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- PDB-6qpl: Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor MS31 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qpl
タイトルCrystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor MS31
要素Spindlin-1
キーワードCELL CYCLE / Epigenetics / Tudor domain / Methyl-Lysine / methyl-Arginine
機能・相同性
機能・相同性情報


transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / gamete generation / histone H3K4me3 reader activity / : / histone reader activity / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / protein localization to chromatin / meiotic cell cycle / spindle ...transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / gamete generation / histone H3K4me3 reader activity / : / histone reader activity / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / protein localization to chromatin / meiotic cell cycle / spindle / Wnt signaling pathway / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Chem-JC5 / PHOSPHATE ION / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Johansson, C. / Krojer, T. / Xiong, Y. / Jin, J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a Potent and Selective Fragment-like Inhibitor of Methyllysine Reader Protein Spindlin 1 (SPIN1).
著者: Xiong, Y. / Greschik, H. / Johansson, C. / Seifert, L. / Bacher, J. / Park, K.S. / Babault, N. / Martini, M. / Fagan, V. / Li, F. / Chau, I. / Christott, T. / Dilworth, D. / Barsyte-Lovejoy, ...著者: Xiong, Y. / Greschik, H. / Johansson, C. / Seifert, L. / Bacher, J. / Park, K.S. / Babault, N. / Martini, M. / Fagan, V. / Li, F. / Chau, I. / Christott, T. / Dilworth, D. / Barsyte-Lovejoy, D. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Brennan, P. / Fedorov, O. / Jung, M. / Farnie, G. / Liu, J. / Oppermann, U. / Schule, R. / Jin, J.
履歴
登録2019年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4969
ポリマ－25,5001
非ポリマー9968
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.300, 115.300, 43.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 25499.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657

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非ポリマー , 7種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-JC5 / [3-(aminomethyl)-5-[3-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)propoxy]-4-methoxy-phenyl]methanamine


分子量: 341.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N3O2
#5: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 60% MPD and 0.1 M SPG buffer pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→43.59 Å / Num. obs: 39340 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 21.28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 500260
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.6410.11.6952890028580.7190.5561.7861.199.5
7.16-43.5910.80.04757215290.9990.0150.0535.899.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.44 Å40.77 Å
Translation5.44 Å40.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I8L

6i8l


解像度: 1.6→40.773 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 1899 4.84 %
Rwork0.1898 --
obs0.1907 39272 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.93 Å2 / Biso mean: 32.6444 Å2 / Biso min: 14.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→40.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1519 0 145 108 1772
Biso mean--53.65 33.94 -
残基数----190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8672268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.301975
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.40661370.28482617275499
1.64-1.68440.28581300.24712643277399
1.6844-1.73390.27461270.230226132740100
1.7339-1.78990.24551310.221226122743100
1.7899-1.85390.25231150.213426722787100
1.8539-1.92810.22551290.193226132742100
1.9281-2.01580.24461390.189726432782100
2.0158-2.12210.21251300.178526432773100
2.1221-2.25510.19161340.178526642798100
2.2551-2.42910.21771430.181426762819100
2.4291-2.67360.16421370.189126752812100
2.6736-3.06030.2211380.188726982836100
3.0603-3.85520.18051500.175127362886100
3.8552-40.78670.19951590.188228683027100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2612.12020.2183.191.39042.9414-0.05890.0016-0.12270.0209-0.0337-0.02510.0487-0.05650.08420.14220.0267-0.01390.14730.00450.1947-3.7317-46.428512.0837
20.8295-0.05160.35023.5387-0.30951.3181-0.00260.04070.016-0.0251-0.032-0.24740.03740.07780.04550.14270.02270.00280.1627-0.00670.1999-2.4819-39.575312.028
36.21551.76232.50137.31491.0048.76880.21180.3899-0.3762-0.8014-0.21020.16140.4334-0.3511-0.11220.29260.0620.01210.2775-0.00540.1848-11.3077-32.1005-9.7075
41.8655-0.0467-0.01382.2033-0.4996.4310.08770.1105-0.0134-0.0564-0.0511-0.1751-0.01350.179-0.02320.18960.0374-0.00390.1316-0.00390.1755-6.4139-30.1111-2.0696
53.1563-0.1244-2.00390.98280.74424.08750.0095-0.14070.0260.02340.02150.0813-0.0031-0.0431-0.13150.1890.0671-0.0160.0740.0220.2219-14.2672-26.341210.3156
62.0651-1.1845-0.59862.1840.69321.8722-0.0025-0.01990.10260.00940.03470.1005-0.1251-0.1594-0.02150.17190.0399-0.01090.1892-0.00380.1587-15.6962-25.579912.1814
72.0001-8.68881.999722.00012.0001-3.655419.7601-0.9079-3.72960.26366.9436-1.46181.55633.36180.2404-0.22260.2430.8306-0.13860.9977-15.1897-18.035-15.6751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 52 through 79 )B52 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 80 through 132 )B80 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 133 through 147 )B133 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 148 through 186 )B148 - 186
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 187 through 235 )B187 - 235
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 236 through 269 )B236 - 269
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 2 through 2 )G2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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