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万見
- PDB-6q7w: Crystal structure of PqsR (MvfR) ligand-binding domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q7w
タイトルCrystal structure of PqsR (MvfR) ligand-binding domain in complex with compound 20
要素Transcriptional regulator MvfR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Quorum sensing / LysR-type transcriptional regulator / Pseudomonas Quinolone Signaling system / LTTR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transmembrane transport / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HLQ / Multiple virulence factor regulator MvfR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Witzgall, F. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: Flexible Fragment Growing Boosts Potency of Quorum-Sensing Inhibitors against Pseudomonas aeruginosa Virulence.
著者: Zender, M. / Witzgall, F. / Kiefer, A. / Kirsch, B. / Maurer, C.K. / Kany, A.M. / Xu, N. / Schmelz, S. / Borger, C. / Blankenfeldt, W. / Empting, M.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1984
ポリマ－25,7001
非ポリマー4973
水46826
1
A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3958
ポリマ－51,4002
非ポリマー9956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)121.218, 121.218, 114.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator MvfR


分子量: 25700.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: mvfR, PA1003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4X0
#2: 化合物 ChemComp-HLQ / ~{N}4-[3-(4-fluorophenyl)propyl]-6-(trifluoromethyl)pyridine-2,4-diamine


分子量: 313.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15F4N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.085 M tri-sodium citrate (pH 5.6), 29.8% (v/v) 2-methyl-2-propanol, 15% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→47.72 Å / Num. obs: 12501 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.82-2.9725.11.98317640.8420.4012.02399.8
8.92-47.7221.60.01747410.0040.01799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIX1.14rc1_3177精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4JVC

4jvc


解像度: 2.82→47.718 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 644 5.17 %
Rwork0.2308 --
obs0.2325 12453 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 271.37 Å2 / Biso mean: 99.6726 Å2 / Biso min: 39.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→47.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 61 26 1699
Biso mean--94.81 77.06 -
残基数----205
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.82-3.03770.34581140.315323012415
3.0377-3.34340.33491270.288223022429
3.3434-3.8270.2911260.243923422468
3.827-4.82090.23121270.195823582485
4.8209-47.72510.24361500.222925062656
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.22071.0215-0.91221.89850.27232.8491-0.35930.2677-0.3243-0.3602-0.05240.08061.07780.2684-0.05470.6854-0.0739-0.05080.5401-0.06160.732178.854132.07912.4891
23.6563.21810.63243.4733-0.94683.5072-0.1868-0.55960.85630.1297-0.22740.4446-0.15150.2685-0.0290.5386-0.0897-0.07640.4196-0.15110.648682.763241.08317.0543
33.90760.05130.60027.35151.03334.5277-0.74021.15260.4783-0.44020.51410.1413-0.04540.3344-0.00020.9421-0.2857-0.20980.9460.19350.679394.1950.23970.444
43.18451.2123-0.76252.21440.30990.7685-0.79361.2429-0.7201-1.03620.5219-0.24990.2630.4728-0.00060.8733-0.14280.05641.0283-0.07490.701299.697240.05220.7399
51.45440.09491.56372.98070.9141.88430.3414-1.06260.65270.563-0.44170.44890.02660.10180.00010.5675-0.1162-0.00130.6873-0.07520.678483.397937.249421.7896
61.2301-0.02810.35731.30280.05331.49940.5831-0.4251-2.0375-0.0172-0.8122-0.52250.54311.0172-0.02160.8909-0.0736-0.25430.92670.01011.018886.721425.381222.0307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 93 through 136 )A93 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 137 through 171 )A137 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 229 )A172 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 230 through 262 )A230 - 262
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 263 through 278 )A263 - 278
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 279 through 297 )A279 - 297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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