PDB-6puk: Structure of human MAIT A-F7 TCR in complex with human MR1-JYM72

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6puk

タイトル

Structure of human MAIT A-F7 TCR in complex with human MR1-JYM72

要素

Beta-2-microglobulin
Human TCR beta chain
Major histocompatibility complex class I-related gene protein
TRA@ protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MAIT / MR1 / Metablite presentation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Awad, W. / Keller, A.N. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2020
タイトル: The molecular basis underpinning the potency and specificity of MAIT cell antigens.
著者: Awad, W. / Ler, G.J.M. / Xu, W. / Keller, A.N. / Mak, J.Y.W. / Lim, X.Y. / Liu, L. / Eckle, S.B.G. / Le Nours, J. / McCluskey, J. / Corbett, A.J. / Fairlie, D.P. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2019年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6puk.cif.gz	833.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6puk.ent.gz	574.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6puk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6puk_validation.pdf.gz	375.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6puk_full_validation.pdf.gz	377 KB	表示
XML形式データ	6puk_validation.xml.gz	1.8 KB	表示
CIF形式データ	6puk_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6puk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6puk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pucC 6pudC 6pueC 6pufC 6pugC 6puhC 6puiC 6pujC 6pulC 6pumC 4l4tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6puj-1 5u1r-1 6pui-2 5u6q-1 4l4v-1 5u2v-1 4iiq-d 4pj8-d 5u72-2 5nht-d 4l4v-2 4mji-2 3qdj-d 6pue-1 6pvd-1 5nmf-1 6pvc-1 6puc-1 4pj7-1 5d7j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein

B: TRA@ protein

C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein

D: TRA@ protein

E: Human TCR beta chain

F: Beta-2-microglobulin

G: Human TCR beta chain

H: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

189 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein

B: TRA@ protein

G: Human TCR beta chain

H: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
94.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein

D: TRA@ protein

E: Human TCR beta chain

F: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	217.055, 69.688, 143.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.352, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

#1: タンパク質	Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein 分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質	TRA@ protein 分子量: 22781.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRA@ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	Human TCR beta chain 分子量: 27677.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
非ポリマー , 5種, 1250分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-OYV / 1,2-dideoxy-1-{2,6-dioxo-5-[(1E)-3-oxobut-1-en-1-yl]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}-D-ribo-hexitol 分子量: 328.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₂O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM BTP (pH 6.0 - 6.5), 8-20% PEG3350 and 200 mM sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→66.15 Å / Num. obs: 124837 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 42.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.57
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / R_merge(I) obs: 0.857 / Num. unique obs: 6219

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4L4T

4l4t

解像度: 2.08→52.57 Å / SU ML: 0.2526 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4007

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2017	6335	5.08 %
R_work	0.1755	-	-
obs	0.1769	124722	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→52.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12800	0	69	1241	14110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	13526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5231	18462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0423	1962
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5874	8131

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.1	0.3282	217	0.3092	3957	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.1-2.13	0.3205	199	0.3019	3901	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.13-2.15	0.3284	221	0.2897	3935	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.15-2.18	0.2983	193	0.2818	3942	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.18-2.21	0.3311	233	0.2669	3885	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.21-2.24	0.2891	223	0.2658	3920	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.24-2.27	0.291	220	0.2627	3876	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.27-2.31	0.2941	217	0.2522	3932	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.31-2.34	0.2779	233	0.2525	3874	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.34-2.38	0.265	204	0.2383	3936	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.38-2.42	0.2935	223	0.2334	3930	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.42-2.47	0.2581	220	0.2284	3921	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.47-2.51	0.2574	202	0.2186	3953	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.51-2.56	0.2417	203	0.2092	3930	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.56-2.62	0.2551	205	0.2077	3916	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.62-2.68	0.2496	200	0.2148	3951	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.68-2.75	0.2583	199	0.2143	3957	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.75-2.82	0.2575	214	0.2148	3943	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.82-2.91	0.2544	208	0.204	3968	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.91-3	0.2066	189	0.1953	3948	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3-3.11	0.208	197	0.1888	3944	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.11-3.23	0.202	200	0.1798	3959	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.23-3.38	0.1832	212	0.1746	3928	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.38-3.56	0.1816	235	0.1551	3955	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.56-3.78	0.1779	210	0.1475	3957	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.78-4.07	0.1665	200	0.1447	3990	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.07-4.48	0.1372	204	0.1226	3960	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.48-5.13	0.1465	219	0.1184	4006	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.13-6.46	0.1645	217	0.149	4011	X-RAY DIFFRACTION	99.74
6.46-52.59	0.1938	218	0.1704	4102	X-RAY DIFFRACTION	99.13

