PDB-6mh7: Crystal structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mh7

タイトル

Crystal structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with SKT-68, a 1,4,5-trisubstituted imidazole analogue

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

PROTEIN BINDING/INHIBITOR / bromodomain / CAP / HUNK1 / MCAP / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex / inhibitor / transcription-inhibitor complex / inflammation / 19F-NMR / MAP-kinase inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Molecular Basis for the N-Terminal Bromodomain-and-Extra-Terminal-Family Selectivity of a Dual Kinase-Bromodomain Inhibitor.
著者: Divakaran, A. / Talluri, S.K. / Ayoub, A.M. / Mishra, N.K. / Cui, H. / Widen, J.C. / Berndt, N. / Zhu, J.Y. / Carlson, A.S. / Topczewski, J.J. / Schonbrunn, E.K. / Harki, D.A. / Pomerantz, W.C.K.

履歴

登録	2018年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mh7.cif.gz	178.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mh7.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mh7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mh7_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mh7_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6mh7_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	6mh7_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/6mh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/6mh7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mh1C 4o7bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ogj-1 4o77-2 5oww-1 4o70-2 6xv3-2 6xv3-3 4o76-4 4o76-1 7ajn-d 4o7f-1 5z8z-d 4qb3-d 6wgx-2 4ps5-1 5ovb-1 5u2f-2 4meo-d 4o7e-2 6g0r-d 6xv3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

B: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.750, 59.370, 111.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-JQY / N-(3,4-dimethylphenyl)-4-[4-(4-fluorophenyl)-1-(piperidin-4-yl)-1H-imidazol-5-yl]pyrimidin-2-amine 分子量: 442.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₇FN₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5 mg/mL BRD4, 5 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 0.5 mM DTT, 50 mM Tris, pH 8.5, 0.1 M ammonium sulfate, 12.5% PEG3350, 10% DMSO, 1 mM SKT-68

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→39.113 Å / Num. obs: 29128 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.267 % / B_iso Wilson estimate: 18.1 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 33.44

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.74-1.79	7.379	0.326	5.94	2086	0.956	0.35	99.1
1.79-1.83	7.364	0.282	7.1	2069	0.966	0.303	99
1.83-1.89	7.39	0.216	9.24	2003	0.982	0.232	99
1.89-1.95	7.349	0.172	11.6	1935	0.988	0.185	99.2
1.95-2.01	7.361	0.136	14.48	1906	0.992	0.146	99.3
2.01-2.08	7.367	0.103	18.94	1851	0.995	0.111	99.5
2.08-2.16	7.334	0.079	24.16	1760	0.997	0.085	99.5
2.16-2.25	7.335	0.07	27.42	1697	0.998	0.075	99.4
2.25-2.35	7.284	0.06	31.04	1668	0.998	0.064	99.5
2.35-2.46	7.316	0.055	33.68	1577	0.999	0.059	99.6
2.46-2.59	7.281	0.047	38.36	1515	0.999	0.051	99.5
2.59-2.75	7.288	0.04	44.33	1414	0.999	0.043	99.9
2.75-2.94	7.241	0.032	52.37	1355	0.999	0.035	99.9
2.94-3.18	7.201	0.028	60.08	1266	0.999	0.03	99.3
3.18-3.48	7.13	0.024	68.76	1171	1	0.025	99.7
3.48-3.89	7.143	0.02	77.34	1054	1	0.022	99.7
3.89-4.49	7.087	0.018	80.71	947	1	0.019	99.9
4.49-5.5	6.971	0.018	78.87	815	1	0.019	100
5.5-7.78	6.773	0.018	76.31	653	1	0.019	99.7
7.78-39.113	6.073	0.018	75.08	386	1	0.02	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4O7B

4o7b

解像度: 1.74→39.113 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.68

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1848	1223	4.2 %	Random selection
R_work	0.1533	-	-	-
obs	0.1546	29118	99.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.63 Å² / B_iso mean: 27.5331 Å² / B_iso min: 9.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.74→39.113 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2124	0	170	218	2512
B_iso mean	-	-	29.8	29.75	-
残基数	-	-	-	-	254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2291
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.271	3115
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	399
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.186	882

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.74-1.8096	0.212	133	0.1651	3028	3161	99
1.8096-1.892	0.2288	133	0.1696	3030	3163	99
1.892-1.9917	0.181	134	0.1578	3054	3188	99
1.9917-2.1165	0.2025	134	0.1525	3059	3193	100
2.1165-2.2799	0.1978	135	0.1477	3073	3208	99
2.2799-2.5093	0.2071	135	0.1534	3091	3226	100
2.5093-2.8723	0.1695	136	0.1586	3105	3241	100
2.8723-3.6184	0.1753	139	0.1564	3161	3300	100
3.6184-39.1226	0.1695	144	0.1447	3294	3438	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7421	6.3123	-5.7992	7.9128	-5.2361	4.5082	0.1235	-0.6549	-0.4842	0.2155	-0.4425	-0.323	-0.1353	0.5933	0.3456	0.2402	0.0031	-0.0118	0.2433	0.033	0.2046	25.4669	-29.9166	48.6406
2	2.1445	0.342	-0.8111	2.9414	-2.6211	3.5406	-0.209	-0.161	-0.0912	0.0305	0.1119	0.1324	0.3834	-0.068	-0.0084	0.1808	0.0475	0.0358	0.1543	-0.015	0.1408	5.9955	-37.1014	46.9115
3	7.5633	1.6503	3.6235	2.0343	0.625	4.3732	-0.0274	0.3142	0.0257	-0.1451	0.0729	-0.0649	0.0221	0.2206	-0.0254	0.1402	0.0227	0.0309	0.108	-0.0255	0.0905	20.6367	-24.9695	35.1683
4	2.1518	1.1944	-1.124	3.0374	-1.3001	2.2023	-0.0546	-0.056	-0.0469	0.0195	0.0688	0.0664	0.0639	-0.0673	-0.0146	0.1188	0.0166	-0.0056	0.1044	-0.0065	0.0758	13.964	-25.2952	45.9828
5	2.6953	3.3004	-2.7637	5.0702	-2.398	4.5447	0.022	0.1967	0.1484	0.0833	0.1247	0.4943	0.1068	-0.4878	-0.114	0.1263	0.0062	0.0083	0.2035	0.0121	0.1818	2.725	-24.7154	39.2021
6	4.3559	0.7154	0.2226	1.0915	-0.9084	4.1531	-0.0981	-0.4214	0.0945	0.0621	0.0691	0.1242	0.1723	-0.3002	-0.0152	0.1689	0.067	0.0078	0.0965	-0.0158	0.1464	12.4686	-4.3601	48.5472
7	1.7989	0.503	-0.5077	2.4152	-0.7404	2.3927	-0.0059	-0.0057	0.0975	0.0325	0.0037	0.0469	-0.1512	0.0559	-0.0055	0.1175	0.017	0.0051	0.0974	-0.0005	0.0954	17.1304	5.4207	43.5018
8	6.1285	2.6607	-1.9564	5.4275	-1.2124	5.1508	-0.0831	0.0517	0.0504	0.0132	0.1739	0.65	0.1038	-0.5762	-0.0935	0.1437	0.0318	-0.021	0.2085	0.0293	0.2251	4.1834	4.726	38.9143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 51 )	A	42 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 75 )	A	52 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76 through 96 )	A	76 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 97 through 144 )	A	97 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 145 through 168 )	A	145 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 75 )	B	42 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 144 )	B	76 - 144
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 145 through 168 )	B	145 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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