+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kvq | |||||||||||||||||||||||||||
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Title | S. aureus FtsZ in complex with BOFP (compound 3) | |||||||||||||||||||||||||||
Components | Cell division protein FtsZ | |||||||||||||||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / GTPase / protein-inhibitor complex | |||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information chloroplast fission / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | |||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Authors | Ferrer-Gonzalez, E. / Fujita, J. / Yoshizawa, T. / Nelson, J.M. / Pilch, A.J. / Hillman, E. / Ozawa, M. / Kuroda, N. / Parhi, A.K. / LaVoie, E.J. ...Ferrer-Gonzalez, E. / Fujita, J. / Yoshizawa, T. / Nelson, J.M. / Pilch, A.J. / Hillman, E. / Ozawa, M. / Kuroda, N. / Parhi, A.K. / LaVoie, E.J. / Matsumura, H. / Pilch, D.S. | |||||||||||||||||||||||||||
Funding support | United States, Japan, 8items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: Structure-Guided Design of a Fluorescent Probe for the Visualization of FtsZ in Clinically Important Gram-Positive and Gram-Negative Bacterial Pathogens. Authors: Ferrer-Gonzalez, E. / Fujita, J. / Yoshizawa, T. / Nelson, J.M. / Pilch, A.J. / Hillman, E. / Ozawa, M. / Kuroda, N. / Al-Tameemi, H.M. / Boyd, J.M. / LaVoie, E.J. / Matsumura, H. / Pilch, D.S. | |||||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6kvq.cif.gz | 139.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6kvq.ent.gz | 104.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6kvq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6kvq_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6kvq_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6kvq_validation.xml.gz | 15.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6kvq_validation.cif.gz | 22.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kvq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6kvpC 3voaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31853.025 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: MRSA252 / Gene: ftsZ / Plasmid: pColdI with TEV protease site / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0A031, UniProt: Q6GHP9*PLUS |
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#2: Chemical | ChemComp-GDP / |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Chemical | ChemComp-DVX / [( |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 100 mM HEPES, 39% (w/v) PEP629 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 16, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→36.091 Å / Num. obs: 38774 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.838 % / Biso Wilson estimate: 24.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 15.09 / Num. measured all: 265154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VOA Resolution: 1.6→36.091 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.73 Å2 / Biso mean: 32.0202 Å2 / Biso min: 15.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→36.091 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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