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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n97 | ||||||
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タイトル | Methylmalonyl-CoA decarboxylase in complex with 2-sulfonate-propionyl-amino(dethia)-CoA | ||||||
要素 | Methylmalonyl-CoA decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / crotonase / beta-keto / isostere | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methyl/ethyl malonyl-CoA decarboxylase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxy-lyase activity / fatty acid beta-oxidation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Stunkard, L.M. / Dixon, A.D. / Huth, T.J. / Lohman, J.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019 タイトル: Sulfonate/Nitro Bearing Methylmalonyl-Thioester Isosteres Applied to Methylmalonyl-CoA Decarboxylase Structure-Function Studies. 著者: Stunkard, L.M. / Dixon, A.D. / Huth, T.J. / Lohman, J.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6n97.cif.gz | 390.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n97.ent.gz | 317.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n97.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6n97_validation.pdf.gz | 4.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6n97_full_validation.pdf.gz | 4.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6n97_validation.xml.gz | 85.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6n97_validation.cif.gz | 123.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n97 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 29190.557 Da / 分子数: 6 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: scpB, mmcD, ygfG, b2919, JW2886 / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P52045, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 |
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-非ポリマー , 5種, 1852分子
#2: 化合物 | ChemComp-YZS / ( #3: 化合物 | ChemComp-KGP / ( #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IMD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 150 mM sodium chloride, 100 mM imidazole, 0.4 M Monosodium phosphate/1.6 M Dipotassium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月25日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 1242089 / Num. obs: 189024 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.093 / Χ2: 1.028 / Net I/av σ(I): 17.4 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 1242089 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.018 / Mean I/σ(I) obs: 2.387 / Rsym value: 1.018 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EF8 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / Matrix type: sparse / WRfactor Rfree: 0.1874 / WRfactor Rwork: 0.1536 / FOM work R set: 0.8611 / SU B: 2.345 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.0967 / SU Rfree: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.55 Å2 / Biso mean: 24.896 Å2 / Biso min: 4.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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