+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qiv | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of seleno-derivative CAG repeats with synthetic CMBL4 compound | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / CAG repeats / CMBL / RNA complex with ligand | 機能・相同性 | CMBL4 / RNA | 機能・相同性情報 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å | データ登録者 | Kiliszek, A. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. / Nakatani, K. | 資金援助 | ポーランド, 1件 |
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019 | タイトル: Structural insights into synthetic ligands targeting A-A pairs in disease-related CAG RNA repeats. 著者: Mukherjee, S. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. / Falschlunger, C. / Micura, R. / Murata, A. / Dohno, C. / Nakatani, K. / Kiliszek, A. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qiv.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6qiv.ent.gz | 8.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qiv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qiv_validation.pdf.gz | 761.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6qiv_full_validation.pdf.gz | 761.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6qiv_validation.xml.gz | 2.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qiv_validation.cif.gz | 2.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qiv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2564.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-J4H / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2 mM MgCl2, Tacsimate and 5 mM hexamine cobalt chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→26.81 Å / Num. obs: 1430 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.42 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 223 / CC1/2: 0.997 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6QIQ 解像度: 2.28→26.8 Å / SU ML: 0.0797 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2672
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→26.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.28→26.81 Å
|