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.10895615924	0.171125813253	-0.189270842741	2.27433381022	-0.381320937503	1.78405693911	-0.0360214168325	-0.0564443368358	0.263739726176	0.0945940334168	0.0697766609311	0.0878650787145	-0.0630364576593	-0.156521652139	-0.0157884587755	0.2738919611	0.0381562018149	-0.0280028340789	0.331635339131	0.0219888400952	0.355369898127	-45.1325954292	45.9197705261	187.767846417
2	1.53925188349	-0.998057096402	0.154911624234	2.01232446104	-1.00313408461	1.72885983541	0.136667323754	-0.0521598221767	-0.14609914696	0.0928962160391	-0.0233616199011	-0.247614335306	0.141879038385	-0.0586195740754	-0.0917418801677	0.292268192598	0.0306996052863	0.0204875979331	0.293980113096	-0.00473841365851	0.237931618119	-41.2123689091	38.1040657391	181.982283494
3	1.58482123479	-0.495043007022	0.204357424228	2.82785616643	-0.107008696765	3.38254627448	0.0171149049119	0.351159395592	0.521152473436	-0.515842599315	-0.0107612014698	0.0752492933464	-0.489781184173	-0.0279016311268	0.0253340186134	0.475722702195	-0.114772760583	-0.0928284997094	0.615461192391	0.170166112271	0.585248229874	-66.9724630986	47.0033181302	160.044950694
4	2.60487783424	-1.75783454577	1.48174018943	1.52065765747	-0.854505392654	1.10900356384	0.00428131872424	0.0389390589907	0.0128808154552	-0.0219089787909	0.00636763466466	-0.0817633223152	0.0559052017288	0.0191042710605	0.0105449998745	0.300826887888	0.023580502684	0.0120247689828	0.248095443044	-0.0210561341689	0.283000344433	-18.2930757707	23.646628762	195.146032082
5	2.81426691386	-0.586838336697	-1.1739872881	1.73824224913	0.876648551547	4.36839129904	-0.0930224083785	0.0460548330754	-0.316274835814	0.358529587078	-0.0446303337085	0.0475197348667	0.402958383149	0.10277656067	0.120327123176	0.403330899641	0.027748638279	-0.0176155683766	0.272582805773	-0.0276253443522	0.419001640375	1.68459654921	9.83530870808	216.918428098
6	1.64201047126	0.224037314531	-0.294757594681	2.96028523374	0.012457439642	2.79182817631	-0.0321201376392	-0.225616656686	0.0696882409214	0.242807686475	-0.0399457016188	-0.246145502208	-0.172759098404	0.0627274785109	0.0632785615981	0.250501875144	-0.00229617160924	-0.0138223021608	0.315211284454	0.00720558055443	0.285829730477	6.55217974944	29.9014989503	255.594745172
7	1.75232160899	-0.246662581479	0.0616816089929	2.36134929798	0.725572356823	1.13519235362	0.00554700732598	-0.0151454712464	-0.0691258191616	-0.145285407701	-0.115094609188	-0.0320941950369	0.0622574976277	-0.00858405645151	0.0986982401022	0.344146919804	0.0352218266673	0.00863095080354	0.35054252522	0.0201198610198	0.286786133762	-1.45304919059	22.4969923494	245.651668451
8	2.22141383309	-0.539037970934	-0.571435231803	1.19186427188	0.20182832053	1.73641175436	-0.00971606850656	0.258026235927	-0.118551071294	-0.0801927541096	-0.0189352220322	-0.0421841224034	0.0136103040702	0.136246736711	0.0263579786488	0.439531201788	-0.0219452486779	0.0072428348878	0.358326168252	0.0228264794862	0.436117917898	22.2755858682	39.0541593416	227.237979839
9	2.35606440494	0.214572847396	1.04464043165	2.89698330454	-0.274367648564	2.6681741691	0.217791445521	0.309969441293	-0.219940865994	-0.443102826626	-0.0633494777971	-0.0216171495472	-0.119846182437	0.52172408033	-0.0214188651314	0.439095297503	0.00893446511243	0.00333422204851	0.345768380562	-0.00195137751619	0.410870674509	22.0841407729	40.0853917755	220.927329176
10	3.78620681419	-0.764124686125	-1.0405540772	0.504938995465	-0.273118058458	2.35142237414	-0.0419375874419	-0.0243380182086	0.0581393207747	-0.0172571781308	-0.02753042454	0.125953635152	0.0202508747049	-0.256984873572	0.0418712479213	0.363973368168	0.05219792247	-0.0108816420274	0.409888692679	-0.10156075266	0.327500220836	-29.0876986392	28.5417698995	257.844152794
