0377	0.4099	-32.3193	13.9422	-21.8253
2	2.1847	-0.119	-0.5742	2.6759	1.1141	3.2351	0.1283	0.406	0.0451	-0.5307	0.1175	-0.0032	-0.3539	-0.1888	-0.05	0.3658	0.0208	0.0201	0.4625	0.0753	0.4437	-35.7093	19.0244	-14.6845
3	2.4791	-0.1823	-1.2417	0.8384	0.2037	2.0106	-0.0421	0.0429	-0.1189	-0.1378	0.0657	-0.0433	0.1412	-0.1101	0.0615	0.2942	-0.0233	-0.0056	0.3189	-0.0065	0.3288	-29.5844	9.4216	-9.084
4	2.9223	-0.1666	-0.705	1.6934	0.1097	1.8349	-0.0514	0.2656	0.0967	-0.2398	-0.0155	0.1934	0.0737	-0.2386	0.0153	0.3311	-0.0211	0.0092	0.328	-0.0324	0.2995	-19.47	9.5376	-20.4127
5	1.3191	-0.0619	-0.6575	1.5547	0.6998	0.9042	-0.0237	-0.0501	0.1252	-0.1234	0.2613	-0.4068	-0.1189	0.3834	-0.0055	0.3349	-0.0155	0.0261	0.336	-0.0258	0.3356	2.7225	3.3834	-31.4804
6	2.6327	0.5517	-0.3609	2.9602	0.3964	2.2569	-0.0449	0.1137	0.3381	-0.0428	0.0307	0.8615	-0.4692	-0.4481	-0.0829	0.4895	0.0984	-0.005	0.4509	0.045	0.429	-18.0043	23.7814	-34.0779
7	4.9326	-2.0402	-1.5174	8.8954	0.5004	0.4965	-0.1777	-0.011	-0.1654	-0.2918	0.1486	0.6817	-0.0149	0.0778	-0.1128	0.3532	-0.0561	0.0053	0.3211	-0.0162	0.3098	-8.8104	3.8922	-40.6671
8	1.1871	-0.3458	-0.8968	0.8606	0.6228	2.0645	0.0383	0.0811	0.2615	-0.2956	0.0501	-0.1174	-0.3048	0.0284	-0.1594	0.3912	-0.0276	0.0179	0.2711	0.009	0.354	-5.6301	20.124	-30.1666
9	1.387	0.0942	-0.9561	0.9133	-0.5762	1.6526	-0.045	0.019	0.2602	-0.1271	-0.0262	-0.0084	-0.1565	-0.1192	-0.0918	0.3091	0.0124	-0.0289	0.2948	-0.02	0.3613	-15.4067	19.6857	-18.489
10	3.0331	-0.1942	-0.7695	0.5205	0.139	0.6107	-0.1464	-0.4394	0.2169	0.1979	0.1478	-0.0543	0.0428	0.0989	-0.0615	0.3196	-0.0119	-0.0085	0.4257	-0.0623	0.4029	-22.13	19.1802	4.545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 17 )	A	0 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 62 )	A	18 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 131 )	A	63 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 132 through 180 )	A	132 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 181 through 227 )	A	181 - 227
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 0 through 40 )	B	0 - 40
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 41 through 62 )	B	41 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 63 through 131 )	B	63 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 132 through 181 )	B	132 - 181
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 182 through 232 )	B	182 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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