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万見
- PDB-6qiv: Crystal structure of seleno-derivative CAG repeats with synthetic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qiv
タイトルCrystal structure of seleno-derivative CAG repeats with synthetic CMBL4 compound
要素RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')
キーワードRNA / CAG repeats / CMBL / RNA complex with ligand
機能・相同性CMBL4 / RNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Kiliszek, A. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. / Nakatani, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Center for Research and Development (Poland)NCN 2017/26/E/NZ1/00950 ポーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into synthetic ligands targeting A-A pairs in disease-related CAG RNA repeats.
著者: Mukherjee, S. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. / Falschlunger, C. / Micura, R. / Murata, A. / Dohno, C. / Nakatani, K. / Kiliszek, A.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0822
ポリマ－2,5651
非ポリマー5181
水181
1
A: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1644
ポリマ－5,1292
非ポリマー1,0352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.503, 37.503, 38.334
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 2564.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-J4H / CMBL4


分子量: 517.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29N8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 mM MgCl2, Tacsimate and 5 mM hexamine cobalt chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→26.81 Å / Num. obs: 1430 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 223 / CC1/2: 0.997 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QIQ

6qiq


解像度: 2.28→26.8 Å / SU ML: 0.0797 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2672
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 143 10.02 %
Rwork0.1988 --
obs0.2046 1427 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→26.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 170 38 1 209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6582351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2705134
LS精密化 シェル解像度: 2.28→26.81 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 143 -
Rwork0.1988 1284 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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