PDB-6lzx: Structure of Phytolacca americana UGT3 with 15-crown-5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lzx

タイトル

Structure of Phytolacca americana UGT3 with 15-crown-5

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / 15-crown-5

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.101 Å

データ登録者

Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Nakayama, T. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Ozaki, S. / Inoue, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crown-ether-mediated crystal structures of the glycosyltransferase PaGT3 from Phytolacca americana.
著者: Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Nakayama, T. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Ozaki, S.I. / Inoue, T.

履歴

登録	2020年2月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lzx.cif.gz	197.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lzx.ent.gz	153.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lzx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lzx_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lzx_full_validation.pdf.gz	484.9 KB	表示
XML形式データ	6lzx_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	6lzx_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/6lzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/6lzx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lzyC 2pq6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lzy-d 4h23-d 6jo1-d 4hgf-d 2wst-d 2ij3-d 4hgi-d 3dgi-d 4mru-d 6mi6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.173, 103.298, 110.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 57629.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ) 遺伝子: PaGT3 / プラスミド: pCold / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B5MGN9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 15分子

#2: 化合物	ChemComp-EYO / 1,4,7,10,13-pentaoxacyclopentadecane / 15-クラウン-5 分子量: 220.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O₅
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium Bromide 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→48.73 Å / Num. obs: 19856 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.16 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 3497 / CC_1/2: 0.8 / R_pim(I) all: 0.29 / R_rim(I) all: 0.78 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PQ6

2pq6

解像度: 3.101→48.726 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.511 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2598	967	4.883 %
R_work	0.2027	-	-
all	0.206	-	-
obs	-	19805	99.498 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.001 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.757 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.213 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.455 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.101→48.726 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7271	0	24	8	7303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	7467
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	7065
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.021	0.01	11284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.637	10082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.291	1.575	16388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.049	5	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.941	22.124	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.011	15	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.531	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	3496
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.437	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.934	6.829	3618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.926	6.829	3617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.768	10.24	4512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.769	10.241	4513
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.576	7.159	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.576	7.159	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.482	10.559	5570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.481	10.56	5571
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.341	127.031	30590
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.341	127.031	30591
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.114	0.05	14146

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.101-3.182	0.321	65	0.291	1342	X-RAY DIFFRACTION	98.0488
3.182-3.269	0.305	66	0.283	1339	X-RAY DIFFRACTION	99.6454
3.269-3.363	0.336	79	0.259	1282	X-RAY DIFFRACTION	99.4156
3.363-3.466	0.251	54	0.228	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.4729
3.466-3.58	0.353	52	0.235	1252	X-RAY DIFFRACTION	99.9234
3.58-3.705	0.295	47	0.218	1207	X-RAY DIFFRACTION	99.8408
3.705-3.845	0.264	63	0.213	1125	X-RAY DIFFRACTION	99.6644
3.845-4.001	0.247	54	0.199	1131	X-RAY DIFFRACTION	99.7475
4.001-4.179	0.237	66	0.192	1040	X-RAY DIFFRACTION	99.7295
4.179-4.382	0.226	55	0.191	1016	X-RAY DIFFRACTION	99.5353
4.382-4.618	0.213	48	0.172	984	X-RAY DIFFRACTION	99.8066
4.618-4.897	0.285	47	0.182	925	X-RAY DIFFRACTION	99.7947
4.897-5.234	0.281	42	0.185	871	X-RAY DIFFRACTION	99.5638
5.234-5.651	0.274	29	0.183	817	X-RAY DIFFRACTION	100
5.651-6.187	0.25	42	0.183	767	X-RAY DIFFRACTION	100
6.187-6.911	0.292	43	0.189	689	X-RAY DIFFRACTION	99.8636
6.911-7.969	0.187	34	0.17	607	X-RAY DIFFRACTION	99.8442
7.969-9.733	0.199	36	0.141	511	X-RAY DIFFRACTION	99.0942
9.733-13.651	0.219	26	0.167	428	X-RAY DIFFRACTION	100
13.651-48.72	0.343	20	0.344	238	X-RAY DIFFRACTION	93.1408

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