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- PDB-6pwl: ADC-7 in complex with boronic acid transition state inhibitor LP06 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pwl
タイトルADC-7 in complex with boronic acid transition state inhibitor LP06
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / inhibitor / Beta-lactamase / BATSI / ADC-7.
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Chem-LP0 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Curtis, B.C. / Powers, R.A. / Wallar, B.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 AI072219 米国
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into Inhibition of the Acinetobacter-Derived Cephalosporinase ADC-7 by Ceftazidime and Its Boronic Acid Transition State Analog.
著者: Curtis, B.N. / Smolen, K.A. / Barlow, S.J. / Caselli, E. / Prati, F. / Taracila, M.A. / Bonomo, R.A. / Wallar, B.J. / Powers, R.A.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,9499
ポリマ－163,2344
非ポリマー1,7155
水9,818545
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2192
ポリマ－40,8081
非ポリマー4101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2192
ポリマ－40,8081
非ポリマー4101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2943
ポリマ－40,8081
非ポリマー4852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2192
ポリマ－40,8081
非ポリマー4101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.735, 81.279, 105.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22C
13B
23D
14A
24C
15A
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010B4 - 358
2010A4 - 358
1020B4 - 356
2020C4 - 356
1030B4 - 358
2030D4 - 358
1040A3 - 356
2040C3 - 356
1050A3 - 358
2050D3 - 358
1060C3 - 357
2060D3 - 357

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 40808.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DRA1, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-LP0 / (7Z)-7-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-1,1,3-trihydroxy-10,10-dimethyl-1,6-dioxo-2,9-dioxa-5,8-diaza-1lambda~5~-phospha-3-boraundec-7-en-11-oic acid


分子量: 410.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16BN4O9PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ADC-7 (3.5mg/mL) in 25% w/v polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M succinate/ phosphate/ glycine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97851 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97851 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→96.77 Å / Num. obs: 109985 / % possible obs: 80.766 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.676→1.857 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Num. unique obs: 5500 / CC1/2: 0.646 / Rpim(I) all: 0.436 / % possible all: 67.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U0T

4u0t


解像度: 1.67→96.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.65 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.169
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 5463 5 %RANDOM
Rwork0.2221 ---
obs0.2242 104531 69.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.14 Å2 / Biso mean: 34.15 Å2 / Biso min: 11.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20.07 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→96.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11037 0 109 571 11717
Biso mean--55.91 35.69 -
残基数----1423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01311512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.66715708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2531.57824084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02151438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.94225.029523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.459151856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6431523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022192
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B118780.08
12A118780.08
21B114690.08
22C114690.08
31B114010.07
32D114010.07
41A117090.07
42C117090.07
51A115960.07
52D115960.07
61C113250.06
62D113250.06
LS精密化 シェル解像度: 1.671→1.714 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 13 -
Rwork0.276 241 -
all-254 -
obs--2.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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