PDB-6kpr: Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kpr

タイトル

Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with B12155 inhibitor

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / Dihydrofolate reductase / plasmodium falciparum / Antimalarial / Antifolate / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 2件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: 6-Hydrophobic aromatic substituent pyrimethamine analogues as potential antimalarials for pyrimethamine-resistant Plasmodium falciparum.
著者: Saepua, S. / Sadorn, K. / Vanichtanankul, J. / Anukunwithaya, T. / Rattanajak, R. / Vitsupakorn, D. / Kamchonwongpaisan, S. / Yuthavong, Y. / Thongpanchang, C.

履歴

登録	2019年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kpr.cif.gz	254.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kpr.ent.gz	195.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kpr_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kpr_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6kpr_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	6kpr_validation.cif.gz	62.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kotC 6kp2C 6kp7C 4dp3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dph-d 6kp2-d 6kp7-d 6lhj-d 1j3j-d 6lez-d 6lh9-d 6a2m-d 3um6-d 4dp3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.902, 156.504, 165.484
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 変異: N51I, C59R, S108N, I164L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170

-
非ポリマー , 5種, 340分子

#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-DQF / 4-[3-[3-[2,6-bis(azanyl)-5-(3-chlorophenyl)pyrimidin-4-yl]propoxy]phenoxy]butanoic acid 分子量: 456.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₅ClN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: NaOAc, NH2OAc, PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 88221 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 0.949 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 549882

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.18	6	0.449	8456	0.931	0.193	0.49	0.841	96.5
2.18-2.26	6.1	0.341	8580	0.962	0.146	0.372	0.881	97.5
2.26-2.37	6.1	0.256	8668	0.975	0.11	0.279	0.901	98.7
2.37-2.49	6.1	0.197	8771	0.984	0.085	0.215	0.925	99.4
2.49-2.65	6.3	0.148	8819	0.99	0.063	0.161	0.962	99.7
2.65-2.85	6.4	0.105	8828	0.995	0.045	0.115	1.021	99.9
2.85-3.14	6.5	0.073	8871	0.997	0.031	0.08	1.019	99.8
3.14-3.59	6.5	0.054	8942	0.998	0.023	0.058	1.11	100
3.59-4.52	6.3	0.045	8996	0.998	0.02	0.05	1.007	99.9
4.52-50	6.2	0.027	9290	0.999	0.012	0.029	0.799	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4dp3

4dp3

解像度: 2.1→26.988 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 4.422 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2411	4377	5.053 %
R_work	0.195	-	-
all	0.197	-	-
obs	-	86619	97.16 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.067 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.021 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.129 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.108 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→26.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8894	0	212	332	9438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	9324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	8448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.715	1.669	12610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.384	1.597	19669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.297	5	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.485	23.686	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.434	15	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.127	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.062	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	10118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	8324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	4457
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4373
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.082	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.177	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.261	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.27	3.419	4262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.27	3.419	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.946	5.092	5310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.945	5.093	5311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.528	3.83	5062
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.528	3.829	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.432	5.582	7300
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.432	5.582	7301
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.894	38.834	10534
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.9	38.822	10485

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.097-2.151	0.298	273	0.257	5098	X-RAY DIFFRACTION	82.1756
2.151-2.21	0.273	298	0.236	5528	X-RAY DIFFRACTION	92.3589
2.21-2.274	0.278	330	0.23	5495	X-RAY DIFFRACTION	94.3473
2.274-2.344	0.247	282	0.223	5538	X-RAY DIFFRACTION	96.8386
2.344-2.421	0.248	314	0.211	5450	X-RAY DIFFRACTION	98.6648
2.421-2.506	0.276	255	0.208	5331	X-RAY DIFFRACTION	99.3067
2.506-2.6	0.257	268	0.21	5125	X-RAY DIFFRACTION	99.7042
2.6-2.707	0.242	269	0.201	4980	X-RAY DIFFRACTION	99.7529
2.707-2.827	0.27	254	0.212	4784	X-RAY DIFFRACTION	99.8811
2.827-2.965	0.257	234	0.197	4572	X-RAY DIFFRACTION	99.6475
2.965-3.125	0.269	237	0.218	4342	X-RAY DIFFRACTION	99.6084
3.125-3.314	0.256	223	0.204	4138	X-RAY DIFFRACTION	99.6572
3.314-3.543	0.258	176	0.2	3907	X-RAY DIFFRACTION	99.8045
3.543-3.827	0.225	209	0.189	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.8439
3.827-4.191	0.213	172	0.172	3366	X-RAY DIFFRACTION	99.6901
4.191-4.685	0.186	173	0.146	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.7202
4.685-5.409	0.19	132	0.153	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.3046
5.409-6.62	0.241	130	0.182	2317	X-RAY DIFFRACTION	100
6.62-9.347	0.212	96	0.161	1850	X-RAY DIFFRACTION	100
9.347-26.988	0.238	52	0.198	1034	X-RAY DIFFRACTION	94.3527

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