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- PDB-6o5z: Crystal Structure of the human MLKL pseudokinase domain bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o5z
タイトルCrystal Structure of the human MLKL pseudokinase domain bound to compound 2
要素Mixed lineage kinase domain-like protein
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Pseudokinase / Inhibitor / Necroptosis / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus ...execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase binding / protein-containing complex binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mixed lineage kinase domain-like N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / : / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LN4 / Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.285 Å
データ登録者Cowan, A.D. / Murphy, J.M. / Pierotti, C.L. / Lessene, G.L. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1105754 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1124735 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)9000433 オーストラリア
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Potent Inhibition of Necroptosis by Simultaneously Targeting Multiple Effectors of the Pathway.
著者: Pierotti, C.L. / Tanzer, M.C. / Jacobsen, A.V. / Hildebrand, J.M. / Garnier, J.M. / Sharma, P. / Lucet, I.S. / Cowan, A.D. / Kersten, W.J.A. / Luo, M.X. / Liang, L.Y. / Fitzgibbon, C. / ...著者: Pierotti, C.L. / Tanzer, M.C. / Jacobsen, A.V. / Hildebrand, J.M. / Garnier, J.M. / Sharma, P. / Lucet, I.S. / Cowan, A.D. / Kersten, W.J.A. / Luo, M.X. / Liang, L.Y. / Fitzgibbon, C. / Garnish, S.E. / Hempel, A. / Nachbur, U. / Huang, D.C.S. / Czabotar, P.E. / Silke, J. / van Delft, M.F. / Murphy, J.M. / Lessene, G.
履歴
登録2019年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
B: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3598
ポリマ－65,4742
非ポリマー8866
水1,856103
1
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9855
ポリマ－32,7371
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3743
ポリマ－32,7371
非ポリマー6382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.161, 118.845, 52.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 191 through 234 or resid 241...
21(chain B and (resid 191 through 350 or resid 365 or resid 368 through 467))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 191 through 234 or resid 241...AA191 - 2347 - 50
12ALAALAPHEPHE(chain A and (resid 191 through 234 or resid 241...AA241 - 35057 - 166
13ARGARGARGARG(chain A and (resid 191 through 234 or resid 241...AA353169
14THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 191 through 234 or resid 241...AA357173
15ASPASPSERSER(chain A and (resid 191 through 234 or resid 241...AA369 - 467185 - 283
21GLUGLUPHEPHE(chain B and (resid 191 through 350 or resid 365 or resid 368 through 467))BB191 - 3507 - 166
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 191 through 350 or resid 365 or resid 368 through 467))BB365181
23THRTHRSERSER(chain B and (resid 191 through 350 or resid 365 or resid 368 through 467))BB368 - 467184 - 283

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要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 32736.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NB16
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-LN4 / 1-[2-fluoranyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]-3-[4-[methyl-[2-[(3-sulfamoylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]urea


分子量: 575.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21F4N7O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.88
詳細: 0.18 M magnesium chloride, 26.8% (w/v) PEG 3350, 0.1 M sodium HEPES pH 7.88

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→47.08 Å / Num. obs: 24748 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 93506
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.28-2.363.71.408808322050.4130.8471.6461.190
8.85-47.083.60.0216294490.9990.0120.02344.599.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MWI

4mwi


解像度: 2.285→47.103 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 2446 9.91 %
Rwork0.1829 22241 -
obs0.1878 24687 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.82 Å2 / Biso mean: 61.4541 Å2 / Biso min: 21.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.285→47.103 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4289 0 90 103 4482
Biso mean--74.94 50.38 -
残基数----531
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2492X-RAY DIFFRACTION9.454TORSIONAL
12B2492X-RAY DIFFRACTION9.454TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2853-2.33190.3781220.33841069119183
2.3319-2.38260.38351470.32813241471100
2.3826-2.4380.35461600.281912871447100
2.438-2.4990.28871260.271913461472100
2.499-2.56660.30231280.255813281456100
2.5666-2.64210.33061660.24813171483100
2.6421-2.72740.27321360.235413101446100
2.7274-2.82480.30421470.224213211468100
2.8248-2.93790.30481560.207113111467100
2.9379-3.07160.25091350.196713101445100
3.0716-3.23350.24461610.194413181479100
3.2335-3.4360.21931360.16613191455100
3.436-3.70120.20721390.164413381477100
3.7012-4.07350.21281510.144613361487100
4.0735-4.66250.17281310.139513351466100
4.6625-5.87250.1891440.158213331477100
5.8725-47.11330.19141610.154413391500100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8966-0.4490.13218.1635-1.6778.4540.04690.37110.0395-0.54950.35780.9731-0.409-0.4103-0.37610.30850.0048-0.11120.48430.05920.5003-34.35359.877746.4758
23.07660.58330.24834.68120.2972.87330.03590.18630.0215-0.1938-0.02440.3887-0.0201-0.33440.01590.32020.0625-0.0460.37010.02390.3661-22.29414.842653.2306
32.1129-2.58920.50853.2157-0.57810.15260.27770.56360.5324-1.0974-0.22530.6255-0.0989-0.3838-0.03320.65150.0736-0.10990.73580.09790.6042-24.173226.685548.8843
42.87370.7568-1.31724.63980.17473.2135-0.0811-0.13670.1880.273-0.01240.1231-0.90290.04880.05360.62930.053-0.10980.3224-0.05330.3511-12.729832.066261.0697
56.2211-0.8291-0.13916.9093-1.20547.7959-0.161-0.0147-0.40240.1858-0.185-1.05680.24750.41320.24770.29070.0148-0.10460.46220.10230.7717-6.0967-2.528156.8553
62.61331.1818-0.25434.0939-1.33162.56150.04950.1638-0.20770.2479-0.0542-0.58290.14070.1378-0.04120.30330.0424-0.09140.2788-0.00540.3879-18.7588-6.346559.224
75.1255-0.85622.22674.2272-2.85154.9958-0.56310.4518-0.1577-0.28860.33120.1121-0.26040.66030.13510.519-0.04770.03460.4911-0.0320.3057-22.278-23.88866.1245
84.95410.09940.70313.9084-0.58814.28370.006-0.0932-0.03290.8150.19610.9034-0.134-0.525-0.17970.4303-0.02480.14590.37550.05440.418-35.7308-18.107670.3395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 191 through 240 )A191 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 241 through 344 )A241 - 344
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 345 through 371 )A345 - 371
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 372 through 470 )A372 - 470
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 190 through 222 )B190 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 223 through 347 )B223 - 347
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 348 through 390 )B348 - 390
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 391 through 467 )B391 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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