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- PDB-6kvp: S. aureus FtsZ in complex with 3-(1-(5-bromo-4-(4-(trifluoromethy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kvp
タイトルS. aureus FtsZ in complex with 3-(1-(5-bromo-4-(4-(trifluoromethyl)phenyl)oxazol-2-yl)ethoxy)-2,6-difluorobenzamide (compound 2)
要素Cell division protein FtsZ
キーワードHYDROLASE / GTPase / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FtsZ protein signature 2. / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain ...FtsZ protein signature 2. / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-ZI1 / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ferrer-Gonzalez, E. / Fujita, J. / Yoshizawa, T. / Nelson, J.M. / Pilch, A.J. / Hillman, E. / Ozawa, M. / Kuroda, N. / Parhi, A.K. / LaVoie, E.J. ...Ferrer-Gonzalez, E. / Fujita, J. / Yoshizawa, T. / Nelson, J.M. / Pilch, A.J. / Hillman, E. / Ozawa, M. / Kuroda, N. / Parhi, A.K. / LaVoie, E.J. / Matsumura, H. / Pilch, D.S.
資金援助 米国, 日本, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI118874 米国
Japan Society for the Promotion of Science15J00589 日本
Japan Society for the Promotion of Science19K16060 日本
Japan Society for the Promotion of Science17H05732 日本
Japan Society for the Promotion of Science18K06094 日本
Japan Society for the Promotion of Science19H04735 日本
Japan Society for the Promotion of Science19K07582 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101070 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Design of a Fluorescent Probe for the Visualization of FtsZ in Clinically Important Gram-Positive and Gram-Negative Bacterial Pathogens.
著者: Ferrer-Gonzalez, E. / Fujita, J. / Yoshizawa, T. / Nelson, J.M. / Pilch, A.J. / Hillman, E. / Ozawa, M. / Kuroda, N. / Al-Tameemi, H.M. / Boyd, J.M. / LaVoie, E.J. / Matsumura, H. / Pilch, D.S.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8284
ポリマ－31,8531
非ポリマー9743
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.491, 51.739, 86.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsZ


分子量: 31853.025 Da / 分子数: 1 / 断片: globular domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: ftsZ / プラスミド: pColdI with TEV protease site / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A031, UniProt: Q6GHP9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZI1 / 3-[(1R)-1-[5-bromanyl-4-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-oxazol-2-yl]ethoxy]-2,6-bis(fluoranyl)benzamide


分子量: 491.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12BrF5N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 % / Mosaicity: 0.715 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 45% (w/v) PEP629, 300 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 58167 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 360570
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.426.20.70429230.8710.310.7710.38100
1.42-1.456.20.62129210.8920.2730.6790.385100
1.45-1.486.20.52228940.9150.230.5710.403100
1.48-1.516.20.41229410.940.1810.450.42100
1.51-1.546.20.34228720.9610.150.3740.428100
1.54-1.586.30.27729530.9720.1210.3020.477100
1.58-1.626.20.22329110.9820.0980.2440.49100
1.62-1.666.30.20629000.9820.0890.2250.556100
1.66-1.716.30.17329360.9850.0760.190.619100
1.71-1.766.30.14829250.9880.0650.1620.672100
1.76-1.836.30.1229240.9920.0520.1310.755100
1.83-1.96.30.09829280.9930.0420.1070.88100
1.9-1.996.30.08429320.9950.0370.0921.038100
1.99-2.096.30.07329230.9960.0320.081.272100
2.09-2.226.30.07329220.9960.0320.081.877100
2.22-2.396.30.06629240.9970.0280.0722.187100
2.39-2.636.30.05929440.9970.0260.0642.141100
2.63-3.026.30.05329600.9980.0230.0582.023100
3.02-3.860.0529450.9980.0220.0551.89299.3
3.8-5050.06125890.9940.030.0692.09685.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VOA

3voa


解像度: 1.4→41.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.03 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 2861 4.9 %RANDOM
Rwork0.1449 ---
obs0.1465 55292 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.59 Å2 / Biso mean: 21.114 Å2 / Biso min: 6.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→41.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2211 0 59 340 2610
Biso mean--14.57 34.83 -
残基数----306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.43423439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89735692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2545368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1626.765102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86415461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.331511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02508
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.0834952
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.528565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.00955172
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.434 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 212 -
Rwork0.193 4083 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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