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- PDB-6mvx: NavAb Voltage-gated Sodium Channel, I217C, in Complex with Class ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mvx | ||||||
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Title | NavAb Voltage-gated Sodium Channel, I217C, in Complex with Class 1C Anti-arrhythmic Flecainide | ||||||
![]() | Ion transport protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Ion channel Voltage-gated Sodium Channel | ||||||
Function / homology | ![]() voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lenaeus, M.J. / Catterall, W.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Fenestrations control resting-state block of a voltage-gated sodium channel. Authors: Gamal El-Din, T.M. / Lenaeus, M.J. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 355.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 290.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 811.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 825.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6mvvC ![]() 6mvwC ![]() 6mvyC ![]() 3rvyS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33105.094 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: I217C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: RM4018 / Gene: Abu_1752 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-K4D / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.74 Å3/Da / Density % sol: 78.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0 100 uM Flecainide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 18, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.455→50 Å / Num. obs: 39868 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 8.75 |
Reflection shell | Resolution: 3.455→3.579 Å / Num. unique all: 3883 / CC1/2: 0.431 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3RVY, tetramer Resolution: 3.455→29.855 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 411.8 / Phase error: 26.26
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.455→29.855 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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