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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ohp | ||||||
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タイトル | Structure of compound 1 (halopemide) bound human Phospholipase D2 catalytic domain | ||||||
要素 | Phospholipase D2 | ||||||
キーワード | hydrolase/hydrolase inhibitor / phosphodiesterase / HYDROLASE / HKD motif / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis of PG / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D activity / phospholipase D / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport / small GTPase-mediated signal transduction ...Synthesis of PG / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D activity / phospholipase D / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport / small GTPase-mediated signal transduction / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RAC2 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol binding / presynapse / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Metrick, C.M. / Chodaparambil, J.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Human PLD structures enable drug design and characterization of isoenzyme selectivity. 著者: Metrick, C.M. / Peterson, E.A. / Santoro, J.C. / Enyedy, I.J. / Murugan, P. / Chen, T. / Michelsen, K. / Cullivan, M. / Spilker, K.A. / Kumar, P.R. / May-Dracka, T.L. / Chodaparambil, J.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ohp.cif.gz | 946.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ohp.ent.gz | 788.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ohp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ohp_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ohp_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ohp_validation.xml.gz | 87.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ohp_validation.cif.gz | 115.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72926.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O14939, phospholipase D #2: 化合物 | ChemComp-MJV / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium tartrate di-basic, 22% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 80186 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Num. unique obs: 7999 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6OHM 解像度: 2.6→48.293 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.38
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.293 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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