PDB-6ohs: Structure of compound 3 (ML299) bound human Phospholipase D2 cata...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ohs

タイトル

Structure of compound 3 (ML299) bound human Phospholipase D2 catalytic domain

要素

Phospholipase D2

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / phosphodiesterase / HYDROLASE / HKD motif / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane region / Synthesis of PG / phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Metrick, C.M. / Chodaparambil, J.V.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Human PLD structures enable drug design and characterization of isoenzyme selectivity.
著者: Metrick, C.M. / Peterson, E.A. / Santoro, J.C. / Enyedy, I.J. / Murugan, P. / Chen, T. / Michelsen, K. / Cullivan, M. / Spilker, K.A. / Kumar, P.R. / May-Dracka, T.L. / Chodaparambil, J.V.

履歴

登録	2019年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6ohs.ent.gz	773.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ohs_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ohs_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6ohs_validation.xml.gz	79.5 KB	表示
CIF形式データ	6ohs_validation.cif.gz	105.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ohmSC 6ohoC 6ohpC 6ohqC 6ohrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oho-1 6ohp-1 6oho-2 6ohp-2 6ohp-3 6ohq-2 6ohp-4 1dnu-2 4dl1-12 4dl1-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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ナノボディ (Nanobodies)
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#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospholipase D2

B: Phospholipase D2

C: Phospholipase D2

D: Phospholipase D2

ヘテロ分子

293 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Phospholipase D2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phospholipase D2

ヘテロ分子

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3

C: Phospholipase D2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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4

D: Phospholipase D2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.060, 132.317, 114.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phospholipase D2 / hPLD2 / Choline phosphatase 2 / PLD1C / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D2 分子量: 72846.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O14939, phospholipase D
#2: 化合物	ChemComp-MJY / 4-bromo-N-{(2S)-1-[1-(3-fluorophenyl)-4-oxo-1,3,8-triazaspiro[4.5]decan-8-yl]propan-2-yl}benzamide / ML-299 分子量: 489.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆BrFN₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M sodium cacodylate pH 7.0, 22% PEG 8000, 0.1M calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 43049 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 3.2
反射シェル	解像度: 3.2→3.2 Å / Num. unique obs: 4306

