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Yorodumi- PDB-6ohp: Structure of compound 1 (halopemide) bound human Phospholipase D2... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ohp | ||||||
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Title | Structure of compound 1 (halopemide) bound human Phospholipase D2 catalytic domain | ||||||
Components | Phospholipase D2 | ||||||
Keywords | hydrolase/hydrolase inhibitor / phosphodiesterase / HYDROLASE / HKD motif / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Synthesis of PG / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phospholipase D activity / regulation of vesicle-mediated transport / small GTPase-mediated signal transduction ...Synthesis of PG / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phospholipase D activity / regulation of vesicle-mediated transport / small GTPase-mediated signal transduction / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RAC2 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol binding / presynapse / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Metrick, C.M. / Chodaparambil, J.V. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2020 Title: Human PLD structures enable drug design and characterization of isoenzyme selectivity. Authors: Metrick, C.M. / Peterson, E.A. / Santoro, J.C. / Enyedy, I.J. / Murugan, P. / Chen, T. / Michelsen, K. / Cullivan, M. / Spilker, K.A. / Kumar, P.R. / May-Dracka, T.L. / Chodaparambil, J.V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ohp.cif.gz | 946.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ohp.ent.gz | 788.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ohp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ohp_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ohp_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 6ohp_validation.xml.gz | 87.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6ohp_validation.cif.gz | 115.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ohmSC 6ohoC 6ohqC 6ohrC 6ohsC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 72926.758 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PLD2 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: O14939, phospholipase D #2: Chemical | ChemComp-MJV / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2M ammonium tartrate di-basic, 22% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 5, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 80186 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.7 Å / Num. unique obs: 7999 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6OHM Resolution: 2.6→48.293 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.38
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→48.293 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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