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- PDB-6n96: Methylmalonyl-CoA decarboxylase in complex with 2-sulfonate-propi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n96
タイトルMethylmalonyl-CoA decarboxylase in complex with 2-sulfonate-propionyl-oxa(dethia)-CoA
要素Methylmalonyl-CoA decarboxylase
キーワードLYASE / crotonase / beta-keto / isostere
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl/ethyl malonyl-CoA decarboxylase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxy-lyase activity / fatty acid beta-oxidation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Chem-LCV / Chem-SO5 / Methylmalonyl-CoA decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Stunkard, L.M. / Dixon, A.D. / Huth, T.J. / Lohman, J.R.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Sulfonate/Nitro Bearing Methylmalonyl-Thioester Isosteres Applied to Methylmalonyl-CoA Decarboxylase Structure-Function Studies.
著者: Stunkard, L.M. / Dixon, A.D. / Huth, T.J. / Lohman, J.R.
履歴
登録2018年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
B: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
C: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
D: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
E: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
F: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,63921
ポリマ－175,1436
非ポリマー12,49515
水32,4991804
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27070 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area50040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.148, 114.660, 192.705
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Methylmalonyl-CoA decarboxylase / MMCD / Transcarboxylase


分子量: 29190.557 Da / 分子数: 6 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: scpB, mmcD, ygfG, b2919, JW2886 / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P52045, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-LCV / (2~{S})-1-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethoxy]-1-oxidanylidene-propane-2-sulfonic acid


分子量: 887.595 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O21P3S
#3: 化合物
ChemComp-SO5 / (2~{R})-1-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethoxy]-1-oxidanylidene-propane-2-sulfonic acid


分子量: 887.595 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O21P3S
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM sodium chloride, 100 mM imidazole, 0.4 M Monosodium phosphate/1.6 M Dipotassium phosphate, 2% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97849 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 191624 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.108 / Rsym value: 0.105 / Χ2: 0.956 / Net I/av σ(I): 14.976 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.116 / Num. unique obs: 18950 / Rsym value: 0.84 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0230位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EF8

1ef8


解像度: 1.7→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Matrix type: sparse / WRfactor Rfree: 0.1845 / WRfactor Rwork: 0.1514 / FOM work R set: 0.8842 / SU B: 1.938 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.0987 / SU Rfree: 0.0974 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1839 9281 5 %RANDOM
Rwork0.1509 177431 --
obs0.1525 177529 88.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.76 Å2 / Biso mean: 15.736 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12246 0 739 1882 14867
Biso mean--26.42 28.14 -
残基数----1560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01313799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0091.71718927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4831.61529600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13451704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65922.083696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.422152314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9381590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.21835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4951.3556413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4951.3546412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2962.0258050
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.7-1.7440.2555930.224107061542273.2650.204
1.744-1.7910.2485930.216117011501581.8780.193
1.791-1.8430.2385970.202119591465585.6770.178
1.843-1.8990.2426170.197118231419687.630.174
1.899-1.9610.236440.189115781376088.8230.167
1.961-2.0290.2195930.174108331341685.1670.156
2.029-2.1050.2045230.1792881284176.4040.157
2.105-2.190.2055620.16113191244295.4910.148
2.19-2.2860.1845430.144109831196096.3710.135
2.286-2.3960.1795780.136104031142196.1470.132
2.396-2.5230.1715060.1499971089496.4110.138
2.523-2.6740.1974430.14594771036995.670.148
2.674-2.8550.1914650.1548739971794.7210.16
2.855-3.0780.1824270.1578048908393.3060.169
3.078-3.3640.1773790.1587292843390.9640.173
3.364-3.7480.1743240.1515756764479.540.172
3.748-4.3020.1532760.1355017682177.5990.159
4.302-5.2090.1592610.1335370586396.0430.16
5.209-7.1290.1892160.1684392466398.8210.198
7.129-19.9820.1811430.1652750298596.9180.195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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