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OHM

6ohm

解像度: 3.2→48.174 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.48

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	2146	4.99 %
R_work	0.2777	-	-
obs	0.2797	43045	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.174 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18808	0	124	0	18932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	19428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.74	26408
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.299	11504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	2892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2744	0.414	140	0.4176	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2744-3.3563	0.4396	142	0.3787	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3563-3.447	0.3606	132	0.3547	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.447-3.5484	0.4189	139	0.3307	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5484-3.6629	0.3716	148	0.323	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6629-3.7938	0.4055	144	0.3242	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7938-3.9456	0.3511	148	0.31	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9456-4.1251	0.3254	133	0.2731	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1251-4.3424	0.3029	135	0.2534	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3424-4.6143	0.2514	153	0.2392	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6143-4.9703	0.2474	153	0.2252	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9703-5.4698	0.3149	145	0.2318	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4698-6.2598	0.2777	141	0.2553	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2598-7.8811	0.2796	150	0.2481	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8811-48.1791	0.2652	143	0.2157	2772	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0674	-0.0038	0.0158	0.0752	-0.0449	0.0263	-0.0422	-0.0289	-0.0307	-0.1286	-0.0841	0.0614	-0.2738	0.109	-0	0.6948	-0.0195	0.149	0.3832	0.0131	0.8687	40.4391	-7.8903	-6.6546
2	0.0374	-0.0485	-0.0318	0.0413	-0.0073	0.0789	-0.0132	0.0462	-0.1823	-0.0878	0.0792	0.1349	0.1235	0.0964	0	0.5782	-0.0812	0.1474	0.3962	0.0761	0.8304	42.8475	-14.2666	-5.9191
3	0.0204	-0.0034	-0.0063	0.022	-0.0146	0.0318	0.0618	0.0161	0.1102	-0.0592	-0.0073	-0.0068	0.027	0.0076	0	0.6248	-0.0539	0.0577	0.3834	0.0789	0.8745	48.9817	-19.8419	16.7528
4	0.0287	-0.0392	-0.0205	0.2788	-0.0145	0.1847	0.2495	0.3183	-0.0132	0.0232	0.0785	0.2657	-0.1047	-0.1886	0.0901	0.2101	-0.1136	-0.0109	0.1043	0.0511	0.5943	40.9724	-30.807	12.9237
5	0.0691	-0.0144	-0.0958	-0.0148	-0.0103	0.1678	0.1886	-0.2798	0.113	0.2164	-0.012	0.1009	-0.0729	-0.0127	0.3211	-0.0836	-0.064	0.0493	0.2146	0.1958	-0.7564	38.6817	-37.3828	63.3095
6	-0.0467	-0.0663	0.027	0.0368	-0.0626	0.0284	0.0713	0.0497	-0.0577	-0.0261	-0.0461	0.44	-0.0459	-0.169	-0.1073	0.0388	-0.0366	-0.6347	0.1371	0.2431	-1.3706	33.4483	-46.1714	52.2764
7	0.1147	0.028	0.0347	0.0454	0.0297	0.0463	-0.0267	-0.0347	-0.2339	-0.0089	-0.1355	0.0794	-0.0573	-0.0464	0.0337	0.2587	-0.055	-0.0411	0.1143	0.0113	-0.0471	37.976	-60.1567	43.4312
8	0.0388	0.0158	0.0337	0.0249	0.0168	0.0391	-0.093	-0.1052	0.23	-0.0246	0.0004	-0.0819	-0.0079	0.0031	-0	0.7132	-0.0489	-0.0537	0.8323	-0.0433	0.9526	3.9705	-11.1255	11.8477
9	0.0075	-0.0158	-0.0012	0.0095	0.0027	0.0119	-0.0111	0.0124	0.11	0.0084	0.0335	0.0535	-0.03	-0.0834	0	0.7367	0.0538	-0.0945	0.8531	-0.0673	0.7055	0.3773	-15.5734	9.0529
10	0.051	0.0086	0.0083	0.0198	-0.0228	0.0563	-0.0755	-0.0723	0.0653	0.0841	-0.0911	-0.0156	0.0386	-0.045	-0.0001	0.7846	0.0663	-0.0069	0.7082	0.2066	1.0408	1.2912	-21.1909	10.2542
11	0.0087	-0.0081	0.0084	0.0154	-0.0007	0.01	-0.0588	-0.0619	0.0415	0.0301	0.0348	0.001	-0.0943	-0.0578	-0	0.7645	0.0018	0.0179	0.7585	0.0231	0.8034	-2.6172	-0.4273	7.408
12	0.0529	-0.0326	-0.0003	0.0327	0.0341	0.0614	-0.0336	0.2366	0.1056	-0.054	-0.0475	0.0809	0.0468	-0.0576	-0	0.6938	0.0108	-0.0459	0.7432	0.0417	0.8224	-3.6855	-19.7868	-14.2561
13	1.5206	1.0917	-0.5823	0.8569	-0.5078	2.0709	-0.055	-0.0259	-0.2909	-0.0026	0.0138	-0.2267	0.3191	0.2446	0.072	0.2572	-0.0594	0.1144	0.2057	0.2086	0.2896	15.66	-15.667	-14.4955
14	0.0124	0.0151	-0.0085	0.02	0.0033	0.0126	-0.0638	0.0286	-0.0935	0.0443	-0.1004	-0.0114	0.1236	-0.1765	-0.0001	0.7783	-0.1847	-0.0061	0.6052	-0.2102	1.0711	-2.3613	-36.9334	-12.7742
15	0.1786	-0.0007	0.1012	0.0184	-0.0037	0.0645	-0.1446	0.1942	0.2087	-0.146	-0.2066	-0.1803	-0.0874	-0.0272	-0.0411	0.1756	0.053	0.2549	0.6042	0.1514	0.254	-13.3564	-40.2722	43.9057
16	0.0153	0.0163	-0.0274	0.0174	-0.0107	0.0286	0.1252	0.1626	0.0974	-0.0263	0.006	0.0199	-0.0559	0.0609	0	0.3263	-0.0082	0.0229	0.4836	-0.0623	0.479	-11.9191	-54.6796	47.1937
17	0.0964	-0.0011	0.0391	0.0266	-0.025	0.035	-0.1153	0.065	0.1127	0.1633	0.0096	-0.1848	0.0693	0.1395	-0.0001	0.1519	-0.0011	-0.1243	0.5617	0.2029	0.5437	-5.9082	-40.3249	62.4941
18	0.1855	-0.0125	-0.0977	0.0647	0.0058	0.3042	0.0976	-0.1437	-0.1797	0.028	0.0127	0.0531	0.2765	-0.1844	-0.2692	0.4549	-0.1148	-0.0493	0.6034	0.0636	0.3283	-12.6737	-56.4017	69.4357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 315 through 432 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 433 through 599 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 600 through 716 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 717 through 933 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 315 through 432 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 433 through 716 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 717 through 933 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 315 through 423 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 424 through 476 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 498 through 569 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 570 through 620 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 621 through 785 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 786 through 839 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 840 through 933 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 315 through 432 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 433 through 542 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 543 through 716 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 717 through 933 )

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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