11	4.47881218877	0.577679375588	0.962330538909	2.2950397158	-0.483968743245	4.60037560317	0.118004476742	-0.156265088329	0.429348772395	0.209351192885	0.00934251824209	0.582623596489	-0.134261554106	-0.813914225419	-0.0811956027708	0.524946711226	0.0219783077204	0.0837486728514	0.675912761832	-0.0219736326288	0.614131777285	-54.0732579497	29.7103800536	278.827651565
12	3.47820851895	0.564329390149	-0.984447962975	1.30578999753	-0.0559497752528	2.34061701541	0.00308055765971	-0.527599705816	0.0438421055094	0.356891594488	-0.0330868543281	-0.0547796630736	0.0208284755247	0.293950539229	0.0227206420135	0.440180903189	0.0283908493501	-0.0381973259873	0.484943444061	-0.0226641253656	0.332120668272	-12.7474304358	28.401181624	277.141835703
13	1.27768028026	-0.353781518712	0.31316657592	1.52612902742	0.292342679706	2.00913506366	0.191804354823	-0.15238054736	0.145514858377	0.118418246663	0.133919461149	-0.248539093051	0.068196716819	0.269932236925	-0.363529091934	0.387718484419	-0.0148492727621	0.00994559942349	0.400233895306	-0.0353066598925	0.340794797088	-19.9977379045	27.8452949901	277.633190064
14	3.18676779832	-0.818431842382	1.71552375596	1.41670478915	0.475174989674	2.95065165004	0.288828917817	-0.189269795362	-0.778056821545	0.187941133358	0.0754286857903	0.102110724032	0.5091452976	-0.445616199611	-0.370053208447	0.642623872284	-0.0890753033992	0.0440972213173	0.575207102266	0.0120364491726	0.533215639676	-45.0345955998	21.5111531031	285.043800037
15	3.98854361246	-0.848205532979	-0.13037386796	1.70161165258	-0.40235540045	2.67632021903	0.353547176342	-0.876594254838	-0.189411143585	0.51984939293	0.105272632051	0.132161033901	0.345626989043	-0.288778837689	-0.466294520557	0.783482182044	0.0120850560616	-0.00539954982635	0.704506855644	0.114245167225	0.489941853407	-32.9246456849	23.2839934095	297.590583964
16	2.14908529278	0.392216489337	0.246429813997	2.97993002377	0.232505823952	1.6681776856	0.114962008033	-0.172890722308	0.12444753119	-0.14369355071	-0.376832738784	-0.333504696361	-0.168056907052	0.216079261968	0.185379996842	0.338195105812	0.0219711522576	-0.04322196894	0.331326403457	0.0208045426175	0.387760178561	28.5622614956	33.4768780313	240.832494633
17	3.1817147451	2.22874028213	0.183982750234	4.45614925824	-0.227402254724	0.979921585567	0.129295494554	-0.408880016728	-0.0715653821097	0.497050095243	-0.141954432739	-0.353975851879	-0.167034848568	0.16255994473	-0.0319946940979	0.400250473011	0.0182114198499	-0.0554890226248	0.380724871567	-0.00703975639877	0.401480887794	27.8466431063	32.1288140861	247.715225439
18	3.34840737533	0.664361287159	-0.338839652479	1.71944726175	-1.04794798478	1.08824090032	0.274833877992	-0.596522653569	-0.021839807665	0.579650969333	-0.0432110021512	-0.37396849506	-0.126632025764	0.112265987963	-0.147672400143	0.478759429935	-0.00804795496342	-0.0449966453878	0.428121142649	-0.00315464918566	0.453758954915	24.0192601845	32.3465334121	250.288284535
19	5.19632792513	1.83027157806	0.133365203368	4.5022363802	-0.539149080067	3.10797130942	0.0972405778811	-0.52842375117	0.776387146984	0.413105465204	-0.130336698957	0.141633372883	-0.515016705856	-0.000347158248203	0.0373755086475	0.427400955945	0.0274025014294	0.0160960739683	0.366122744169	-0.00584999831483	0.363794145604	26.2206062942	36.9987996274	247.554722987
20	4.53029376721	1.36868572025	-0.554589820604	2.67920020313	1.18454879673	0.800171251561	0.0735269938186	-0.401482352793	-0.168243783825	-0.0866354286818	-0.272052208068	-0.709832707682	0.129116435355	0.549597166152	0.15716042387	0.406397919774	0.0347549761922	-0.0727125239156	0.457994655986	0.0769859472557	0.500870666436	36.120530568	29.3837102669	247.094697123
21	2.08121385118	-1.02697215924	1.46180642088	5.76616302744	-0.550603280757	5.04199239658	-0.298565023322	0.508515066404	0.0823912193404	-0.173700929102	-0.0528454715106	-0.866685466107	-0.344244451542	0.531795972595	0.2431501157	0.363165909261	-0.01731965628	0.0318580361381	0.522847017615	0.0255705320975	0.608463341797	36.961352296	33.2807031464	240.020828415
