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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pbn | |||||||||||||||
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タイトル | Pseudopaline Dehydrogenase with (R)-Pseudopaline Soaked 1 hour | |||||||||||||||
![]() | Pseudopaline Dehdyrogenase | |||||||||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Opine Metallophore Dehydrogenase Enzyme | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | McFarlane, J.S. / Lamb, A.L. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Staphylopine and pseudopaline dehydrogenase from bacterial pathogens catalyze reversible reactions and produce stereospecific metallophores. 著者: McFarlane, J.S. / Zhang, J. / Wang, S. / Lei, X. / Moran, G.R. / Lamb, A.L. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 334.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 272.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49578.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA4835 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HUX5, 酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
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-非ポリマー , 5種, 635分子 ![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/O77.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/O77.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-AKG / | #5: 化合物 | ChemComp-O77 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 260 mM ammonium formate, and 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→39.96 Å / Num. obs: 110062 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4833 / CC1/2: 0.727 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6C4N 解像度: 1.65→39.96 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.77
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→39.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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