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- PDB-6oht: Structure of EBP and U18666A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oht
タイトルStructure of EBP and U18666A
要素3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase
キーワードMembrane protein / isomerase/inhibitor / Isomerase / isomerase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cholestenol Delta-isomerase / C-8 sterol isomerase activity / cholesterol biosynthetic process via desmosterol / cholesterol biosynthetic process via lathosterol / cholestenol delta-isomerase activity / Cholesterol biosynthesis via desmosterol (Bloch pathway) / Zymostenol biosynthesis via lathosterol (Kandutsch-Russell pathway) / cholesterol-5,6-oxide hydrolase / cholesterol-5,6-oxide hydrolase activity / steroid Delta-isomerase activity ...cholestenol Delta-isomerase / C-8 sterol isomerase activity / cholesterol biosynthetic process via desmosterol / cholesterol biosynthetic process via lathosterol / cholestenol delta-isomerase activity / Cholesterol biosynthesis via desmosterol (Bloch pathway) / Zymostenol biosynthesis via lathosterol (Kandutsch-Russell pathway) / cholesterol-5,6-oxide hydrolase / cholesterol-5,6-oxide hydrolase activity / steroid Delta-isomerase activity / ossification involved in bone maturation / cholesterol biosynthetic process / hemopoiesis / cholesterol metabolic process / nuclear envelope / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Emopamil-binding protein / EXPERA domain / EXPERA (EXPanded EBP superfamily) / EXPERA domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
3beta-(2-Diethylaminoethoxy)androst-5-en-17-one / 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Long, T. / Li, X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for human sterol isomerase in cholesterol biosynthesis and multidrug recognition.
著者: Long, T. / Hassan, A. / Thompson, B.M. / McDonald, J.G. / Wang, J. / Li, X.
履歴
登録2019年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase
B: 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase
C: 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8506
ポリマ－82,6883
非ポリマー1,1633
水00
1
A: 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase
B: 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9004
ポリマ－55,1252
非ポリマー7752
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
2
C: 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase
ヘテロ分子

C: 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9004
ポリマ－55,1252
非ポリマー7752
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.566, 67.823, 96.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase / Cholestenol Delta-isomerase / Delta(8)-Delta(7) sterol isomerase / D8-D7 sterol isomerase / ...Cholestenol Delta-isomerase / Delta(8)-Delta(7) sterol isomerase / D8-D7 sterol isomerase / Emopamil-binding protein


分子量: 27562.555 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EBP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15125, cholestenol Delta-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MKM / 3beta-(2-Diethylaminoethoxy)androst-5-en-17-one / LS-3360


分子量: 387.599 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H41NO2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.33 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Hepes, peg 600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 28389 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 3.1382→3.26 Å / Num. unique obs: 2273 / CC1/2: 0.739

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→48.642 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3191 2842 10.01 %
Rwork0.2685 --
obs0.2735 28389 65.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5124 0 84 0 5208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9277413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.712955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006885
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1382-3.19230.011220.457711X-RAY DIFFRACTION1
3.1923-3.25030.560360.396759X-RAY DIFFRACTION3
3.2503-3.31280.4968150.3222142X-RAY DIFFRACTION7
3.3128-3.38040.4259290.333260X-RAY DIFFRACTION13
3.3804-3.45390.4286430.3581363X-RAY DIFFRACTION19
3.4539-3.53420.4011670.324608X-RAY DIFFRACTION31
3.5342-3.62260.4739950.3215870X-RAY DIFFRACTION45
3.6226-3.72050.39561260.32251167X-RAY DIFFRACTION58
3.7205-3.82990.33471410.27781259X-RAY DIFFRACTION66
3.8299-3.95350.32751780.2581578X-RAY DIFFRACTION80
3.9535-4.09470.29961970.25581766X-RAY DIFFRACTION92
4.0947-4.25860.33812110.24641938X-RAY DIFFRACTION98
4.2586-4.45230.29422110.23321947X-RAY DIFFRACTION100
4.4523-4.68680.29662140.21871922X-RAY DIFFRACTION100
4.6868-4.98020.26932140.2331944X-RAY DIFFRACTION100
4.9802-5.36430.33242140.26851978X-RAY DIFFRACTION100
5.3643-5.90330.3262160.30941935X-RAY DIFFRACTION100
5.9033-6.75550.32882190.32841954X-RAY DIFFRACTION100
6.7555-8.50380.29762270.26581932X-RAY DIFFRACTION99
8.5038-48.64730.27582170.28011914X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.5989 Å / Origin y: -4.861 Å / Origin z: 43.3307 Å
111213212223313233
T0.0786 Å2-0.1087 Å20.003 Å2-0.0656 Å20.0396 Å2--0.0356 Å2
L0.0048 °20.0197 °20.0095 °2-0.0016 °2-0.0362 °2--0.0072 °2
S-0.0472 Å °-0.0045 Å °-0.0125 Å °-0.0443 Å °0.0351 Å °-0.0002 Å °-0.0034 Å °0.0397 Å °-0.0197 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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