PDB-6poi: Crystal Structure of EcDsbA in complex phenyl ether 25

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6poi

タイトル

Crystal Structure of EcDsbA in complex phenyl ether 25

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: The Fragment-Based Development of a Benzofuran Hit as a New Class of Escherichia coli DsbA Inhibitors.
著者: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M.

履歴

登録	2019年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月7日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6poi.cif.gz	203.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6poi.ent.gz	134.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6poi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6poi_validation.pdf.gz	736 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6poi_full_validation.pdf.gz	739.4 KB	表示
XML形式データ	6poi_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	6poi_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6poi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6poi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6pmfC 6pmlC 6pohC 6poqC 6pvyC 6pvzC 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pbi-2 5qks-1 5qno-2 5qod-2 5qnn-2 5qog-2 5qnc-1 5qlj-1 6pg2-1 5qkx-1 6pvz-2 5qls-1 5qkl-1 5qn4-1 4od7-3 6pml-1 5qku-2 5qkr-1 5qod-1 5qnu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.750, 63.670, 96.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 140.960, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-458- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-OVS / (6-phenoxy-1-benzofuran-3-yl)acetic acid 分子量: 268.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月1日
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→37.08 Å / Num. obs: 43841 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.85 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.77→1.87 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6376 / CC_1/2: 0.77 / R_pim(I) all: 0.318 / R_rim(I) all: 0.649 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3211	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.77→34.91 Å / SU ML: 0.1902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9506

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	2198	5.01 %
R_work	0.1695	-	-
obs	0.1713	43840	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→34.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2893	0	21	416	3330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121	3034
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9416	4129
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0561	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.8532	2428