22	1.03423705057	-0.136749624673	0.770951786115	4.42489950373	-3.16127269316	4.31291792683	-0.0761092319811	-0.448319176525	0.150049368242	0.643081935828	-0.264576018941	-0.215138305498	-0.774021454738	-0.0637164761916	0.368065628999	0.412042060923	0.0846267725519	-0.0799465493603	0.507991493882	-0.0698743187983	0.379287126529	-26.9536793024	34.3541929113	220.148504003
23	1.99477127538	-0.144761234065	0.0115161850397	1.96463189323	-0.759852446989	1.98040987424	-0.0174512389172	-0.0951848113788	0.120634187538	0.0979242586286	-0.0570551619117	0.0016645687986	-0.112457882301	-0.159640565029	0.05636146804	0.346877241952	0.0823026785955	-0.0144436330752	0.384191514892	-0.0352982745195	0.318929803417	-31.074590055	32.7834067756	207.520923756
24	2.47569571173	-0.972706498819	0.229248435074	1.88947696889	-0.672640644674	2.33288208693	-0.24721377743	-0.529227024275	0.257557701198	0.0393571534824	0.225552344072	-0.026949422993	-0.213907194547	-0.36387483486	-0.0368420082037	0.343961594401	0.0898660379038	-0.0530303315576	0.560155655334	-0.0107942010974	0.393149527428	-39.9484115814	33.7516542157	209.531566524
25	1.87703586831	-0.261693822314	0.079033809554	2.0653052874	-0.794222825851	1.5793281831	-0.103320763689	-0.220658259817	0.222770583088	0.130992960685	0.0761740052697	0.139177784651	-0.254484266868	-0.304197251261	0.0337881745374	0.357280449183	0.081609131113	-0.036719981287	0.418467122615	-0.0699213245003	0.360929303493	-31.4383564707	36.2166801356	210.476692863
26	3.2606987414	-1.41441523369	1.68104544314	1.12625709013	-0.186956794219	1.45925409326	0.204749840176	0.0373789043142	-0.335865887467	-0.285372032852	-0.0334087152462	0.0780609919277	0.157611918612	-0.457912501691	-0.20067293767	0.339095455962	-0.00084263315465	-0.0138450666053	0.385832240926	-0.0230745398542	0.275536912959	-23.7215952837	20.7983443622	228.18817233
27	2.28140057189	0.402349116872	-0.789762728439	0.906675897872	0.55487326154	1.26697808993	0.0656635502314	0.00537318538669	0.118524449054	0.0697144721451	-0.00826085395198	-0.00238291675689	-0.0477201865234	0.00456664612517	-0.0474572475381	0.392921297785	0.0443278931394	-0.0250477698942	0.286205159236	0.0066882221983	0.338305181948	0.0264939947414	20.5051370673	222.255471201
28	2.70614050406	-1.38749295084	-0.841186051939	1.83707007577	-0.394397664322	3.05578035336	-0.0376198572589	0.393552667729	-0.0112140924562	-0.109485588988	-0.0198828836088	0.25677989917	0.0320394200972	-0.41455691245	0.0654165948273	0.453950552148	0.0571939476705	-0.0264907490892	0.382039433251	-0.0300099177493	0.339422098446	-9.2247023346	19.751707482	219.734828532
29	1.11981709805	0.361807238883	-0.726488098689	0.825174513382	-0.0797009274177	0.964602004794	0.183748306103	0.245868959517	-0.0749899829092	0.159985293	-0.056187072296	-0.0854103097895	-0.084067440204	-0.0595880149757	-0.12983741802	0.414780814154	0.0401793336014	0.0168952882249	0.270679402847	-0.0427437371898	0.363417142257	3.36018408925	21.9776630735	219.064638791
30	2.24765215287	-0.584048753204	-0.184164027093	1.18123552599	0.495558982412	1.50603919553	-0.0379128367034	-0.475121301137	0.554890457411	0.365011817732	0.273837960144	-0.443437139865	-0.128363207986	0.104653270045	-0.222748341752	0.49865609651	0.0370536615755	-0.0206334936749	0.312724733113	-0.0442820444799	0.454269621442	4.25872549446	29.0415783059	226.597100112
31	2.18470180852	0.582677195408	-0.839990365782	2.0839204174	0.204020606312	1.92153476883	0.222205884199	0.0209994047021	0.0672607835571	0.0282755967816	-0.124489643695	0.126479567772	-0.0305142537354	-0.0543252329627	-0.0812307243388	0.441732334486	0.0462077488069	-0.0605649835627	0.412819927967	-0.0409988847972	0.314041789092	-13.7860526506	25.6943854111	234.321828218
