PDB-6n0r: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n0r

タイトル

Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compound XZ572

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Hydrolase / fragment based drug design / anti-cancer drug design

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / single strand break repair / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.544 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain
著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S.

履歴

登録	2018年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n0r.cif.gz	381.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n0r.ent.gz	309.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n0r_validation.pdf.gz	475.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n0r_full_validation.pdf.gz	483.3 KB	表示
XML形式データ	6n0r_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	6n0r_validation.cif.gz	60.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6n0nC 6n0oC 1jy1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mz0-2 6n0o-2 6die-2 6mj5-2 6n0n-2 6w7k-2 6dji-2 6dhu-1 6die-1 6n0o-1 6djf-1 6djj-1 6mz0-1 6dim-2 6mj5-1 6w7j-2 6dji-1 6n0n-1 6djh-2 6dim-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.043, 105.399, 193.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-K8D / 4-(methylamino)benzene-1,2-dicarboxylic acid 分子量: 195.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 150083 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.072 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 35.1
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7461 / CC_1/2: 0.811 / R_pim(I) all: 0.315 / R_rim(I) all: 0.741 / R_sym value: 0.669 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JY1

1jy1

解像度: 1.544→37.025 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	2000	1.33 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.1703	149966	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.544→37.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7006	0	48	730	7784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7552
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.826	10307
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.569	6062
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1321

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.544-1.5826	0.2704	133	0.2293	9795	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5826-1.6254	0.2533	142	0.2154	10552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6254-1.6733	0.2067	142	0.1957	10521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6733-1.7273	0.231	142	0.1902	10539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7273-1.789	0.2381	143	0.1885	10551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.8606	0.2003	143	0.1786	10536	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8606-1.9453	0.1832	142	0.174	10565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9453-2.0479	0.1935	143	0.1734	10566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0479-2.1761	0.1941	144	0.173	10646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1761-2.3441	0.1724	143	0.1713	10616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3441-2.58	0.2139	144	0.1783	10634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.9532	0.2151	145	0.1797	10751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9532-3.7201	0.2027	146	0.1613	10783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7201-37.0356	0.1627	148	0.1502	10911	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1011	-0.0734	0.1505	0.0633	-0.1	0.2755	-0.08	-0.1743	0.0554	0.0814	0.0678	0.0073	-0.0914	-0.2012	-0.0028	0.1738	0.0443	-0.008	0.1748	0.0065	0.1697	1.6808	-0.2396	-35.6281
2	0.1291	-0.021	-0.0244	0.1169	-0.0378	0.1219	-0.0157	-0.0071	0.0258	-0.0058	0.0295	0.037	0.0413	-0.1229	-0.0001	0.166	-0.0047	-0.0236	0.1504	0.0271	0.1736	2.836	-4.5359	-52.0465
3	0.0927	-0.0556	0.0429	0.0485	-0.0039	0.0249	0.049	0.0151	-0.0658	-0.0089	-0.05	-0.0845	0.1474	0.1646	-0.0001	0.2026	0.0317	0.0063	0.159	0.0042	0.1638	21.7793	-18.624	-45.8111
4	0.0944	-0.0223	0.0364	0.0317	-0.0339	0.0752	0.0293	0.0009	0.0307	-0.0024	-0.029	-0.0134	0.1112	0.0422	0.0005	0.1679	-0.008	-0.0111	0.1222	0.02	0.1584	16.9488	-15.4263	-42.1789
5	0.0519	0.0081	0.0241	0.0382	0.0532	0.049	0.0354	-0.0097	0.072	0.0677	-0.0585	-0.0123	0.0375	0.0467	-0	0.2021	-0.0103	0.0013	0.2059	0.048	0.2062	24.1813	-10.6358	-33.7867
6	0.0051	0.0076	0.0055	0.0105	-0.0063	0.0149	0.0006	-0.0412	0.1012	0.0513	-0.0993	-0.0719	-0.2365	0.0666	-0.0002	0.2279	-0.0034	-0.0175	0.1978	0.0524	0.213	4.2505	16.7855	-86.3331
7	0.1043	-0.0095	0.0711	0.0325	-0.0454	0.0939	-0.0264	0.2077	0.0362	-0.0599	-0.1225	-0.1743	-0.0574	0.4918	-0.0513	0.2032	-0.0149	0.0221	0.3463	0.1162	0.2323	18.9174	8.6575	-91.4992
8	0.0048	0.0174	0.0177	0.066	0.0076	0.0248	-0.0487	0.0426	0.0383	-0.0775	-0.0892	-0.1893	-0.012	0.3754	-0.0249	-0.0498	0.1469	-0.194	0.0658	0.3343	-0.1883	14.7125	6.1291	-78.3828
9	0.0268	0.0155	0.0182	0.009	-0.0129	0.0273	0.0362	-0.1207	-0.0466	0.0887	-0.0969	-0.0411	0.128	0.1076	-0.0014	0.2101	0.0347	0.0078	0.1872	0.061	0.1918	9.2129	-7.1751	-76.0672
10	0.0506	0.0177	0.0272	0.0198	0.02	0.0303	0.0506	-0.0298	-0.1061	-0.0296	-0.0122	0.0643	0.1891	-0.1887	0	0.2645	-0.0381	0.008	0.1864	0.0472	0.2053	-6.1735	-9.7508	-88.0759
11	0.0519	0.0435	0.0643	0.0332	0.0144	0.1147	0.0151	-0.026	-0.0592	-0.0674	-0.0209	-0.0195	0.2002	-0.0871	-0.0017	0.2118	0.0253	0.0189	0.1656	0.0406	0.1712	-1.3225	-5.3248	-90.1778
12	0.054	0.0237	-0.0027	0.0288	-0.0296	0.0198	-0.037	-0.036	-0.0257	-0.0515	0.0067	0.0215	0.0578	-0.1316	-0	0.1981	0.0028	0.0149	0.2479	0.0035	0.1914	-8.439	2.4113	-96.3095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 285 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 286 through 382 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 383 through 452 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 453 through 548 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 549 through 607 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 162 through 202 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 203 through 280 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 281 through 344 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 345 through 382 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 383 through 452 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 453 through 548 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 549 through 607 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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