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.81	0.2939	128	0.2521	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.81-1.85	0.2736	137	0.2349	2527	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.85-1.9	0.3057	133	0.218	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.9-1.95	0.2397	143	0.2031	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.95-2.01	0.2336	141	0.1864	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.01-2.07	0.2358	147	0.1784	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.07-2.14	0.2118	142	0.1783	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.14-2.23	0.2094	141	0.1738	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.23-2.33	0.2284	142	0.1711	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.33-2.45	0.2195	167	0.1675	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.45-2.61	0.1961	144	0.171	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.61-2.81	0.2225	139	0.1658	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.81-3.09	0.1982	111	0.1712	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.09-3.54	0.1887	131	0.163	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.54-4.46	0.1627	116	0.1428	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4.46-34.91	0.1853	136	0.1583	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.69240457423	-0.0738409422493	-0.658768122229	1.28790268398	-1.05548564896	1.52778044351	0.00717067007657	0.217531066995	-0.00108286849942	-0.519931354251	-0.00532531183223	-0.156134592613	0.23939782992	-0.148861019803	0.028412075613	0.283052812556	-0.0268195242773	0.0489612906033	0.213606512228	0.0233566017835	0.103891717022	29.5697711487	7.68144215412	-0.782282107096
2	7.69658058148	-2.64245228937	4.9331459702	4.57009860015	-2.55472912371	7.56714402153	-0.151831618306	-0.281196133404	0.0749325686623	0.366906087914	0.00376422732278	0.0479837622025	-0.420355701168	-0.134419281832	0.122479976446	0.159229276468	-0.0150732821915	0.0349450840759	0.165789715318	-0.0013309853694	0.130312407976	27.3885966568	18.2955573138	5.59397879825
3	1.10624918745	1.20190212312	-0.3788098733	4.79166524302	-2.4241536812	2.82037931448	-0.0771256438725	0.136047262788	0.104244940742	-0.100662507912	0.245688238366	0.58909237035	-0.000709708210334	-0.17871334332	-0.152960728657	0.141974443291	-0.0221874387066	-0.0128376003893	0.168957216118	-0.00566965800784	0.104700017421	22.3831017617	6.34583859	4.29759248874
4	2.03630039041	-0.111758497448	0.139202657869	1.34244629318	0.0587740942929	1.54524292783	-0.00925309879142	-0.0371365989965	0.0417698815038	0.0937784036854	-0.0522375200812	0.0293851647261	-0.0291276161979	-0.0467365733518	0.0593593821486	0.130329022522	-0.0377185433218	0.0293631450175	0.160769204817	0.00836982032553	0.0527661607665	23.6234544918	2.65909177972	16.0079659313
5	2.20117517615	1.06065486851	-1.19125570953	1.98112008987	0.185468112939	1.70025100759	-0.065454047687	-0.212946599641	-0.176470007724	0.339832643486	-0.00465141406956	-0.135499278793	0.0418536982782	0.16400742863	0.0673341221462	0.229826718073	-0.0628999442914	0.0256365753502	0.233983855349	0.00616647218372	0.0565405632772	27.3671202194	0.159322373892	24.6123710753
6	3.06624783446	2.55468080076	1.05305330899	2.94560761476	0.693139362453	3.06497928137	-0.159048560143	-0.254800120707	0.0667741598406	0.247162242838	0.00891354242303	0.49487373402	-0.134259216371	-0.377445873742	0.107449706715	0.185444600971	-0.0100057113408	0.0916181855718	0.258191953895	-0.0224576622559	0.180395983542	13.4067799439	-0.496469196799	23.4535286934
7	6.25375620019	-1.0093227076	-3.46724482809	1.66587089709	-0.345531941951	6.10304178854	-0.171847189072	0.260487819094	-0.282667844784	-0.528924733944	-0.00360785499438	0.366965261285	0.238934549107	-0.418544410098	0.201244534433	0.207942394049	-0.061252758909	-0.00209056999207	0.180854000851	-0.057549986093	0.146714553409	16.4435438484	-4.20419691548	5.13827524587
8	2.52491967858	0.202815839377	2.06132325038	1.57836508529	-1.33024890005	6.86691334279	-0.189717322978	0.38594531553	-0.204830812886	-0.907461043326	0.264569072031	0.134095772138	0.51901985993	-0.135239071165	-0.0684896999911	0.333473807314	-0.0925457005158	0.0156489194071	0.262703116874	0.00530872721333	0.130508318486	27.2521483383	5.03580840623	-3.97789715427
9	0.96704645213	-0.16016950088	1.08204967714	1.75164282473	0.344733742522	1.37061409774	-0.355549554816	0.39581098123	-0.0791383920633	-0.560498556378	0.0252388136878	-0.263270165602	-0.224293785832	0.701701431598	0.191063753458	0.239543744367	-0.0396058032243	0.0679557504899	0.263918467839	0.0206529358647	0.208270415326	40.2014670728	14.0557700296	-1.86527030984
10	4.91837789712	1.19309885693	2.23067533376	3.06773575953	0.616041963154	3.4677872511	-0.0568384961683	0.118683718564	-0.0283879870583	-0.179300642494	0.0579940084333	0.00623113724631	-0.0331306176593	-0.0980716567235	0.00616660907597	0.164203602598	-0.0142830264437	0.0494915776705	0.14749862098	0.0285939570507	0.111502047352	30.6008018299	17.8050752084	-4.02198944137
11	1.04716252555	0.198339012023	0.118457734932	3.1664727935	-1.61339446403	2.03165082811	0.0307348935133	0.13737114083	-0.0246873118231	-0.061310737758	-0.072777260706	-0.492016019872	0.22076367343	0.245386797232	0.0162349554201	0.182768398104	0.00303393330139	-0.0517420517105	0.183366199102	0.000842344342823	0.276170530727	52.5539193523	0.993341796205	22.0237890105
12	1.64987653606	0.518471765145	0.335483190005	2.74192072339	-0.602145515642	1.73394152966	-0.0762473857821	0.101959525186	-0.000179385464933	-0.179199060443	0.0784255664975	-0.330803118411	0.0818439026087	0.174915937751	0.00516178168849	0.116892828992	-0.0258104550185	0.0104959409643	0.177099503376	-0.0129631154039	0.171108259613	54.1479992934	14.5741475321	14.0000173402
13	1.27413029381	1.14060803899	-0.310532636192	4.54207408604	0.378025908913	5.48415564512	-0.000177873147314	-0.0260540748658	0.0610824751291	-0.124139351447	0.0361686987155	-0.0655539216117	0.148220838875	-0.0292606694981	-0.0270103761952	0.2513633095	0.000700479084867	-0.144645879891	0.112296460616	0.027838352504	0.332633297852	49.3905837891	-5.60873969637	29.9315348214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 65 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 66 through 97 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 98 through 114 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 115 through 128 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 129 through 145 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 146 through 161 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 162 through 170 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 171 through 188 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 65 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 66 through 161 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 162 through 188 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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