32	2.57271053748	0.792315834207	0.895673138041	1.53379346266	0.263271039071	1.29422250637	-0.00629861565946	-0.119912185349	1.02762746187	-0.136433094675	0.175530942873	0.072052695014	-0.379584877684	0.0238740780441	-0.00692463793056	0.561968447573	0.0990462242565	-0.0488204567492	0.528099903257	0.0274944754152	0.836551558796	-51.4334291041	63.7628794245	180.427868485
33	0.978762775171	0.502521102321	0.903793407938	3.18576821301	0.483270580012	1.02123224832	-0.0289462568144	0.129888671927	0.317594745058	-0.192022391906	0.109087504289	0.640533066443	-0.212505712438	-0.572319976097	-0.0164075206748	0.402554473124	0.0252188668907	-0.0375494368269	0.614147094656	0.116505872162	0.761836516924	-67.7449528003	54.862507381	175.781855539
34	2.86384669377	-1.47271018914	-0.878968250059	1.53958196991	-0.393052237117	1.15240589162	-0.461764134642	0.330954764069	-0.15986460114	-0.373064453796	-0.264630999532	1.33340776846	0.252630744596	-1.19163649827	-0.0469684372841	0.459942562367	-0.109955055634	-0.169035831449	0.998066549711	0.0302797359418	1.07215574789	-80.7450371601	46.5289173164	175.093673203
35	2.05017667762	-0.619310190597	0.0323358887661	1.71227120037	-0.0346091071478	1.69735430403	-0.0178533874184	-0.0765226993627	0.230326675351	0.379755014341	0.445779549898	1.00422069861	0.132851760325	-0.408509585927	-0.00256712304097	0.384582997042	0.0963318710285	-0.0503386345909	0.682617867987	0.116088130178	0.794074303984	-68.2170153275	51.9765643243	180.273960205
36	7.30925769417	-0.298657400471	-0.107718696203	1.13597797207	-0.274087059115	1.20915681955	0.159439089345	-0.678429011589	0.843142653715	0.88275070705	0.00053152725485	0.583227740347	-0.685327129794	-0.699972114593	-0.0501645042338	0.489126938979	0.185901287181	0.0247335045351	0.622478077174	-0.0289916745626	0.740393905842	-64.1605512592	59.73818426	186.870809824
37	2.19119514023	-1.47692583363	0.00333471185141	0.987177867238	0.0674345311516	0.160581714607	0.0950129069872	-0.565741187985	0.296690808036	0.44665834897	0.0637293092434	0.232221442069	-0.16791352939	-0.583596296244	-0.098712567924	0.617585565686	0.117340423687	0.033487857718	1.08653981369	0.0528502520112	0.906668142154	-74.3509636828	56.0964534932	189.29352975
38	4.32089499322	0.0238052798734	-0.254803567063	1.9972020749	0.378868695027	1.87346630581	-0.115027527375	-0.110701768454	0.472418099738	-0.0896125865837	0.228597493986	0.309506067388	-0.181815219972	-0.298902590944	-0.0824946551963	0.387139984881	0.00591971105548	-0.0452693761338	0.439726015112	0.0629164669554	0.568557976497	-53.0606871179	50.7268088414	182.938853176
39	7.01442691536	-0.844465969828	0.212639129561	0.316113017325	0.0407844237734	1.23479521231	-0.0998195511891	-0.628408899307	0.416304042834	0.0615354934614	0.132895335283	0.456488901712	0.0663451475643	-0.527068105697	0.0280613928973	0.391543147843	0.0527848519714	0.0130900637465	0.666639988068	0.0514424509151	0.699029836085	-68.7743950646	50.7521280829	183.975902123
40	4.73660809594	-0.184603609569	0.198592505492	0.0109791625506	-0.00047735212009	-0.00345181811178	-0.0133447305434	-0.0916525808367	0.996894384024	-0.139616974109	0.188534885602	0.551588436504	-0.275816933472	-0.635694929387	0.134264931295	0.465639793602	0.143019557148	-0.139403119911	1.44961792321	0.0451606486204	1.15972975019	-85.1928132698	56.8538568162	178.44788504
41	1.28035399084	-1.26894776549	-1.04696387782	6.16985356463	-1.96087597301	2.65734218237	0.397641837277	-0.0465599506763	0.414165414887	0.238265924533	-0.0768414499154	1.24914554232	-0.347505366527	-0.550165696397	-0.345717187374	0.512017576973	0.111887004786	-0.0465888331219	0.625908191207	-0.0878609972614	1.01224480748	-70.8047260023	61.4555523917	183.472577399
