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- PDB-6n6v: OXA-23 mutant F110A/M221A low pH form meropenem complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n6v
タイトルOXA-23 mutant F110A/M221A low pH form meropenem complex
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / carbapenemase / antibiotic resistance / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase / periplasmic space / hydrolase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
meropenem, bound form / Beta-lactamase OXA-23
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Role of the Hydrophobic Bridge in the Carbapenemase Activity of Class D beta-Lactamases.
著者: Stewart, N.K. / Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Toth, M. / Vakulenko, S.B.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7682
ポリマ－27,3831
非ポリマー3851
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.114, 44.012, 46.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Beta-lactamase oxa23 / BlaOXA-23 / Carbapenemase OXA-23 / Class D beta-lactamase / OXA-23 / OXA-23 ...Beta-lactamase oxa23 / BlaOXA-23 / Carbapenemase OXA-23 / Class D beta-lactamase / OXA-23 / OXA-23 class D beta-lactamase / OXA23 carbapenemase / class D Beta-lactamase Oxa-23


分子量: 27382.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-273 / 変異: F110A/M221A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ari-1, bla(OXA-23), bla-OXA-23, bla-oxa-23, bla_1, bla_2, bla_3, blaOXA, blaOXA-23, blaOXA23, OXA-23, oxa-23, oxa23, A7M90_19440, AB719_18095, ABUW_0563, AZE33_05050, AZE33_05100, AZE33_ ...遺伝子: ari-1, bla(OXA-23), bla-OXA-23, bla-oxa-23, bla_1, bla_2, bla_3, blaOXA, blaOXA-23, blaOXA23, OXA-23, oxa-23, oxa23, A7M90_19440, AB719_18095, ABUW_0563, AZE33_05050, AZE33_05100, AZE33_05150, AZE33_05250, C7G90_19950, CAS83_19595, CBE85_20255, CBI29_04474, CEJ63_03230, DV997_16620, DVA79_19285, IX87_16825, IX87_21860, LV38_03424, NG19_0098, SAMEA104305208_04008, SAMEA104305229_06308, SAMEA104305235_03908, SAMEA104305242_04084, SAMEA104305268_03570, SAMEA104305271_04290, SAMEA104305299_06196, SAMEA104305318_04148, SAMEA104305320_04271, SAMEA104305325_04185, SAMEA104305341_03854, SAMEA104305343_03919, SAMEA104305351_03822, SAMEA104305385_00775
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L4P2, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-KE1 / meropenem, bound form / (4R,5S)-3-{[(3R,5R)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid


分子量: 385.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 0.06 M citric acid, 0.04 M bis-Tris propane, pH 4.1, 16% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月21日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→38.5 Å / Num. obs: 41640 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 1964 / Rpim(I) all: 0.414 / Rrim(I) all: 1.078

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4JF5

4jf5


解像度: 1.55→36.957 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1917 2093 5.09 %
Rwork0.1722 --
obs0.1732 41131 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.39 Å2 / Biso mean: 26.2372 Å2 / Biso min: 9.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→36.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1815 0 26 168 2009
Biso mean--35.61 37.29 -
残基数----230
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.58610.31551350.28442525266099
1.5861-1.62570.27731050.239926102715100
1.6257-1.66970.23741300.222925462676100
1.6697-1.71880.23091610.200425572718100
1.7188-1.77430.1931520.184225722724100
1.7743-1.83770.20661540.175525442698100
1.8377-1.91130.16961510.176325442695100
1.9113-1.99830.17421240.169926122736100
1.9983-2.10360.18731370.159525922729100
2.1036-2.23540.18251420.158425702712100
2.2354-2.4080.181350.169626012736100
2.408-2.65020.19061350.177826332768100
2.6502-3.03360.20471520.175526362788100
3.0336-3.82140.20461300.164626842814100
3.8214-36.96780.16751500.159728122962100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9052-0.3795-0.7210.82350.05572.05070.10550.30380.1399-0.2041-0.0712-0.0505-0.04770.05780.00040.14330.0107-0.01180.1679-0.01360.121620.251218.5799-7.7838
20.8043-0.4451-0.7061.5611-0.16851.9574-0.0865-0.2298-0.11040.22610.0688-0.14670.35950.2302-0.00050.25170.0357-0.020.21370.0010.144212.636411.452415.2507
32.2731-0.2024-0.18981.04020.24492.59480.0125-0.0471-0.04940.11220.00290.03640.1926-0.04310.00310.1148-0.0135-0.01830.108200.086411.75916.18773.6849
41.9568-0.38030.15430.8197-0.13211.40150.04380.07460.1840.0335-0.0614-0.2172-0.05130.0918-0.00060.1069-0.00660.00140.1167-0.01980.15224.834821.4776-1.9537
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 91 )A32 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 150 )A92 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 208 )A151 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 209 through 273 )A209 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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