42	4.43236108199	-3.19812513121	0.378667652143	6.0860510137	-3.42166398989	3.7979381365	0.715610521607	0.222560324533	1.17837451889	-0.104930249265	-0.196396315975	0.427314034952	-0.840475868975	-0.809538958752	-0.580274181937	0.645810791789	0.129840448849	-0.0518739150433	0.589213035807	-0.0507952954392	1.13507846098	-60.1483735263	68.2073520931	183.931679862
43	4.32982459625	1.81319224256	-0.0329792623774	5.77865368617	0.402576634391	3.64307098546	-0.252886728394	-0.0344637573696	0.138934585284	-0.46539048992	0.262666023601	-0.314364604577	0.497756964256	-0.135656951037	-0.0317170624415	0.69258010603	0.151953679943	-0.173148172009	0.595862163038	0.107519206454	0.98016168295	-74.010235357	59.8951326184	175.562413252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 133 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 134 through 182 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 183 through 270 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 120 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 121 through 201 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 0 through 84 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 85 through 171 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 172 through 237 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 238 through 270 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1 through 116 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 117 through 199 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 2 through 94 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 95 through 124 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 125 through 215 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 216 through 244 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 0 through 19 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 20 through 41 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 42 through 61 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 62 through 71 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 72 through 90 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 91 through 98 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'G' and (resid 1 through 25 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 26 through 49 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 50 through 64 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 65 through 109 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 110 through 124 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 125 through 162 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 163 through 188 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 189 through 202 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 203 through 215 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 216 through 244 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resid 0 through 5 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 6 through 11 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 12 through 19 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 20 through 30 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 31 through 41 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 42 through 51 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 52 through 61 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 62 through 71 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 72 through 77 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 78 through 83 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 84 through 90 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 91 through 97 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

-
非ポリマー , 5種, 1250分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

-非ポリマー , 5種, 1250分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

-
非ポリマー , 5種, 1250分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)